結(jié)直腸癌（Colorectal cancer,CRC）是世界上最常見的惡性腫瘤之一。國內(nèi)外許多學(xué)者對CRC進(jìn)行了大量的分子機(jī)制研究,產(chǎn)生了海量的數(shù)據(jù)。我們通過數(shù)據(jù)挖掘和分子實驗相結(jié)合的研究方法,尋找潛在的致病基因。為結(jié)直腸癌的分子機(jī)制研究提供參考。首先,利用基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（Gene Expression Omnibus,GEO）中的數(shù)據(jù)集GSE87211進(jìn)行了權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）,并通過關(guān)聯(lián)臨床信息,篩選了與CRC發(fā)病相關(guān)的關(guān)鍵模塊。另外,我們通過關(guān)鍵模塊基因的基因本體論（Gene Ontology,GO）和京都基因與基因組百科全書富集分析（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）,尋找其功能通路。進(jìn)一步利用Cytoscape平臺篩選樞紐基因。此外,我們對樞紐基因進(jìn)行了初步驗證及分子機(jī)制的探討。最終,我們分析得到2個關(guān)鍵模塊（綠色和棕色模塊）,它們可能通過細(xì)胞外基質(zhì)（EMC）途徑、PI3K-AKT和趨化因子信號通路調(diào)控CRC的發(fā)... 

【文章頁數(shù)】：81 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
前言
1 篩選結(jié)直腸癌潛在生物標(biāo)志物
    1.1 前言
        1.1.1 WGCNA理論基礎(chǔ)
        1.1.2 GO功能注釋和KEGG通路富集
        1.1.3 cytoscape插件cyto Hubba
    1.2 數(shù)據(jù)分析來源及方法
        1.2.1 數(shù)據(jù)來源及預(yù)處理
        1.2.2 WGCNA分析
        1.2.3 功能注釋和通路富集分析
        1.2.4 篩選模塊的樞紐基因
    1.3 結(jié)果
        1.3.1 WGCNA軟閾值
        1.3.2 基于計算異構(gòu)層次聚類方法構(gòu)建WGCNA
        1.3.3 關(guān)鍵模塊的識別
        1.3.4 關(guān)鍵模塊的GO功能注釋和KEGG通路分析
        1.3.5 篩選樞紐基因
    1.4 討論
2 樞紐基因的驗證
    2.1 前言
        2.1.1 數(shù)據(jù)庫交叉驗證
        2.1.2 分子水平驗證
    2.2 數(shù)據(jù)分析方法
        2.2.1 差異基因驗證
        2.2.2 數(shù)據(jù)庫交叉驗證
        2.2.3 BEST2 基因分子水平驗證
        2.2.4 CBX2 基因臨床樣本驗證
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 生存分析驗證
        2.3.2 表達(dá)水平驗證
        2.3.3 文獻(xiàn)研究驗證
        2.3.4 BEST2 基因分子水平驗證
        2.3.5 CBX2 基因臨床樣本驗證
    2.4 討論
3 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
綜述 權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析在疾病中的應(yīng)用
    參考文獻(xiàn)
作者簡歷及在學(xué)期間所取得的科研成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]基于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的腫瘤中特異表達(dá)基因篩選方法研究[D]. 劉毅.哈爾濱工程大學(xué) 2018
[2]基于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)算法的遺傳數(shù)據(jù)分析與應(yīng)用[D]. 徐文靜.北京工業(yè)大學(xué) 2018
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本文編號：3702125