目的:本課題利用基因表達綜合數(shù)據(jù)庫(Gene Expression Omnibus,GEO)中的基因芯片識別口腔鱗狀細胞癌組織與癌旁組織顯著差異表達的基因,以獲得新的生物標志物或潛在口腔鱗狀細胞癌治療靶點。方法:通過公用數(shù)據(jù)庫GEO提供的在線分析工具GEO2R對GSE23558、GSE37991和GSE138206的基因表達譜進行分析。在每個GEO數(shù)據(jù)集中篩選差異表達基因后,在口腔鱗狀細胞癌組織中獲得212個差異表達基因。利用京都基因與基因組百科全書和基因本體論進行富集分析,探討上述差異表達基因的生物學功能和參與的信號通路。構建蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡后將數(shù)據(jù)導入Cytoscape軟件尋找核心基因并將其可視化。從Kaplan Meier-plotter數(shù)據(jù)庫中分析核心基因與頭頸部鱗狀細胞癌患者相應的總體生存信息。最終利用GEPIA數(shù)據(jù)庫對與生存率密切相關的候選基因表達進行驗證。結果:通過上述方法,我們成功篩選出212個差異表達基因,與癌旁組織相比口腔鱗狀細胞癌中表達上調的基因為74個,表達下調的基因為138個。核心基因16個,其中與口腔鱗狀細胞癌預后密切相關的基因有6個,分別為極光激酶A...

【文章頁數(shù)】：42 頁

【學位級別】：碩士

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前言
1 材料與方法
    1.1 研究背景
    1.2 生物信息學數(shù)據(jù)庫的介紹
    1.3 差異基因的篩選
    1.4 差異基因的生物信息學分析
2 結果
    2.1 差異表達基因篩選結果
    2.2 GO和 KEGG富集結果
    2.3 蛋白質互作網(wǎng)絡圖
    2.4 核心基因的預后分析
3 討論
4 結論
參考文獻
綜述
    參考文獻
附錄
致謝
在學期間承擔/參與的科研課題與研究成果
個人簡歷



本文編號：3782575