去殼后的谷子俗稱小米由于其富含豐富的營養(yǎng)物質(zhì)備受人們的青睞,因此培育高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)和廣譜抗性的谷子新品種成為育種學(xué)家的首選目標(biāo)。從其近緣種入手,通過生物信息分析比較它們之間的差異,可以進(jìn)一步解析一些基因的功能及其調(diào)控網(wǎng)絡(luò),為今后挖掘優(yōu)異基因拓寬育種親本奠定基礎(chǔ)。青狗尾草是谷子的野生祖先,二者基因組測序已經(jīng)完成,但其遺傳進(jìn)化關(guān)系尚缺乏研究。本研究利用生物信息學(xué)的方法,首先將已公布的谷子品種豫谷1號和青狗尾草基因組和轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了比較。分析了編碼區(qū)之間的變異情況。最后,將推測的蛋白質(zhì)序列也進(jìn)行了變異檢測。落粒性是植物馴化過程中的一個重要農(nóng)藝性狀,對產(chǎn)量的影響很大。為了了解狗尾草向谷子進(jìn)化過程落粒性相關(guān)基因的馴化情況,我們在上述谷子和狗尾草全基因組比較的基礎(chǔ)上,分析了谷子和狗尾草落粒性相關(guān)基因的差異,并重點(diǎn)研究了PT2基因。具體結(jié)果如下:1)谷子(Setaria italica)基因組序列大小約 405.74 Mb,Scaffold N50 約 47.25 Mb,Contig N50約126.27Kb;青狗尾草(Setaria viridis)基因組序列大小約394.90Mb,Scaffold N...

【文章頁數(shù)】：41 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
縮略詞表
摘要
1 研究背景
    1.1 谷子簡介
    1.2 比較基因組學(xué)
        1.2.1 比較基因組學(xué)概述
        1.2.2 基因組比對基礎(chǔ)
        1.2.3 比較基因組學(xué)常用的研究方法與工具
        1.2.4 基因組變異分析
    1.3 植物的落粒性及其調(diào)控
        1.3.1 植物落粒性的解剖學(xué)機(jī)理
        1.3.2 激素對植物落粒性的作用
        1.3.3 擬南芥落粒機(jī)理
        1.3.4 水稻落粒機(jī)理
    1.4 本課題研究的目的和意義
2 材料與方法
    2.1 材料
        2.1.1 試驗(yàn)材料
    2.2 方法
        2.2.1 基因組比對
        2.2.2 重復(fù)序列注釋
        2.2.3 SNP和In Del的識別和注釋
        2.2.4 Unigene的SNP分析
        2.2.5 PT2基因及其啟動子的生物信息學(xué)分析
        2.2.6 總RNA提取與PT2基因的檢測
        2.2.7 植物基因組DNA的提取
        2.2.8 PT2基因外顯子的擴(kuò)增及序列分析
3 結(jié)果
    3.1 比較基因組學(xué)分析
        3.1.1 谷子和狗尾草基因組分析
        3.1.2 谷子和狗尾草轉(zhuǎn)錄本變異結(jié)果統(tǒng)計(jì)
        3.1.3 谷子和狗尾草氨基酸變異結(jié)果統(tǒng)計(jì)
    3.2 PT2基因的分析與驗(yàn)證
        3.2.1 谷子PT2候選基因的篩選與分析
        3.2.2 谷子PT2基因啟動子元件分析
        3.2.3 谷子PT2家族基因表達(dá)部位分析
        3.2.4 PT2基因保守性分析
4 討論
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
Abstract
致謝



本文編號：3760957