目的:旨在通過(guò)生物信息學(xué)方法篩選與腎透明細(xì)胞癌(ccRCC)發(fā)生、發(fā)展相關(guān)的關(guān)鍵樞紐基因.方法:從公共基因數(shù)據(jù)庫(kù)下載ccRCC基因芯片數(shù)據(jù)集(GSE66270)并篩選ccRCC組織與正常癌旁組織樣本間的差異表達(dá)基因.R軟件的clusterProfiler程序包用于差異表達(dá)基因的基因本體(GO)功能注釋、京都基因與基因組百科全書(shū)(KEGG)通路富集分析.使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)、Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)并篩選關(guān)鍵樞紐基因.通過(guò)GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)關(guān)鍵樞紐基因進(jìn)行驗(yàn)證和預(yù)后分析.結(jié)果:共篩選出280個(gè)差異表達(dá)基因.GO分析結(jié)果顯示差異表達(dá)基因在離子的穩(wěn)態(tài)、跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)和離子跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白活性中顯著富集.KEGG富集分析結(jié)果顯示,差異表達(dá)基因主要參與PPAR信號(hào)通路、補(bǔ)體和凝血級(jí)聯(lián)反應(yīng)以及膽固醇代謝等相關(guān)腫瘤信號(hào)通路.從差異表達(dá)基因中篩選出7個(gè)關(guān)鍵樞紐基因,包括3個(gè)上調(diào)基因C3、CXCR4、CXCL9和4個(gè)下調(diào)基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析結(jié)果顯示,關(guān)鍵樞紐基因C3和CASR與ccRCC患者的預(yù)后不良相關(guān).結(jié)論:通過(guò)生物信息學(xué)方法篩選了與ccRCC發(fā)生、發(fā)展相...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 基因芯片數(shù)據(jù)的獲取
    1.2 差異表達(dá)基因分析
    1.3 GO功能注釋和KEGG通路富集
    1.4 PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及模塊分析
    1.5 關(guān)鍵樞紐基因的驗(yàn)證和生存分析
    1.6 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法
2 結(jié)果
    2.1 ccRCC組織與正常腎組織之間的差異表達(dá)基因
    2.2 差異表達(dá)基因的GO功能注釋和KEGG通路富集分析
    2.3 PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及關(guān)鍵樞紐基因的篩選
    2.4 關(guān)鍵樞紐基因的驗(yàn)證和生存分析
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