基于選擇消除分析挖掘豌豆耐凍相關基因
發(fā)布時間:2022-10-04 16:13
近年來,冬季的低溫對豌豆生產造成嚴重損失。本試驗對16份極端耐凍豌豆和14份極端冷敏感豌豆的全基因組重測序數據與參考基因組進行比對獲得SNP,再基于過濾后的SNP數據對所有材料進行系統發(fā)育樹構建、主成分分析、連鎖不平衡分析以及選擇消除分析等,并依據選擇消除分析的群體多樣性(θπ)、雜合率(Hp)和群體分化(Fst)三者交集的前5%候選區(qū)域,最終篩選獲得34個與豌豆耐凍相關的基因。研究結果為豌豆耐凍品種選育和"冬豆北移"栽培模式提供理論支撐。
【文章頁數】:10 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 試驗材料
1.2 全基因組重測序數據的獲取與比對
1.3 SNP檢測與注釋
1.4 系統發(fā)育樹構建與主成分分析
1.5 連鎖不平衡(LD)分析
1.6 選擇消除分析
2 結果與分析
2.1 重測序數據統計
2.2 SNP的注釋
2.3 系統發(fā)育樹構建與主成分分析
2.4 連鎖不平衡分析
2.5 耐凍與冷敏感資源的選擇消除分析
3 討論
4 結論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]火龍果抗寒性研究[J]. 張慧君,梁亞靈. 基因組學與應用生物學. 2017(05)
[2]木本植物低溫脅迫生理及分子機制研究進展[J]. 烏鳳章,王賀新,徐國輝,張自川. 林業(yè)科學. 2015(07)
[3]豌豆的特征特性及開發(fā)利用價值[J]. 崔再興,李玲. 雜糧作物. 2010(02)
[4]磷脂酶Dα在擬南芥低溫馴化過程中的作用途徑分析[J]. 曾正兵,梅旭榮,鐘秀麗,李玉中,王濤,王海燕,孫磊. 基因組學與應用生物學. 2009(04)
[5]逆境條件下植物體內滲透調節(jié)物質的積累與活性氧代謝[J]. 王娟,李德全. 植物學通報. 2001(04)
碩士論文
[1]基于SSR標記的豌豆遺傳連鎖圖譜加密及抗凍基因關聯分析[D]. 方俐.中國農業(yè)科學院 2016
本文編號:3685351
【文章頁數】:10 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 試驗材料
1.2 全基因組重測序數據的獲取與比對
1.3 SNP檢測與注釋
1.4 系統發(fā)育樹構建與主成分分析
1.5 連鎖不平衡(LD)分析
1.6 選擇消除分析
2 結果與分析
2.1 重測序數據統計
2.2 SNP的注釋
2.3 系統發(fā)育樹構建與主成分分析
2.4 連鎖不平衡分析
2.5 耐凍與冷敏感資源的選擇消除分析
3 討論
4 結論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]火龍果抗寒性研究[J]. 張慧君,梁亞靈. 基因組學與應用生物學. 2017(05)
[2]木本植物低溫脅迫生理及分子機制研究進展[J]. 烏鳳章,王賀新,徐國輝,張自川. 林業(yè)科學. 2015(07)
[3]豌豆的特征特性及開發(fā)利用價值[J]. 崔再興,李玲. 雜糧作物. 2010(02)
[4]磷脂酶Dα在擬南芥低溫馴化過程中的作用途徑分析[J]. 曾正兵,梅旭榮,鐘秀麗,李玉中,王濤,王海燕,孫磊. 基因組學與應用生物學. 2009(04)
[5]逆境條件下植物體內滲透調節(jié)物質的積累與活性氧代謝[J]. 王娟,李德全. 植物學通報. 2001(04)
碩士論文
[1]基于SSR標記的豌豆遺傳連鎖圖譜加密及抗凍基因關聯分析[D]. 方俐.中國農業(yè)科學院 2016
本文編號:3685351
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