目的:利用加權基因共表達網(wǎng)絡分析和R語言等生物信息學方法和軟件,對TCGA數(shù)據(jù)庫的乳腺癌數(shù)據(jù)進行挖掘和分析,發(fā)現(xiàn)與乳腺癌預后相關的潛在基因。對乳腺癌預后相關基因進行探索、分析和討論,尋找乳腺癌治療新靶點,構建輔助評估乳腺癌預后風險的新模型和風險評分,并探討該模型的風險評分在臨床應用中的可能性和價值,為乳腺癌精準治療提供新方向和方法。研究方法:1.通過收集TCGA數(shù)據(jù)庫中乳腺癌組織樣本和癌旁組織樣本的相關臨床資料、病理情況和分子基因測序等數(shù)據(jù),經數(shù)據(jù)處理后篩選出差異表達基因(DEGs)作為本次研究差異表達基因篩選的總體數(shù)據(jù),再進行差異表達基因聚類識別和差異分析。2.通過GO功能富集分析和KEGG基因通路分析探索表達差異基因的相關的生物過程、分子功能、細胞成分和相關通路等。3.使用Cytoscape軟件構建所有表達差異基因的蛋白質互作網(wǎng)絡(PPI),尋找出關系密切的基因群并將其可視化。4.運用加權基因共表達網(wǎng)絡分析(WGCNA)篩選出與乳腺癌預后相關的基因,并進行差異表達基因聚類識別和相關性分析,同時使用Cytoscape的Mcode軟件分析這些基因的蛋白互作調控關系并將其可視化,利用Co...

【文章頁數(shù)】：66 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
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英文摘要
第一章 前言
    1.1 乳腺癌的流行病學情況
    1.2 乳腺癌的診斷和治療
    1.3 乳腺癌預后基因的研究進展
    1.4 乳腺癌的生物信息應用
    1.5 小結
第二章 材料與方法
    2.1 材料
    2.2 方法
    2.3 步驟
第三章 結果
    3.1 乳腺癌差異表達基因數(shù)據(jù)篩選
    3.2 乳腺癌差異表達基因功能富集和通路分析
    3.3 構建蛋白質相互作用網(wǎng)絡
    3.4 乳腺癌加權基因共表達分析
    3.5 差異表達基因間相關性分析
    3.6 差異表達基因的調控關系分析
    3.7 差異表達基因的相關因素分析
    3.8 構建乳腺癌基因風險模型
    3.9 驗證預后風險評分的可靠性
    3.10 預后風險評分的相關因素分析
第四章 討論
第五章 結論和展望
參考文獻
附錄1:中英縮略詞對照表
致謝



本文編號：3800959