目的分析生物節(jié)律紊亂與冠心病發(fā)生關(guān)聯(lián)的潛在分子機(jī)制。方法從GEO數(shù)據(jù)庫中獲取GSE71226芯片數(shù)據(jù),用R軟件篩選冠心病差異表達(dá)基因;經(jīng)文本挖掘和蛋白互作分析獲得生物鐘相關(guān)基因,進(jìn)行功能注釋、染色體定位和互作分析。結(jié)果獲得488個冠心病差異表達(dá)基因(coronary heart disease differentially expressed genes, CHD-DEGs)和64個生物鐘相關(guān)基因(biological clock related genes, BRGs),在染色體上分布密集,且多與轉(zhuǎn)錄調(diào)控、炎癥和免疫系統(tǒng)疾病相關(guān)。其中28個CHD-DEGs與22個BRGs發(fā)生了顯著互作,有10個重要關(guān)聯(lián)靶基因。結(jié)論生物節(jié)律紊亂與冠心病的發(fā)生之間存在著密切的關(guān)聯(lián)。

【文章頁數(shù)】：13 頁

【部分圖文】：

圖3CHD-DEG(A)和BRGs(B)的DAVID基因功能注釋圖

將64個BRGs關(guān)聯(lián)到GO生物學(xué)功能注釋上(FDR≤0.05和Count≥10genes),主要包括(圖3B):轉(zhuǎn)錄(transcription,包含CEBPA、BTRC和RORB等19個基因);轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合(transcriptionfactorbinding,包含CEB....

圖1冠心病差異表達(dá)基因火山圖(A)和前10個冠心病差異表達(dá)基因的聚類熱圖(B)

利用R軟件的limma包對GSE71226數(shù)據(jù)集進(jìn)行DEGs篩選(P.Value<0.05,fold-change≥2),獲得488個CHD-DEGs,其中包括207個上調(diào)基因和281個下調(diào)基因(圖1A)。利用R軟件的pheatmap包將CHD-DEGs進(jìn)行聚類分析,患病組(CH....

圖2生物鐘相關(guān)基因的互作網(wǎng)絡(luò)

圖1冠心病差異表達(dá)基因火山圖(A)和前10個冠心病差異表達(dá)基因的聚類熱圖(B)2.2GO和KEGGpathway信號通路

圖4CHD-DEGs和BRGs疾病生物學(xué)功能注釋關(guān)聯(lián)圖(A)和與TLR1-10關(guān)聯(lián)的CHD-DEGs和BRGs(B)

利用STRING在線分析工具和Cytoscape3.6.1對488個CHD-DEGs與64個BRGs的編碼產(chǎn)物進(jìn)行互作分析,發(fā)現(xiàn)有28個CHD-DEGs的編碼蛋白(DBF4、HAUS6、HAUS1、WDR75、MPHOSPH10、HAUS3、UBB、CDC34、UBA52、OB....

本文編號：3992618