長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是指序列長度大于200 bp,不編碼蛋白質(zhì)的一類RNA。隨著研究的深入,關(guān)于lncRNA參與基因的表達(dá)調(diào)控、疾病致病機理的報道越來越多,并且越來越多的長鏈非編碼RNA序列被發(fā)現(xiàn)、其生物學(xué)功能被揭示。我們發(fā)現(xiàn)在斑馬魚信息網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(The Zebrafish Information Network,ZFIN)中存在兩條跨越SIX基因亞簇的LncRNA基因,它們分別是位于第13號染色體的LncRNA Six2a-OT基因(ENSDARG00000094301.1)和位于第20號染色體上的LncRNA Six6b-OT基因(ENSDARG00000096560.1)。其中Six2a-OT基因與six2a-six3a基因亞簇位于第13號染色體上,轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為Six2a-OT(six2a overlapping transcript lncRNA,648bp);Six6b-OT基因與six6b-six1b-six4b亞簇位于第20號染色體上,轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為Six6b-OT(six6b overlapping transcript ...

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
縮略詞
第一部分 引言
    1.1 非編碼RNA
        1.1.1 LncRNASix2a-OT
        1.1.2 LncRNASix6b-OT
    1.2 SIX基因家族及SIX基因亞簇
    1.3 LncRNA與SIX基因亞簇在染色體上的位置關(guān)系
第二部分 實驗方法探究LncRNA生物學(xué)功能
    2.1 引言
    2.2 斑馬魚品系和飼養(yǎng)方法
    2.3 總RNA的提取和cDNA的制備
    2.4 LncRNA基因的外顯子測序
    2.5 qPCR實驗方法及數(shù)據(jù)分析
        2.5.1 引物設(shè)計
        2.5.2 qPCR實驗操作步驟(SYBRGreen染料法)
        2.5.3 Six2a-OT、Six6b-OT在斑馬魚性腺和胚胎早期的表達(dá)差異
        2.5.4 Six2a-OT、Six6b-OT在斑馬魚卵巢支持細(xì)胞和生殖細(xì)胞的表達(dá)差異
        2.5.5 Six2a-OT和Six2a-OTuns在AB斑馬魚胚胎早期的表達(dá)差異
        2.5.6 SIX基因亞簇各成員在斑馬魚性腺及胚胎發(fā)育早期的表達(dá)差異
    2.6 整胚原位雜交實驗方法及結(jié)果分析
        2.6.1 固定胚胎
        2.6.2 反義RNA探針的制備
        2.6.3 整胚原位雜交實驗操作步驟
        2.6.4 顯微觀察及拍照：
        2.6.5 Six2a-OT和Six6b-OT的時空表達(dá)模式
    2.7 顯微注射Morpholino敲低Six2a-OT的表達(dá)
        2.7.1 Morpholino設(shè)計
        2.7.2 顯微注射Morpholino實驗操作步驟
        2.7.3 觀察注射Six2a-OTMo組與StandardMo組的胚胎發(fā)育情況
        2.7.4 檢驗Morpholino效果
        2.7.5 檢測Six2a-OTMo組中six2a-six3a基因亞簇的表達(dá)量變化
    2.8 本章小結(jié)
第三部分 生物信息學(xué)方法預(yù)測和分析LncRNA
    3.1 引言
    3.2 Six2a-OT的生物信息方法預(yù)測和分析
        3.2.1 Six2a-OT的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
        3.2.2 Six2a-OTRRI預(yù)測
        3.2.3 Six2a-OTRPI預(yù)測
    3.3 Six6b-OT的生物信息方法預(yù)測和分析
        3.3.1 Six6b-OT的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
        3.3.2 Six6b-OTRRI預(yù)測
        3.3.3 Six6b-OTRPI預(yù)測
    3.4 本章小結(jié)
第四部分 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號：3876502