發(fā)布時間：2017-06-23 10:18

  本文關(guān)鍵詞：多重PCR靶向富集結(jié)合高通量測序篩查結(jié)直腸癌中MMR基因的突變，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的探討多重PCR靶向富集結(jié)合高通量測序技術(shù)在結(jié)直腸癌(colorectal cancer,CRC)中檢測錯配修復(mismatch repair,MMR)基因種系突變的應(yīng)用。方法收集17例CRC患者和14例正常人的血液并提取基因組DNA;設(shè)計和優(yōu)化寡聚核苷酸探針,使其能對5個基因MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6的73個外顯子序列進行有效的PCR擴增和富集;應(yīng)用多重PCR技術(shù)靶向富集樣本MMR基因的外顯子序列;擴增產(chǎn)物進行文庫構(gòu)建和高通量測序,檢測MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6基因的突變情況。結(jié)果 31個樣本共得到2.7Gb的數(shù)據(jù),平均reads數(shù)為287 048,測序數(shù)據(jù)中平均82.18%可與參考序列進行比對,外顯子序列平均覆蓋度為99.9%,平均測序深度為2 282。在MMR基因的外顯子區(qū)域共發(fā)現(xiàn)13種非同義單核苷酸變異(single nucleotide variation,SNV)、2種同義SNV,其中MSH6的c.G3205C:p.G1069R為未見報道SNV。檢測結(jié)果經(jīng)Sanger法測序驗證,結(jié)果一致。結(jié)論多重PCR靶向富集結(jié)合高通量測序技術(shù)是一套通量高、速度快、費用低、準確性高的MMR基因突變篩查方法。
【作者單位】： 復旦大學生命科學學院生物多樣性與生態(tài)工程教育部重點實驗室;上海同達科信生物技術(shù)發(fā)展有限公司;上海生物信息技術(shù)研究中心;復旦大學附屬腫瘤醫(yī)院大腸外科;中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態(tài)研究所;
【關(guān)鍵詞】： 錯配修復基因 Lynch綜合征 靶向富集 高通量測序
【基金】：國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃(973計劃)項目(2012CB316501) 國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃(863計劃)項目(2012AA02A602) 國家自然科學基金(31271409;31401128)~~
【分類號】：R735.34
【正文快照】： 結(jié)直腸癌(colorectal cancer,CRC)是全世界第三大常見惡性腫瘤[1]。研究發(fā)現(xiàn)35%的CRC存在家族易感性[2],其中最常見的是Lynch綜合征,即遺傳性非息肉病性結(jié)直腸癌(hereditarynonpolyposis colorectal cancer,HNPCC),占所有病例的2%~5%[3]。錯配修復(mismatch repair,MMR)基因發(fā)

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