生物炭處理下瑪瑙紅櫻桃根系基因的差異表達
發(fā)布時間:2022-02-20 18:09
生物炭是由農(nóng)林廢棄物在低氧或厭氧條件下高溫熱解產(chǎn)生的一種不溶性固態(tài)物質(zhì)。一方面,生物炭自身含有一定量的礦質(zhì)元素(如N、P、K和一些微量元素),可為植物生長發(fā)育提供良好的元素供應(yīng);另一方面,生物炭具有特殊孔徑結(jié)構(gòu)可為土壤微生物提供良好的棲息環(huán)境,改變土壤微生物活性和群落結(jié)構(gòu)組成,進而影響植物生長,旇Ъt櫻桃(Cerasus pseudocerasus Lindl.‘Manaohong’)是貴州選育的耐貯運優(yōu)良櫻桃品種,在貴州省的種植面積已超過25萬畝,表現(xiàn)出巨大的經(jīng)濟效益。課題組前期從生理水平上研究發(fā)現(xiàn),土壤中添加秸稈生物炭可改善瑪瑙紅櫻桃幼苗的生長生理特性,促進其生長,提高其抗性。本研究從分子水平探討生物炭對瑪瑙紅櫻桃根系的影響;同時,引入“無營養(yǎng)”生物炭,探究生物炭結(jié)構(gòu)特性與營養(yǎng)成分特性對其在發(fā)揮作用過程中的貢獻差異。主要研究內(nèi)容如下:1.對瑪瑙紅櫻桃幼苗地上部生長快速期(6月份)和根系生長快速期(9月份)的根系進行轉(zhuǎn)錄組測序,共獲得154,724個unigene,并在NR、Swiss-proft、Pfam、GO、COG、KEGG等6大數(shù)據(jù)庫中,注釋得到這些unigene主要富集的代...
【文章來源】:貴州大學貴州省211工程院校
【文章頁數(shù)】:71 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略詞表
前言
第一章 文獻綜述
1.1 生物炭的性質(zhì)
1.2 生物炭對作物生長及土壤的影響
1.2.1 生物炭對作物生產(chǎn)力的影響
1.2.2 生物炭對土壤影響的機理
1.2.3 生物炭對植物抗病性的影響
1.2.4 生物炭對植物病害控制的機制
1.2.5 生物炭對植物轉(zhuǎn)錄影響的研究現(xiàn)狀
1.3 轉(zhuǎn)錄組測序在植物研究中的應(yīng)用
1.3.1 轉(zhuǎn)錄組及RNA-Seq概述
1.3.2 RNA-Seq在果樹上的應(yīng)用
1.4 研究目的及意義
第二章 生物炭對瑪瑙紅櫻桃根系基因表達的影響
2.1 材料及方法
2.1.1 試驗材料及處理
2.1.2 無營養(yǎng)生物炭的制備
2.1.3 生物炭營養(yǎng)成分的測定
2.1.4 試驗處理
2.1.5 根系總RNA的提取
2.1.6 Illumina cDNA文庫構(gòu)建及測序
2.1.7 數(shù)據(jù)預(yù)處理及Denovo拼接
2.1.8 SSR位點搜索及分析
2.1.9 unigene的功能注釋及分類
2.1.10 基因表達量的計算及差異表達基因分析
2.1.11 qRT-PCR引物設(shè)計
2.1.12 qRT-PCR反應(yīng)
2.1.13 差異表達基因的功能注釋
2.1.14 關(guān)鍵差異表達基因的分析
2.2 結(jié)果分析
2.2.1 “無營養(yǎng)”生物炭的顯微結(jié)構(gòu)
2.2.2 “無營養(yǎng)”生物炭的營養(yǎng)成分
2.2.3 測序結(jié)果及從頭組裝
2.2.4 轉(zhuǎn)錄組功能注釋相關(guān)結(jié)果
2.2.5 q RT-PCR驗證結(jié)果
2.2.6 差異基因的篩選
2.2.7 差異基因表達概況
2.2.8 調(diào)控類黃酮合成代謝途徑相關(guān)基因
2.2.9 調(diào)控激素信號轉(zhuǎn)導通路的差異表達基因
2.3 討論
2.3.1 測序結(jié)果及從頭組裝分析
2.3.2 轉(zhuǎn)錄組功能注釋相關(guān)結(jié)果分析
2.3.3 差異基因概況分析
2.3.4 類黃酮合成代謝途徑相關(guān)基因
2.3.5 調(diào)控激素信號轉(zhuǎn)導通路的差異表達基因分析
第三章 瑪瑙紅櫻桃查爾酮合酶基因CpCHS2的克隆與基因表達量分析
3.1 材料與方法
3.1.1 總RNA提取
3.1.2 目的基因克隆及檢測
3.1.3 氨基酸序列生物信息學分析
3.1.4 基因表達量分析
3.2 結(jié)果與分析
3.2.1 蛋白結(jié)構(gòu)域與氨基酸序列比對
3.2.2 CpCHS2蛋白結(jié)構(gòu)及理化特性預(yù)測
3.2.3 CpCHS2蛋白疏水性預(yù)測
