組織特異表達(dá)基因是在一種組織類型中特異或高選擇表達(dá)的基因。不少前期研究發(fā)現(xiàn)組織特異表達(dá)基因與疾病高度相關(guān),且疾病基因傾向于在疾病發(fā)生組織表達(dá)。因此,識(shí)別組織特異表達(dá)基因有助于更好地理解組織與基因的關(guān)系及新型組織特異性藥物靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)。本論文在已有的工作基礎(chǔ)上,開發(fā)了一種計(jì)算組織特異表達(dá)基因分?jǐn)?shù)的新方法,用于在相關(guān)疾病的發(fā)生部位快速尋找特異表達(dá)基因,以作為潛在藥物靶點(diǎn)�；谶@個(gè)思路,本論文下載了6個(gè)二代測(cè)序數(shù)據(jù)集與4個(gè)微陣列數(shù)據(jù)集的組織相關(guān)基因表達(dá)數(shù)據(jù),共涉及105個(gè)組織10,428個(gè)樣本的基因表達(dá)情況。通過計(jì)算特異性系數(shù)SPM值和組織特異性分?jǐn)?shù)Tscore值識(shí)別了6,156個(gè)組織特異蛋白質(zhì)編碼基因。通過與其他4個(gè)主流的組織特異表達(dá)基因數(shù)據(jù)庫的比較分析,證明我們的方法假陽性低,準(zhǔn)確性高,且發(fā)現(xiàn)了 1,355個(gè)新的組織特異表達(dá)基因。我們也進(jìn)一步比較了組織特異表達(dá)基因在蛋白質(zhì)水平的組織特異表達(dá)情況,發(fā)現(xiàn)了421個(gè)無論基因水平還是蛋白水平都在同一組織中特異表達(dá)的蛋白。我們通過檢索基因-疾病關(guān)系數(shù)據(jù)庫DisGeNET獲取了這421個(gè)蛋白的關(guān)聯(lián)疾病信息,并結(jié)合醫(yī)學(xué)主題詞表MeSH確定疾病的發(fā)生組織。... 

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 前言
    1.1 組織特異表達(dá)基因
        1.1.1 組織特異表達(dá)基因的定義
        1.1.2 組織特異表達(dá)基因的生物學(xué)意義
        1.1.3 組織特異表達(dá)基因的應(yīng)用
    1.2 組織特異表達(dá)基因研究進(jìn)展
        1.2.1 組織特異表達(dá)基因數(shù)據(jù)庫
        1.2.2 發(fā)現(xiàn)組織特異表達(dá)基因方法
    1.3 組織特異表達(dá)基因?yàn)闈撛谒幬锇悬c(diǎn)
    1.4 本研究的目的與意義
第二章 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
    2.2 數(shù)據(jù)收集
        2.2.1 組織基因表達(dá)譜收集
            2.2.1.1 DNA微陣列數(shù)據(jù)集
            2.2.1.2 RNA-seq數(shù)據(jù)集
        2.2.2 疾病信息
        2.2.3 藥物靶標(biāo)信息
    2.3 組織名標(biāo)準(zhǔn)化
    2.4 組織基因表達(dá)數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.4.1 微陣列數(shù)據(jù)的預(yù)處理
        2.4.2 二代測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)處理
    2.5 組織特異表達(dá)基因計(jì)算方法
        2.5.1 基因特異性系數(shù)SPM值計(jì)算方法
        2.5.2 組織特異分?jǐn)?shù)Tscore的計(jì)算
    2.6 疾病分級(jí)
    2.7 潛在藥物靶標(biāo)驗(yàn)證
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 發(fā)現(xiàn)組織特異表達(dá)基因
        3.1.1 組織特異表達(dá)基因的發(fā)現(xiàn)
        3.1.2 基因的組織特異性整合評(píng)估
    3.2 組織特異表達(dá)基因的準(zhǔn)確性評(píng)估
    3.3 組織特異表達(dá)基因功能分析
    3.4 組織特異表達(dá)基因中的藥物靶點(diǎn)
    3.5 組織特異表達(dá)基因在蛋白質(zhì)水平的表達(dá)情況
    3.6 藥物潛在靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)
        3.6.1 關(guān)聯(lián)疾病信息
        3.6.2 確定藥物潛在靶標(biāo)
        3.6.3 潛在藥物靶標(biāo)驗(yàn)證
        3.6.4 藥物潛在靶標(biāo)的成藥情況
第四章 討論與展望
附錄
    附錄A 組織名稱匹配標(biāo)準(zhǔn)表
    附錄B 421個(gè)組織特異表達(dá)蛋白
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士研究生期間發(fā)表的文章
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]足細(xì)胞相關(guān)突變基因致激素耐藥型腎病綜合征的機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 張黎雯,王樂平.  中國當(dāng)代兒科雜志. 2014(01)



本文編號(hào)：3672429