基于選擇消除分析挖掘豌豆耐凍相關(guān)基因
發(fā)布時(shí)間:2022-10-04 16:13
近年來,冬季的低溫對(duì)豌豆生產(chǎn)造成嚴(yán)重?fù)p失。本試驗(yàn)對(duì)16份極端耐凍豌豆和14份極端冷敏感豌豆的全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組進(jìn)行比對(duì)獲得SNP,再基于過濾后的SNP數(shù)據(jù)對(duì)所有材料進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建、主成分分析、連鎖不平衡分析以及選擇消除分析等,并依據(jù)選擇消除分析的群體多樣性(θπ)、雜合率(Hp)和群體分化(Fst)三者交集的前5%候選區(qū)域,最終篩選獲得34個(gè)與豌豆耐凍相關(guān)的基因。研究結(jié)果為豌豆耐凍品種選育和"冬豆北移"栽培模式提供理論支撐。
【文章頁數(shù)】:10 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)的獲取與比對(duì)
1.3 SNP檢測(cè)與注釋
1.4 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建與主成分分析
1.5 連鎖不平衡(LD)分析
1.6 選擇消除分析
2 結(jié)果與分析
2.1 重測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
2.2 SNP的注釋
2.3 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建與主成分分析
2.4 連鎖不平衡分析
2.5 耐凍與冷敏感資源的選擇消除分析
3 討論
4 結(jié)論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]火龍果抗寒性研究[J]. 張慧君,梁亞靈. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(05)
[2]木本植物低溫脅迫生理及分子機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 烏鳳章,王賀新,徐國(guó)輝,張自川. 林業(yè)科學(xué). 2015(07)
[3]豌豆的特征特性及開發(fā)利用價(jià)值[J]. 崔再興,李玲. 雜糧作物. 2010(02)
[4]磷脂酶Dα在擬南芥低溫馴化過程中的作用途徑分析[J]. 曾正兵,梅旭榮,鐘秀麗,李玉中,王濤,王海燕,孫磊. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2009(04)
[5]逆境條件下植物體內(nèi)滲透調(diào)節(jié)物質(zhì)的積累與活性氧代謝[J]. 王娟,李德全. 植物學(xué)通報(bào). 2001(04)
碩士論文
[1]基于SSR標(biāo)記的豌豆遺傳連鎖圖譜加密及抗凍基因關(guān)聯(lián)分析[D]. 方俐.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
本文編號(hào):3685351
【文章頁數(shù)】:10 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)的獲取與比對(duì)
1.3 SNP檢測(cè)與注釋
1.4 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建與主成分分析
1.5 連鎖不平衡(LD)分析
1.6 選擇消除分析
2 結(jié)果與分析
2.1 重測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
2.2 SNP的注釋
2.3 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建與主成分分析
2.4 連鎖不平衡分析
2.5 耐凍與冷敏感資源的選擇消除分析
3 討論
4 結(jié)論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]火龍果抗寒性研究[J]. 張慧君,梁亞靈. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(05)
[2]木本植物低溫脅迫生理及分子機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 烏鳳章,王賀新,徐國(guó)輝,張自川. 林業(yè)科學(xué). 2015(07)
[3]豌豆的特征特性及開發(fā)利用價(jià)值[J]. 崔再興,李玲. 雜糧作物. 2010(02)
[4]磷脂酶Dα在擬南芥低溫馴化過程中的作用途徑分析[J]. 曾正兵,梅旭榮,鐘秀麗,李玉中,王濤,王海燕,孫磊. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2009(04)
[5]逆境條件下植物體內(nèi)滲透調(diào)節(jié)物質(zhì)的積累與活性氧代謝[J]. 王娟,李德全. 植物學(xué)通報(bào). 2001(04)
碩士論文
[1]基于SSR標(biāo)記的豌豆遺傳連鎖圖譜加密及抗凍基因關(guān)聯(lián)分析[D]. 方俐.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
本文編號(hào):3685351
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