目的:本課題利用基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(Gene Expression Omnibus,GEO)中的基因芯片識別口腔鱗狀細(xì)胞癌組織與癌旁組織顯著差異表達(dá)的基因,以獲得新的生物標(biāo)志物或潛在口腔鱗狀細(xì)胞癌治療靶點(diǎn)。方法:通過公用數(shù)據(jù)庫GEO提供的在線分析工具GEO2R對GSE23558、GSE37991和GSE138206的基因表達(dá)譜進(jìn)行分析。在每個(gè)GEO數(shù)據(jù)集中篩選差異表達(dá)基因后,在口腔鱗狀細(xì)胞癌組織中獲得212個(gè)差異表達(dá)基因。利用京都基因與基因組百科全書和基因本體論進(jìn)行富集分析,探討上述差異表達(dá)基因的生物學(xué)功能和參與的信號通路。構(gòu)建蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)后將數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape軟件尋找核心基因并將其可視化。從Kaplan Meier-plotter數(shù)據(jù)庫中分析核心基因與頭頸部鱗狀細(xì)胞癌患者相應(yīng)的總體生存信息。最終利用GEPIA數(shù)據(jù)庫對與生存率密切相關(guān)的候選基因表達(dá)進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果:通過上述方法,我們成功篩選出212個(gè)差異表達(dá)基因,與癌旁組織相比口腔鱗狀細(xì)胞癌中表達(dá)上調(diào)的基因?yàn)?4個(gè),表達(dá)下調(diào)的基因?yàn)?38個(gè)。核心基因16個(gè),其中與口腔鱗狀細(xì)胞癌預(yù)后密切相關(guān)的基因有6個(gè),分別為極光激酶A...

【文章頁數(shù)】：42 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
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前言
1 材料與方法
    1.1 研究背景
    1.2 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫的介紹
    1.3 差異基因的篩選
    1.4 差異基因的生物信息學(xué)分析
2 結(jié)果
    2.1 差異表達(dá)基因篩選結(jié)果
    2.2 GO和 KEGG富集結(jié)果
    2.3 蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)圖
    2.4 核心基因的預(yù)后分析
3 討論
4 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
綜述
    參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
在學(xué)期間承擔(dān)/參與的科研課題與研究成果
個(gè)人簡歷



本文編號：3782575