3.2.4 CpCHS2蛋白跨膜預(yù)測
3.2.5 CpCHS2蛋白磷酸化修飾預(yù)測
3.2.6 CpCHS2蛋白信號肽預(yù)測
3.2.7 CpCHS2亞細胞定位預(yù)測
3.2.8 CpCHS2蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
3.2.9 CpCHS2蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
3.2.10 CpCHS2基因的表達量分析
3.3 討論
第四章 結(jié)論與展望
4.1 結(jié)論
4.2 展望
參考文獻
致謝
附錄
本文編號:3635564
【文章來源】:貴州大學貴州省211工程院校
【文章頁數(shù)】:71 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
縮略詞表
前言
第一章 文獻綜述
1.1 生物炭的性質(zhì)
1.2 生物炭對作物生長及土壤的影響
1.2.1 生物炭對作物生產(chǎn)力的影響
1.2.2 生物炭對土壤影響的機理
1.2.3 生物炭對植物抗病性的影響
1.2.4 生物炭對植物病害控制的機制
1.2.5 生物炭對植物轉(zhuǎn)錄影響的研究現(xiàn)狀
1.3 轉(zhuǎn)錄組測序在植物研究中的應(yīng)用
1.3.1 轉(zhuǎn)錄組及RNA-Seq概述
1.3.2 RNA-Seq在果樹上的應(yīng)用
1.4 研究目的及意義
第二章 生物炭對瑪瑙紅櫻桃根系基因表達的影響
2.1 材料及方法
2.1.1 試驗材料及處理
2.1.2 無營養(yǎng)生物炭的制備
2.1.3 生物炭營養(yǎng)成分的測定
2.1.4 試驗處理
2.1.5 根系總RNA的提取
2.1.6 Illumina cDNA文庫構(gòu)建及測序
2.1.7 數(shù)據(jù)預(yù)處理及Denovo拼接
2.1.8 SSR位點搜索及分析
2.1.9 unigene的功能注釋及分類
2.1.10 基因表達量的計算及差異表達基因分析
2.1.11 qRT-PCR引物設(shè)計
2.1.12 qRT-PCR反應(yīng)
2.1.13 差異表達基因的功能注釋
2.1.14 關(guān)鍵差異表達基因的分析
2.2 結(jié)果分析
2.2.1 “無營養(yǎng)”生物炭的顯微結(jié)構(gòu)
2.2.2 “無營養(yǎng)”生物炭的營養(yǎng)成分
2.2.3 測序結(jié)果及從頭組裝
2.2.4 轉(zhuǎn)錄組功能注釋相關(guān)結(jié)果
2.2.5 q RT-PCR驗證結(jié)果
2.2.6 差異基因的篩選
2.2.7 差異基因表達概況
2.2.8 調(diào)控類黃酮合成代謝途徑相關(guān)基因
2.2.9 調(diào)控激素信號轉(zhuǎn)導通路的差異表達基因
2.3 討論
2.3.1 測序結(jié)果及從頭組裝分析
2.3.2 轉(zhuǎn)錄組功能注釋相關(guān)結(jié)果分析
2.3.3 差異基因概況分析
2.3.4 類黃酮合成代謝途徑相關(guān)基因
2.3.5 調(diào)控激素信號轉(zhuǎn)導通路的差異表達基因分析
第三章 瑪瑙紅櫻桃查爾酮合酶基因CpCHS2的克隆與基因表達量分析
3.1 材料與方法
3.1.1 總RNA提取
3.1.2 目的基因克隆及檢測
3.1.3 氨基酸序列生物信息學分析
3.1.4 基因表達量分析
3.2 結(jié)果與分析
3.2.1 蛋白結(jié)構(gòu)域與氨基酸序列比對
3.2.2 CpCHS2蛋白結(jié)構(gòu)及理化特性預(yù)測
3.2.3 CpCHS2蛋白疏水性預(yù)測
3.2.4 CpCHS2蛋白跨膜預(yù)測
3.2.5 CpCHS2蛋白磷酸化修飾預(yù)測
3.2.6 CpCHS2蛋白信號肽預(yù)測
3.2.7 CpCHS2亞細胞定位預(yù)測
3.2.8 CpCHS2蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
3.2.9 CpCHS2蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
3.2.10 CpCHS2基因的表達量分析
3.3 討論
第四章 結(jié)論與展望
4.1 結(jié)論
4.2 展望
參考文獻
致謝
附錄
本文編號:3635564
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