本文關(guān)鍵詞：番茄NAC基因家族的系統(tǒng)進(jìn)化及表達(dá)分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：本研究挖掘番茄(Solanum lycopersicum)中NAC轉(zhuǎn)錄因子家族成員104個(gè),為研究番茄NAC轉(zhuǎn)錄因子在響應(yīng)生物及非生物脅迫中的調(diào)控作用提供理論基礎(chǔ),也為番茄NAC轉(zhuǎn)錄因子的全基因組分析提供了依據(jù)。通過SOL數(shù)據(jù)庫下載番茄NAC、NAM基因及蛋白序列,根據(jù)NAC保守域序列號(hào)PF01849、PF02365,利用HMMER 3.0軟件鑒定番茄NAC基因。再利用保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)軟件Pfam和SMART對(duì)候選序列進(jìn)行篩選鑒定。使用DNAMAN5.0、Web Logo、MEGA5.2、GSDS2.0、Map Inspect、Ex Pasy和Swiss-Model等軟件對(duì)獲選番茄NAC轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行生物信息學(xué)分析。通過RT-PCR技術(shù)檢測(cè)番茄NAC轉(zhuǎn)錄因子在不同組織中的表達(dá)情況。本實(shí)驗(yàn)通過生物信息學(xué)方法對(duì)番茄中NAC基因家族成員進(jìn)行了預(yù)測(cè)及分析。預(yù)測(cè)及分析結(jié)果顯示,番茄NAC基因家族包含104個(gè)蛋白質(zhì),通過分組鑒定和進(jìn)化樹分析將番茄NAC基因家族分為12個(gè)亞族,番茄特有的TNAC亞族成員最多為28個(gè)。本實(shí)驗(yàn)對(duì)挖掘到的104個(gè)NAC轉(zhuǎn)錄因子的分子量、等電點(diǎn)、保守結(jié)構(gòu)域及蛋白質(zhì)二、三級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行了預(yù)測(cè)及分析。本實(shí)驗(yàn)選取12個(gè)NAC轉(zhuǎn)錄因子家族成員進(jìn)行RT-PCR技術(shù)檢測(cè),獲得其在根、莖、葉、花、果中的表達(dá)情況,半定量結(jié)果顯示,7個(gè)Sl NAC基因在根、莖、葉、花、果(紅熟)中均有表達(dá),并呈現(xiàn)出多種表達(dá)模式。番茄NAC轉(zhuǎn)錄因子家族在結(jié)構(gòu)上高度保守,并參與番茄生長發(fā)育、生物及非生物脅迫的調(diào)控過程。
【作者單位】： 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院番茄課題組;
【關(guān)鍵詞】： 番茄 NAC 生物信息學(xué) 轉(zhuǎn)錄因子
【基金】：現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系專項(xiàng)資金(CARS-25-A-15) 國家自然科學(xué)基金(31272171) 黑龍江省杰出青年科學(xué)基金(JC201204) 黑龍江省大宗蔬菜新品種選育(GA15B103-1)共同資助
【分類號(hào)】：S641.2
【正文快照】： Phylogenetic Evolutionand Expression Analysis of NAC Gene Family inTomato(Solanum lycopersicum)Jiang Xiuming Niu Yiling Xu Xiangyang*Tomato Research Group,School of Horticulture,Northeast Agricultural University,Harbin,150030*Corresponding author,xxy709@

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1 安新民,張上隆,徐昌杰;柑桔轉(zhuǎn)化酶基因家族新成員的克隆和序列分析[J];上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(農(nóng)業(yè)科學(xué)版);2003年01期

2 牛艷梅;沈文濤;周鵬;;Expansin超級(jí)家族的進(jìn)化與命名[J];廣東農(nóng)業(yè)科學(xué);2007年08期

3 魏云虎;張煜s，

本文編號(hào)：497925