發(fā)布時(shí)間：2017-05-19 05:10

  本文關(guān)鍵詞：肝癌重測(cè)序數(shù)據(jù)整合以及肝癌關(guān)鍵致病基因的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景：近幾年,大量的研究對(duì)肝癌進(jìn)行了全基因組或外顯子組重測(cè)序,并找到了大量蛋白編碼基因的突變。但是,這些研究只關(guān)注有限數(shù)量的肝癌候選基因,仍有很多重要的基因突變值得去進(jìn)一步研究。主要發(fā)現(xiàn)：在這個(gè)研究中,我們主要整合了13個(gè)不同來(lái)源的肝癌突變數(shù)據(jù),從而找出肝癌發(fā)生相關(guān)的關(guān)鍵致病基因和高頻突變基因。我們共找出45個(gè)肝細(xì)胞癌關(guān)鍵致病基因(突變率5%),包括眾所周知的癌癥基因TP53、CTNNB1、 AXINl以及最近發(fā)現(xiàn)的肝細(xì)胞癌相關(guān)基因COL11A1、USH2A、LRPIB、ALB、 GRPR98等,其中TNN、PCLO、RYR2、MUC4為未被報(bào)道過(guò)的肝細(xì)胞癌高頻突變基因(10%)。在進(jìn)一步預(yù)后分析中,7個(gè)基因同時(shí)在生存分析和Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型分析中顯示與肝細(xì)胞癌預(yù)后顯著相關(guān)。通過(guò)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析和富集分析,我們共找到8條富集顯著的突變通路和26種基因富集顯著的突變功能,主要與細(xì)胞轉(zhuǎn)移、轉(zhuǎn)錄、復(fù)制、免疫反應(yīng)等功能相關(guān)。結(jié)論：以上這些肝癌致病相關(guān)基因的發(fā)現(xiàn)為肝癌治療提供了潛在靶標(biāo)。同時(shí),我們的工作表明對(duì)同一主題的研究進(jìn)行整合分析既可以增強(qiáng)結(jié)果的統(tǒng)計(jì)學(xué)強(qiáng)度,又能重新發(fā)現(xiàn)被單個(gè)研究所掩蓋的具有生物學(xué)意義的事件或信息。這種類(lèi)型的生物信息學(xué)方法能讓研究者更好地利用激增的生物數(shù)據(jù),加速癌癥等復(fù)雜疾病的攻克。
【關(guān)鍵詞】：肝癌 肝細(xì)胞癌 關(guān)鍵致病基因 預(yù)后分析 基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
【學(xué)位授予單位】：華東師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：R735.7
【目錄】：

• 摘要6-7
• ABSTRACT7-11
• 第一章 緒論11-24
• 第一節(jié) 肝癌概述11-17
• 一、肝癌介紹與分型11-13
• 二、肝癌基因組學(xué)研究現(xiàn)狀13-17
• 第二節(jié) 二代測(cè)序技術(shù)概述17-19
• 第三節(jié) 預(yù)后研究概述19-22
• 一、預(yù)后簡(jiǎn)介19-20
• 二、預(yù)后分析的方法20-21
• 三、預(yù)后因素分析的意義21-22
• 第四節(jié) 基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的建立和分析22-24
• 第二章 肝癌突變數(shù)據(jù)的整合分析24-46
• 第一節(jié) 材料與方法24-27
• 一、肝癌突變數(shù)據(jù)的收集24-25
• 二、肝癌數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)處理25-26
• 三、肝細(xì)胞癌預(yù)后分析26
• 四、肝細(xì)胞癌網(wǎng)絡(luò)分析26-27
• 第二節(jié) 結(jié)果27-46
• 一、關(guān)于13組不同來(lái)源肝癌基因突變數(shù)據(jù)的比較27-29
• 三、通過(guò)整合分析識(shí)別肝癌關(guān)鍵致病基因29-36
• 四、關(guān)于肝細(xì)胞癌關(guān)鍵致病基因的預(yù)后分析36-42
• 五、關(guān)于肝細(xì)胞癌關(guān)鍵致病基因的網(wǎng)絡(luò)分析42-43
• 六、網(wǎng)絡(luò)模塊基因的KEGG通路和GO功能富集分析43-46
• 第三章 討論與展望46-51
• 第一節(jié) 討論46-49
• 第二節(jié) 本研究創(chuàng)新之處49-50
• 第三節(jié) 展望50-51
• 參考文獻(xiàn)51-63
• 致謝63

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  本文關(guān)鍵詞：肝癌重測(cè)序數(shù)據(jù)整合以及肝癌關(guān)鍵致病基因的研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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