以云南栽培的枯萎病抗病品種綠皮黑籽南瓜(Cucurbita ficifolia)為材料,采用二代轉錄組和全長轉錄組測序相結合的方法,對黑籽南瓜NBS類抗病基因進行鑒別和篩選。結果顯示:以NB-ARC作為參考氨基酸序列,共鑒定了43條CfNBS (NBS-type gene from C. ficifolia)類基因全長序列,分屬于TNL、CNL、TN、RPW8-N和N類5個亞基因家族,典型的TNL和CNL類分別有2個和13個。系統(tǒng)進化樹分析表明, CfNBS類基因可以分為4大類群,黑籽南瓜的NBS類抗病基因數(shù)量較少但其基因進化類型比其他瓜類物種豐富。與二代轉錄組進行比對,篩選獲得11個差異表達的黑籽南瓜NBS類關鍵基因,包括4個抗病蛋白、2個蛋白激酶、2個TMV抗性蛋白和3個未知功能蛋白, qRT-PCR分析表明有10個Cf NBS類關鍵基因在枯萎病菌接種后48和96 h出現(xiàn)上調或下調表達,可能參與了黑籽南瓜對枯萎病菌侵染不同時間點的抗病應答過程。11個CfNBS類關鍵基因的GO (Gene Ontology)功能富集分析表明,其涉及的生物學過程顯著富集在防衛(wèi)反應、谷胱甘肽轉運、改良氨...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 實驗材料和菌種
    1.2 黑籽南瓜二代轉錄組測序
        1.2.1 枯萎病菌接種及實驗設計
        1.2.2 總RNA的提取及二代轉錄組測序
        1.2.3 差異表達基因(differential expression genes,DEGs)篩選
    1.3 黑籽南瓜全長轉錄組測序
        1.3.1 全長轉錄組的數(shù)據(jù)分析
        1.3.2 NBS類基因的鑒別
        1.3.3 NBS類基因系統(tǒng)進化分析
        1.3.4 Cf NBS類差異表達關鍵基因的鑒定
        1.3.5 Cf NBS類關鍵基因的GO (Gene Ontology)功能注釋和富集分析
    1.4 Cf NBS類關鍵基因的q RT-PCR分析與組織表達特性分析
        1.4.1 總RNA提取
        1.4.2 NBS類關鍵的引物和q RT-PCR反應體系
        1.4.3 q RT-PCR數(shù)據(jù)分析
2 實驗結果
    2.1 Cf NBS類基因的鑒定
    2.2 Cf NBS類基因的分類
    2.3 Cf NBS類基因的系統(tǒng)進化樹分析
    2.4 黑籽南瓜NBS類關鍵基因的鑒定及功能注釋
    2.5 黑籽南瓜NBS類關鍵基因的GO功能富集分析
    2.6 Cf NBS類關鍵基因的q RT-PCR分析
    2.7 Cf NBS類關鍵基因的組織表達特性分析
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