發(fā)布時(shí)間：2023-05-06 04:56

　　文昌魚是一類現(xiàn)存的基部脊索動(dòng)物,隸屬頭索動(dòng)物亞門、文昌魚綱、文昌魚目、文昌魚科�，F(xiàn)存文昌魚主要由Branchiostoma、Epigonichthys和Asymmetron 3個(gè)屬組成,其中Branchiostoma的種類最多。文昌魚被廣泛作為頭索動(dòng)物和脊椎動(dòng)物的共同祖先“代理人”,是研究脊索動(dòng)物起源演化相關(guān)科學(xué)問題的理想材料,包括比較免疫和演化發(fā)育生物學(xué)等。當(dāng)前,隨著多種文昌魚的基因組和轉(zhuǎn)錄組被測(cè)序,很多有待解決的科學(xué)問題和感興趣的研究將得以被開展,例如基于大組學(xué)數(shù)據(jù)的文昌魚分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)研究、文昌魚全基因組范圍的免疫相關(guān)基因序列及表達(dá)分析等。此外,還能基于這些海量遺傳學(xué)資源,開發(fā)文昌魚研究中常用的資源和工具,促進(jìn)相關(guān)領(lǐng)域的發(fā)展,如分子標(biāo)記開發(fā)、實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析中(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)內(nèi)參基因篩選和各類探針的設(shè)計(jì)等。現(xiàn)存文昌魚種類相比于其他動(dòng)物類群,物種數(shù)量少、分類單位和多樣性并不復(fù)雜,但文昌魚不同種類之間形態(tài)非常相近,且不同種類的文昌魚在全世界分布較為分散,因此文昌魚的系統(tǒng)分類是一項(xiàng)比較有挑戰(zhàn)性的工作。再加之文昌魚為脊椎動(dòng)物和...

【文章頁數(shù)】：141 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 文昌魚概況
        1.1 文昌魚的發(fā)現(xiàn)和分布概況
        1.2 文昌魚的生活習(xí)性
        1.3 文昌魚成體的結(jié)構(gòu)
        1.4 文昌魚的生長發(fā)育
    2 文昌魚的分子系統(tǒng)發(fā)育學(xué)
        2.1 文昌魚的進(jìn)化地位
        2.2 文昌魚的分子系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系
    3 文昌魚的免疫學(xué)研究
        3.1 組織和細(xì)胞水平的免疫學(xué)研究
        3.2 基因表達(dá)水平的免疫學(xué)研究
    4 文昌魚的人工養(yǎng)殖及其價(jià)值
    5 本學(xué)位論文的研究思路、研究目的及意義
第二章 文昌魚分子系統(tǒng)發(fā)育及免疫相關(guān)基因演化特征
    1 前言
    2 材料和方法
        2.1 樣品和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
        2.2 從頭組裝、基因集矯正和功能注釋
        2.3 直系同源基因調(diào)取及系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系重建
        2.4 分歧時(shí)間推測(cè)
        2.5 分子進(jìn)化分析
    3 結(jié)果
        3.1 測(cè)序、組裝、基因矯正和注釋
        3.2 文昌魚基因進(jìn)化速率和分子系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系
        3.3 文昌魚物種分歧時(shí)間推測(cè)
        3.4 文昌魚物種間結(jié)構(gòu)域的進(jìn)化和基因功能分析
        3.5 文昌魚物種間快速進(jìn)化基因鑒定及功能分析
    4 討論
    5 小結(jié)與展望
第三章 文昌魚不同發(fā)育階段和組織實(shí)時(shí)熒光定量PCR內(nèi)參基因篩選
    1 前言
    2 材料和方法
        2.1 試驗(yàn)樣品收集
        2.2 RNA純化和cDNA合成
        2.3 備選內(nèi)參基因和目的基因的鑒定
        2.4 內(nèi)參基因選擇、引物設(shè)計(jì)及擴(kuò)增效率評(píng)估
        2.5 qRT-PCR分析
        2.6 備選內(nèi)參基因表達(dá)穩(wěn)定性評(píng)估
        2.7 確定候選內(nèi)參基因表達(dá)的穩(wěn)定性
    3 結(jié)果
        3.1 引物可行性確定和基因表達(dá)譜描述
        3.2 內(nèi)參基因在不同發(fā)育階段中表達(dá)穩(wěn)定性評(píng)估
        3.3 內(nèi)參基因在不同組織中表達(dá)穩(wěn)定性評(píng)估
        3.4 內(nèi)參基因在LPS免疫的文昌魚三個(gè)不同組織中表達(dá)穩(wěn)定性評(píng)估
        3.5 確定每個(gè)實(shí)驗(yàn)條件下最適標(biāo)準(zhǔn)化因子數(shù)量
        3.6 文昌魚不同發(fā)育階段內(nèi)參基因可行性驗(yàn)證
    4 討論
    5 小結(jié)與展望
第四章 LPS免疫刺激下文昌魚基因表達(dá)譜的時(shí)間動(dòng)態(tài)變化研究
    1 前言
    2 材料和方法
    3 結(jié)果
        3.1 基因組指導(dǎo)的比對(duì)分析
        3.2 差異表達(dá)基因的觀察
        3.3 差異表達(dá)基因的GO和KEGG富集分析
        3.4 時(shí)間特異表達(dá)基因的鑒別
        3.5 時(shí)間特異表達(dá)基因的GO和KEGG富集分析
        3.6 qRT-PCR確認(rèn)基因表達(dá)譜
    4 討論
    5 小結(jié)與展望
第五章 poly(I:C)免疫刺激下文昌魚miRNA的鑒定及表達(dá)譜研究
    1 前言
    2 材料和方法
        2.1 B.belcheri樣品采集和病毒模擬物刺激
        2.2 RNA提取、文庫構(gòu)建和深度測(cè)序
        2.3 B.belcheri miRNA的數(shù)據(jù)處理和鑒定
        2.4 在pIC免疫條件下差異表達(dá)miRNA的鑒定
        2.5 差異表達(dá)miRNA的目標(biāo)基因預(yù)測(cè)和功能富集分析
        2.6 miRNA深度測(cè)序數(shù)據(jù)確認(rèn)
    3 結(jié)果
        3.1 小非編碼RNA分析
        3.2 B.belcheri保守和新miRNA鑒定
        3.3 免疫應(yīng)答miRNA的鑒定和qRT-PCR驗(yàn)證
        3.4 免疫應(yīng)答miRNA的靶基因預(yù)測(cè)和功能富集分析
        3.5 免疫相關(guān)KEGG通路中的靶基因分析
    4 討論
    5 小結(jié)與展望
全文總結(jié)及創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
已發(fā)表論文
致謝



本文編號(hào)：3809070