組織特異表達基因是在一種組織類型中特異或高選擇表達的基因。不少前期研究發(fā)現(xiàn)組織特異表達基因與疾病高度相關(guān),且疾病基因傾向于在疾病發(fā)生組織表達。因此,識別組織特異表達基因有助于更好地理解組織與基因的關(guān)系及新型組織特異性藥物靶點的發(fā)現(xiàn)。本論文在已有的工作基礎(chǔ)上,開發(fā)了一種計算組織特異表達基因分數(shù)的新方法,用于在相關(guān)疾病的發(fā)生部位快速尋找特異表達基因,以作為潛在藥物靶點�；谶@個思路,本論文下載了6個二代測序數(shù)據(jù)集與4個微陣列數(shù)據(jù)集的組織相關(guān)基因表達數(shù)據(jù),共涉及105個組織10,428個樣本的基因表達情況。通過計算特異性系數(shù)SPM值和組織特異性分數(shù)Tscore值識別了6,156個組織特異蛋白質(zhì)編碼基因。通過與其他4個主流的組織特異表達基因數(shù)據(jù)庫的比較分析,證明我們的方法假陽性低,準確性高,且發(fā)現(xiàn)了 1,355個新的組織特異表達基因。我們也進一步比較了組織特異表達基因在蛋白質(zhì)水平的組織特異表達情況,發(fā)現(xiàn)了421個無論基因水平還是蛋白水平都在同一組織中特異表達的蛋白。我們通過檢索基因-疾病關(guān)系數(shù)據(jù)庫DisGeNET獲取了這421個蛋白的關(guān)聯(lián)疾病信息,并結(jié)合醫(yī)學(xué)主題詞表MeSH確定疾病的發(fā)生組織。... 

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【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 前言
    1.1 組織特異表達基因
        1.1.1 組織特異表達基因的定義
        1.1.2 組織特異表達基因的生物學(xué)意義
        1.1.3 組織特異表達基因的應(yīng)用
    1.2 組織特異表達基因研究進展
        1.2.1 組織特異表達基因數(shù)據(jù)庫
        1.2.2 發(fā)現(xiàn)組織特異表達基因方法
    1.3 組織特異表達基因為潛在藥物靶點
    1.4 本研究的目的與意義
第二章 材料與方法
    2.1 實驗設(shè)計
    2.2 數(shù)據(jù)收集
        2.2.1 組織基因表達譜收集
            2.2.1.1 DNA微陣列數(shù)據(jù)集
            2.2.1.2 RNA-seq數(shù)據(jù)集
        2.2.2 疾病信息
        2.2.3 藥物靶標(biāo)信息
    2.3 組織名標(biāo)準化
    2.4 組織基因表達數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.4.1 微陣列數(shù)據(jù)的預(yù)處理
        2.4.2 二代測序數(shù)據(jù)預(yù)處理
    2.5 組織特異表達基因計算方法
        2.5.1 基因特異性系數(shù)SPM值計算方法
        2.5.2 組織特異分數(shù)Tscore的計算
    2.6 疾病分級
    2.7 潛在藥物靶標(biāo)驗證
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 發(fā)現(xiàn)組織特異表達基因
        3.1.1 組織特異表達基因的發(fā)現(xiàn)
        3.1.2 基因的組織特異性整合評估
    3.2 組織特異表達基因的準確性評估
    3.3 組織特異表達基因功能分析
    3.4 組織特異表達基因中的藥物靶點
    3.5 組織特異表達基因在蛋白質(zhì)水平的表達情況
    3.6 藥物潛在靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)
        3.6.1 關(guān)聯(lián)疾病信息
        3.6.2 確定藥物潛在靶標(biāo)
        3.6.3 潛在藥物靶標(biāo)驗證
        3.6.4 藥物潛在靶標(biāo)的成藥情況
第四章 討論與展望
附錄
    附錄A 組織名稱匹配標(biāo)準表
    附錄B 421個組織特異表達蛋白
參考文獻
攻讀碩士研究生期間發(fā)表的文章
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]足細胞相關(guān)突變基因致激素耐藥型腎病綜合征的機制研究進展[J]. 張黎雯,王樂平.  中國當(dāng)代兒科雜志. 2014(01)



本文編號：3672429