基于WGCNA方法對三陰乳腺癌預(yù)后相關(guān)基因的研究
發(fā)布時間:2022-02-22 04:17
研究背景三陰乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)是一種獨立臨床病理類型的乳腺癌,其腫瘤細(xì)胞表面雌激素受體(estrogen receptor,ER)、孕激素受體(progesterone receptor,PR)及人表皮生長因子受體 2(human epidermal growth factor receptor 2,HER-2)均為陰性,約占所有乳腺癌類型的10%~20%;蚬脖磉_(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)是基于高通量的微陣列技術(shù),在mRNA水平上探索基因網(wǎng)絡(luò)與疾病或者研究者關(guān)注的性狀之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系,致力于尋找與研究目的相關(guān)的基因模塊及基因。因此,本研究旨在基于WGCNA方法對公共數(shù)據(jù)庫中的TNBC數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,在mRNA水平上研究基因網(wǎng)絡(luò)與TNBC預(yù)后的關(guān)系,探討影響TNBC預(yù)后的相關(guān)基因及其發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制。研究目的1.建立基于公共數(shù)據(jù)庫中TNBC樣本的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫和臨床信息數(shù)據(jù)庫;2.構(gòu)建TNBC的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),確定與其預(yù)后相關(guān)的基因模塊及基因...
【文章來源】:蘇州大學(xué)江蘇省211工程院校
【文章頁數(shù)】:63 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
Abstract
引言
對象和方法
1. 數(shù)據(jù)庫的獲取
1.1 數(shù)據(jù)來源
1.2 檢索策略
2. 數(shù)據(jù)庫的建立
3. 數(shù)據(jù)預(yù)處理
4. 數(shù)據(jù)的分析方法
4.1 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
4.2 生存分析
4.3 富集分析
5. 數(shù)據(jù)處理流程
結(jié)果
1. 基本情況
2. 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
3. 關(guān)鍵基因模塊的確定
4. 生物學(xué)過程和通路
5. 預(yù)后相關(guān)基因的篩選
討論與結(jié)論
1. 生物學(xué)過程和通路
2. 樞紐基因
3. 研究結(jié)論
4. 研究的局限性與展望
參考文獻(xiàn)
綜述
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間發(fā)表論文
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]P53、EGFR、Ki67在不同分子分型乳腺癌中表達(dá)差異臨床意義探討[J]. 石鈺,冉立,李鳳虎,常建英,冷建彬,何明媛,羅代琴. 世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘. 2018(30)
[2]2014年中國女性乳腺癌發(fā)病與死亡分析[J]. 李賀,鄭榮壽,張思維,曾紅梅,孫可欣,夏昌發(fā),楊之洵,陳萬青,赫捷. 中華腫瘤雜志. 2018 (03)
[3]136例轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌患者的臨床病理特征與預(yù)后分析[J]. 譚晶波,宋艷利,張宏偉. 中國綜合臨床. 2017 (07)
[4]三陰性乳腺癌分子分型與個體化靶向治療現(xiàn)狀[J]. 徐倩倩,王常珺,孫強(qiáng). 中華腫瘤防治雜志. 2017(11)
[5]我國三陰型乳腺癌臨床病理特征與預(yù)后的Meta分析[J]. 陸國芬,張輝挺,馬德奎,區(qū)基文,張清. 中國醫(yī)藥導(dǎo)報. 2016(35)
[6]乳腺癌分子分型的研究進(jìn)展[J]. 黃三錢,鐘晶敏,李晶,劉志紅,曾亮. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2016(22)
[7]三陰乳腺癌的研究及治療進(jìn)展[J]. 高志艷,李文新. 內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2016(03)
[8]三陰性乳腺癌雄激素受體研究進(jìn)展[J]. 劉曉麗,姜達(dá),崔彥芝. 中國癌癥雜志. 2016(05)
[9]三陰乳腺癌的特點及研究進(jìn)展[J]. 杜娟,阮祥燕. 首都醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2015(04)
[10]三陰乳腺癌的異質(zhì)性及靶向治療[J]. 范雅文,張旭輝,張嶸,張賀秋,馮曉燕. 生物技術(shù)通訊. 2015(03)
本文編號:3638680
【文章來源】:蘇州大學(xué)江蘇省211工程院校
【文章頁數(shù)】:63 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
Abstract
引言
對象和方法
1. 數(shù)據(jù)庫的獲取
1.1 數(shù)據(jù)來源
1.2 檢索策略
2. 數(shù)據(jù)庫的建立
3. 數(shù)據(jù)預(yù)處理
4. 數(shù)據(jù)的分析方法
4.1 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
4.2 生存分析
4.3 富集分析
5. 數(shù)據(jù)處理流程
結(jié)果
1. 基本情況
2. 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
3. 關(guān)鍵基因模塊的確定
4. 生物學(xué)過程和通路
5. 預(yù)后相關(guān)基因的篩選
討論與結(jié)論
1. 生物學(xué)過程和通路
2. 樞紐基因
3. 研究結(jié)論
4. 研究的局限性與展望
參考文獻(xiàn)
綜述
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間發(fā)表論文
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]P53、EGFR、Ki67在不同分子分型乳腺癌中表達(dá)差異臨床意義探討[J]. 石鈺,冉立,李鳳虎,常建英,冷建彬,何明媛,羅代琴. 世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘. 2018(30)
[2]2014年中國女性乳腺癌發(fā)病與死亡分析[J]. 李賀,鄭榮壽,張思維,曾紅梅,孫可欣,夏昌發(fā),楊之洵,陳萬青,赫捷. 中華腫瘤雜志. 2018 (03)
[3]136例轉(zhuǎn)移性三陰性乳腺癌患者的臨床病理特征與預(yù)后分析[J]. 譚晶波,宋艷利,張宏偉. 中國綜合臨床. 2017 (07)
[4]三陰性乳腺癌分子分型與個體化靶向治療現(xiàn)狀[J]. 徐倩倩,王常珺,孫強(qiáng). 中華腫瘤防治雜志. 2017(11)
[5]我國三陰型乳腺癌臨床病理特征與預(yù)后的Meta分析[J]. 陸國芬,張輝挺,馬德奎,區(qū)基文,張清. 中國醫(yī)藥導(dǎo)報. 2016(35)
[6]乳腺癌分子分型的研究進(jìn)展[J]. 黃三錢,鐘晶敏,李晶,劉志紅,曾亮. 現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2016(22)
[7]三陰乳腺癌的研究及治療進(jìn)展[J]. 高志艷,李文新. 內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2016(03)
[8]三陰性乳腺癌雄激素受體研究進(jìn)展[J]. 劉曉麗,姜達(dá),崔彥芝. 中國癌癥雜志. 2016(05)
[9]三陰乳腺癌的特點及研究進(jìn)展[J]. 杜娟,阮祥燕. 首都醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2015(04)
[10]三陰乳腺癌的異質(zhì)性及靶向治療[J]. 范雅文,張旭輝,張嶸,張賀秋,馮曉燕. 生物技術(shù)通訊. 2015(03)
本文編號:3638680
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