背景:梅毒螺旋體的重復(fù)基因K(tprK)被認(rèn)為在梅毒持續(xù)性感染過程中扮演重要的角色。早期對于tprK基因多樣性的研究以兔傳的菌株為研究對,很少關(guān)注梅毒患者體內(nèi)的變化特點,且采用的是菌落克隆-Sanger測序。方法:收集28份廈門大學(xué)附屬中山醫(yī)院就醫(yī)的一期和二期梅毒患者的皮損標(biāo)本,采用新一代測序技術(shù)(NGS)探討梅毒患者tprK基因的變化特點。結(jié)果:不論在一期或者二期梅毒患者體內(nèi),梅毒螺旋體tprK基因的七個可變區(qū)均存在不同序列的混合。在計算每個可變區(qū)內(nèi)不同序列所占比例時,發(fā)現(xiàn)除了可以用先前的克隆-Sanger測序方法檢測到的主要序列之外,這28份標(biāo)本中的梅毒螺旋體tprK基因可變區(qū)均都含有許多次要變體,并且這些變體相對頻率主要集中1-5%之間。與一期梅毒患者體內(nèi)的tprK基因可變區(qū)多樣性比較,二期梅毒患者體中tprK基因其七個可變區(qū)發(fā)現(xiàn)了更多的混合性變體,并且可變區(qū)內(nèi)主要序列的頻率普遍降低(小于80%),同時伴隨著分布在10-49.9%頻率之間的次要變體比例增高。有趣的是,分析每個可變區(qū)內(nèi)所獲得的不同序列長度時,發(fā)現(xiàn)每個可變區(qū)內(nèi)變體的序列長度變化僅相差3bp或為3bp的倍數(shù)。此外,在氨...

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
縮略詞及中英文對照表
中文摘要
Abstract
第一章 緒論
    1. 梅毒的概述
    2. 抗原變異與梅毒的持續(xù)性感染
    3. tprK基因與梅毒螺旋體的免疫逃逸
    4. 研究目的與意義
第二章 實驗材料與方法
    1. 實驗材料
        1.1 收集臨床梅毒患者的皮損標(biāo)本
        1.2 實驗主要試劑與耗材
        1.3 實驗主要儀器
    2. 實驗方法與步驟
        2.1 快速血漿反應(yīng)素環(huán)狀卡片試驗(RPR)
        2.2 梅毒螺旋體明膠顆粒凝集試驗(TPPA)
        2.3 建立tp0574質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品的qPCR標(biāo)準(zhǔn)曲線
        2.4 臨床梅毒患者皮損組織懸液DNA提取與濃縮
        2.5 Roche LightCycler^? 480 qPCR檢測臨床樣本中tp0574 DNA的拷貝數(shù)
        2.6 特異性擴增tprK基因全長
        2.7 分段二次擴增tprK基因
        2.8 分段擴增產(chǎn)物的二代測序文庫構(gòu)建
        2.9 tprK基因擴增產(chǎn)物的高通量測序
        2.10 基于克隆-Sanger的方法檢測臨床標(biāo)本中梅毒螺旋體tprK基因多樣性
第三章 實驗結(jié)果
    1. tp0574質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)曲線建立
    2. qPCR檢測臨床患者皮損中tp0574 DNA的拷貝數(shù)
    3. tprK全長擴增及產(chǎn)物驗證和純化
    4. 分段二次擴增tprK基因及產(chǎn)物純化
    5. 片段產(chǎn)物濃度及純度檢測結(jié)果
    6. 評估tprK基因擴增子測序質(zhì)量
    7. 基于NGS檢測臨床樣本中梅毒螺旋體tprK基因的多樣性
        7.1 來源一期梅毒患者標(biāo)本的tprK基因七個可變區(qū)變體的頻率分布
        7.2 來源二期梅毒患者標(biāo)本的tprK基因七個可變區(qū)變體的頻率分布
        7.3 tprK基因的七個可變區(qū)不同序列的數(shù)量和長度變化
        7.4 tprK基因可變區(qū)的氨基酸序列
        7.5 tprK基因可變區(qū)的氨基酸序列共享性
    8. 基于克隆-Sanger檢測臨床樣本中梅毒螺旋體tprK基因的多樣性
        8.1 梅毒螺旋體tprK基因質(zhì)粒構(gòu)建
        8.2 菌落測序分析梅毒患者的tprK基因多樣性
    9. 基于兩種方法學(xué)檢測臨床樣本中梅毒螺旋體tprK基因的多樣性
第四章 討論
    1. 一期梅毒患者中梅毒螺旋體tprK基因的多樣性
    2. 比較一期與二期梅毒患者的tprK基因多樣性
    3. tprK基因可變區(qū)的長度變化特點
    4. tprK基因可變區(qū)內(nèi)氨基酸序列的特點
    5. 基于克隆-Sanger方法檢測tprK基因存在的不足
    6. 不足與展望
第五章 結(jié)論
參考文獻
致謝
攻讀碩士期間的研究成果



本文編號：3917909