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日本七鰓鰻CXCL12和CXCR4編碼基因的克隆及生物信息學分析

發(fā)布時間:2022-07-16 18:12
  七鰓鰻是迄今為止最為原始的無頜類脊椎動物,是名副其實的“活化石”。寒武紀時期的甲胄魚類與七鰓鰻有共同的祖先,七鰓鰻無論是在脊椎動物進化研究上還是免疫系統(tǒng)的研究中都被作為適應性進化和起源的新型模式生物。海七鰓鰻(Petromyzon marinus)作為無頜類脊椎動物的典型代表之一,成為海洋生物進化的模式生物。日本七鰓鰻(Lampetra japonica)分布在我國東北部鴨綠江流域,是與海七鰓鰻親緣關(guān)系極為接近的主要七鰓鰻物種。目前有關(guān)七鰓鰻的基礎(chǔ)研究工作,主要集中在已經(jīng)完成全基因組測序的日本七鰓鰻和海七鰓鰻。在哺乳動物中,趨化因子配體12(Chemokine(C-X-C motif)ligand 12,CXCL12),又稱基質(zhì)細胞衍生因子1(stromal cell-derived factor-1,SDF-1)以及前B細胞刺激因子(pre-B cell growth-stimulating factor),與其受體CXCR4(CXC chemokine receptor 4)分別屬于CXC類趨化因子和CXCR類G蛋白偶聯(lián)受體(G-protein coupled receptor,G... 

【文章頁數(shù)】:94 頁

【學位級別】:碩士

【文章目錄】:
摘要
abstract
第一章 引言
    1.1 七鰓鰻簡介
    1.2 趨化因子
        1.2.1 趨化因子簡介
        1.2.2 趨化因子數(shù)量與種類
        1.2.3 趨化因子特性與功能
    1.3 CXCL12
        1.3.1 CXCL12簡介
        1.3.2 CXCL12的分類與結(jié)構(gòu)特征
        1.3.3 CXCL12生理學作用
    1.4 G蛋白偶聯(lián)受體
        1.4.1 G蛋白偶聯(lián)受體簡介
        1.4.2 G蛋白偶聯(lián)受體信號通路及醫(yī)學價值
    1.5 CXCL12的受體
        1.5.1 趨化因子受體簡介
        1.5.2 CXCR4命名與結(jié)構(gòu)特征
        1.5.3 CXCL12/CXCR4信號轉(zhuǎn)導途徑
第二章 日本七鰓鰻CXCL12的克隆及生物信息學分析
    2.1 實驗材料
        2.1.1 實驗用魚系
        2.1.2 試劑
        2.1.3 儀器
    2.2 實驗方法
        2.2.1 通過本地Blast方法挖掘日本七鰓鰻CXCL12基因
        2.2.2 構(gòu)建重組質(zhì)粒pMD19-T-CXCL
        2.2.3 日本七鰓鰻CXCL12蛋白基本性質(zhì)分析
        2.2.4 日本七鰓鰻CXCL12親/疏水性分析
        2.2.5 日本七鰓鰻CXCL12信號肽預測
        2.2.6 日本七鰓鰻CXCL12(mRNA)結(jié)構(gòu)模擬
        2.2.7 日本七鰓鰻CXCL12基因同源性分析
        2.2.8 日本七鰓鰻CXCL12二級結(jié)構(gòu)預測
        2.2.9 日本七鰓鰻CXCL12進化地位分析
    2.3 實驗結(jié)果
        2.3.1 日本七鰓鰻CXCL12克隆及序列分析
        2.3.2 日本七鰓鰻CXCL12為可溶性蛋白
        2.3.3 日本七鰓鰻CXCL12蛋白基本性質(zhì)分析
        2.3.4 日本七鰓鰻CXCL12含有1 個信號肽
        2.3.5 日本七鰓鰻CXCL12蛋白二級結(jié)構(gòu)以α-螺旋為主
        2.3.6 日本七鰓鰻CXCL12關(guān)鍵基因位點相對保守
        2.3.7 日本七鰓鰻CXCL12蛋白進化地位較為原始
    2.4 討論
第三章 日本七鰓鰻CXCR4的克隆表達及生物信息學分析
    3.1 實驗材料
        3.1.1 實驗用魚系
        3.1.2 試劑
        3.1.3 儀器
    3.2 實驗方法
        3.2.1 通過本地Blast方法挖掘日本七鰓鰻CXCR4基因序列
        3.2.2 構(gòu)建重組質(zhì)粒Rho-pCMV-CXCR4和Lucy-Rho-pCMV-CXCR4
        3.2.3 日本七鰓鰻CXCR4蛋白基本性質(zhì)分析
        3.2.4 日本七鰓鰻CXCR4親/疏水性分析
        3.2.5 日本七鰓鰻CXCR4蛋白同源性分析
        3.2.6 日本七鰓鰻CXCR4二/三級結(jié)構(gòu)預測
        3.2.7 日本七鰓鰻CXCR4跨膜結(jié)構(gòu)域及保守性分析
        3.2.8 日本七鰓鰻CXCR4進化地位分析
        3.2.9 日本七鰓鰻CXCR4膜表達分析
    3.3 實驗結(jié)果
        3.3.1 日本七鰓鰻CXCR4克隆及序列分析
        3.3.2 日本七鰓鰻CXCR4為可溶性蛋白
        3.3.3 日本七鰓鰻CXCR4蛋白基本性質(zhì)分析
        3.3.4 日本七鰓鰻CXCR4蛋白具有七次跨膜結(jié)構(gòu)域
        3.3.5 日本七鰓鰻CXCR4跨膜區(qū)域相對保守
        3.3.6 日本七鰓鰻CXCR4蛋白二級結(jié)構(gòu)以α-螺旋為主
        3.3.7 日本七鰓鰻CXCR4蛋白與常見物種CXCR4蛋白同源性較為一致
        3.3.8 日本七鰓鰻CXCR4進化地位較為原始
        3.3.9 日本七鰓鰻CXCR4在HKE293T細胞膜上表達
    3.4 討論
第四章 全文總結(jié)與展望
參考文獻
附錄 攻讀碩士學位期間發(fā)表論文情況
致謝


