發(fā)布時(shí)間：2023-10-12 05:52

　　利用生物信息學(xué)和比較基因組學(xué)方法對(duì)高粱COBRA基因家族進(jìn)行鑒定,并對(duì)其基因結(jié)構(gòu)、系統(tǒng)進(jìn)化、選擇壓力和表達(dá)模式進(jìn)行分析,為進(jìn)一步研究COBRA基因功能奠定基礎(chǔ)。結(jié)果表明,在高粱基因組中共鑒定出10個(gè)COBRA基因,分別命名為SbBC1和SbBC1L1—SbBC1L9,其中5個(gè)成員分布于1號(hào)染色體,4個(gè)成員分布于2號(hào)染色體,僅SbBC1L6分布于6號(hào)染色體,同時(shí)明確了SbBC1L1和SbBC1L3、SbBC1和SbBC1L4、SbBC1L2和SbBC1L5共6個(gè)成員是由3次串聯(lián)復(fù)制事件產(chǎn)生。此外,這些基因編碼蛋白質(zhì)在N端都具有信號(hào)肽和CCVS保守結(jié)構(gòu)域,除SbBC1L5外,其他9個(gè)成員C端都有GPI錨定蛋白的ω-位點(diǎn)。系統(tǒng)進(jìn)化分析顯示,COBRA基因家族可以分為兩組,第一組包含A、B亞組;第二組包含C、D、E和F亞組。其中,B亞組產(chǎn)生于單子葉和雙子葉植物分化之后,屬于單子葉植物特有類(lèi)群,而C亞組在單子葉和雙子葉植物中都發(fā)生COBRA基因丟失。Ka(非同義替換率)/Ks(同義替換率)值揭示,所有高粱COBRA基因在進(jìn)化過(guò)程中都受到了純化選擇。表達(dá)分析顯示,在高粱的11個(gè)檢測(cè)樣本中,所有家族...

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【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 試驗(yàn)材料
    1.2 高粱和其他11種代表性植物的COBRA基因的鑒定
    1.3 高粱COBRA基因家族的生物信息學(xué)分析
    1.4 高粱COBRA基因家族復(fù)制事件和選擇壓力
    1.5 高粱COBRA基因家族的表達(dá)分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 高粱COBRA基因家族的鑒定
    2.2 高粱和其他11種被子植物的COBRA蛋白的系統(tǒng)發(fā)育分析
    2.3 高梁COBRA基因家族選擇壓力分析
    2.4 高粱COBRA蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化和基因結(jié)構(gòu)分析
    2.5 高粱COBRA基因家族成員的表達(dá)分析
3 結(jié)論與討論



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