目的通過(guò)生物信息學(xué)技術(shù)篩選西妥昔單抗治療頭頸部鱗狀細(xì)胞癌（HNSCC）的差異表達(dá)基因,為頭頸部鱗狀細(xì)胞癌的治療提供新的思路和靶點(diǎn)。方法從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載芯片數(shù)據(jù)集GSE109756,使用在線分析工具GEO2R篩選使用和未使用西妥昔單抗治療的頭頸部鱗狀細(xì)胞癌組織間的差異表達(dá)基因,通過(guò)DAVID 6.8和STRING在線軟件分析差異表達(dá)基因的功能、通路富集分析和蛋白相互作用分析,Cytoscape對(duì)蛋白相互作用進(jìn)行可視化和模塊分析,在線分析工具X2K分析差異表達(dá)基因的轉(zhuǎn)錄因子、激酶并分析它們與靶基因之間的相互調(diào)控關(guān)系。結(jié)果研究發(fā)現(xiàn)經(jīng)西妥昔單抗治療的頭頸部鱗狀細(xì)胞癌組織與未使用其治療的組織間共有91個(gè)差異表達(dá)基因,其中上調(diào)基因50個(gè),下調(diào)基因41個(gè)（P<0.05,|logFC|>1）。GO分析和KEGG通路分析顯示,這些差異表達(dá)的基因主要富集在免疫調(diào)節(jié)、細(xì)胞外基質(zhì)等生物過(guò)程。通過(guò)蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建,篩選出CD163和VSIG4等核心差異表達(dá)基因（P<0.05）,它們均在西妥昔單抗治療后表達(dá)上調(diào)。此外,分析顯示西妥昔單抗治療過(guò)程中發(fā)揮關(guān)鍵作用的轉(zhuǎn)錄因子包括SUZ12... 

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 篩選差異表達(dá)基因
    1.3 差異表達(dá)基因的GO功能富集和KEGG通路富集分析
    1.4 PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與關(guān)鍵基因的篩選
    1.5 轉(zhuǎn)錄因子(transcription factor,TF)與蛋白激酶預(yù)測(cè)
2 結(jié) 果
    2.1 西妥昔單抗治療頭頸部鱗狀細(xì)胞癌的基因表達(dá)譜
    2.2 差異基因的GO和KEGG分析結(jié)果
    2.3 差異表達(dá)基因的PPI分析
    2.4 差異基因的轉(zhuǎn)錄因子(transcription factor, TF)和蛋白激酶分析
3 討 論



本文編號(hào)：3665393