【參考文獻】:
期刊論文
[1]海七鰓鰻(Petromyzon marinus)anoctaimin-1蛋白的生物信息學分析[J]. 郭思呈,趙丹,杜樹亮,崔楠,李鐵松.  基因組學與應用生物學. 2020(01)
[2]基質(zhì)細胞衍生因子1與其G蛋白偶聯(lián)受體(CXCR4)信號軸相關(guān)生物學特性[J]. 吳周玲,白什爾,班桂飛,陳文霞.  中國組織工程研究. 2019(09)
[3]G蛋白偶聯(lián)受體的信號通路多樣性及藥物開發(fā)[J]. 楊照,肖鵬,于曉,孫金鵬.  中國科學:生命科學. 2018(11)
[4]七鰓鰻的生物學特性及科研價值[J]. 邱實,李正偉.  黑龍江水產(chǎn). 2018(02)
[5]CXCR7/CXCL12 axis is involved in lymph node and liver metastasis of gastric carcinoma[J]. Qi Xin,Na Zhang,Hai-Bo Yu,Qin Zhang,Yan-Fen Cui,Chuan-Shan Zhang,Zhe Ma,Yan Yang,Wei Liu.  World Journal of Gastroenterology. 2017(17)
[6]Lamprey: a model for vertebrate evolutionary research[J]. Yang XU,Si-Wei ZHU,Qing-Wei LI.  Zoological Research. 2016(05)
[7]CXCR7在CXCL12生物學功能中的研究進展[J]. 鄒杰,戴小珍,朱力.  成都醫(yī)學院學報. 2015(01)
[8]CXCL12-CXCR4/CXCR7趨化軸在結(jié)直腸癌中作用的研究進展[J]. 楊丹,褚曉源.  醫(yī)學研究生學報. 2015(01)
[9]CXCL12-α基因編碼區(qū)的克隆與生物信息學分析[J]. 陳宏遠,譚毅,馬偉峰,劉曉,邵方元,符吳萸,芮雯.  生物技術(shù). 2014(03)
[10]鱸魚cxcr4 cDNA克隆和序列分析[J]. 吳風瑞,丁彪,劉勇,李文雍.  阜陽師范學院學報(自然科學版). 2013(02)

碩士論文
[1]黃鱔免疫基因CXCR4和IL-1β及其受體的克隆和表達研究[D]. 庹銳.長江大學 2014
[2]西伯利亞鱘CXCR7基因cDNA全長的克隆及表達分析[D]. 郭大慶.上海海洋大學 2012
[3]豬CXCR7基因的克隆及CXCR4與CXCR7基因的功能預測、SNP檢測及性狀關(guān)聯(lián)分析[D]. 任云斌.華中農(nóng)業(yè)大學 2010
[4]人趨化因子受體CXCR4基因克隆表達及其在乳腺癌中應用研究[D]. 王利.華中師范大學 2006



本文編號:3663015

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