相關(guān)基因的遺傳變異會增加結(jié)直腸癌的風(fēng)險,對這些基因進行全面分析有著重要的意義。單核苷酸多態(tài)性和拷貝數(shù)變異是基因結(jié)構(gòu)變異的兩種主要方式。本研究旨在系統(tǒng)探討結(jié)直腸癌發(fā)生和發(fā)展過程中,基因突變、體細胞拷貝數(shù)變異與基因表達之間的關(guān)系。通過分析來自癌癥基因組圖譜的基因突變數(shù)據(jù)、體細胞拷貝數(shù)變異、遺傳臨床信息和基因表達數(shù)據(jù),我們獲得了45個因為發(fā)生了單核苷酸多態(tài)性和拷貝數(shù)變異而導(dǎo)致表達差異顯著的基因。進一步的生物信息學(xué)分析結(jié)果表明:CNDP1、DLX4、SLC13A5和ZBTB7C是結(jié)直腸癌患者潛在的預(yù)后生物標志物。 

【文章來源】：池州學(xué)院學(xué)報. 2020,34(03)

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【部分圖文】：

CRC患者中突變頻率排名前十的基因的突變類型和分布

為了鑒定出坐落在發(fā)生CNV的區(qū)域內(nèi)的基因，我們首先得出該區(qū)域內(nèi)拷貝數(shù)丟失或擴增的頻率，然后將CNV片段映射到人類全基因組（GRCh37/hg19），得到完全重合于該異常區(qū)域的基因信息。最后，對這些基因的CNV進行了顯著性檢驗。通過上面的步驟，我們一共得到10,256個CNV差異顯著的基因。我們發(fā)現(xiàn)每條染色體都普遍存在CNV現(xiàn)象（圖2）。圖2最外圈是染色體號，內(nèi)圈是該染色體上的部分CNV分布。內(nèi)圈里靠近圓心的藍點表示拷貝數(shù)缺失，內(nèi)圈里靠近外圈附近的黑點表示拷貝數(shù)擴增。有趣的是，一些染色體上只發(fā)生某一種類型CNV，比如第4、11、14、15、18、21和22染色體號僅發(fā)生拷貝數(shù)丟失，而第7、12和13號染色體上只存在拷貝數(shù)擴增。另外，每一條染色體上發(fā)生的CNV的頻率也不一樣，比如第2號染色體被鑒定出只有一個基因發(fā)生CNV，而像第7、9和13條等染色體上基因發(fā)生CNV的頻率卻很大。2.4 兩種基因的交集及功能分析

為了研究基因遺傳變異對CRC患者的影響，我們對CRC癌組織和癌旁組織的基因表達進行了差異分析，得到2,083個差異表達的mRNA(m RNA的表達譜如圖3-A所示）。我們發(fā)現(xiàn)，相比在癌旁組織中的表達，有1889個mRNA的表達顯著下調(diào)，占整個差異表達基因的91%，表明在CRC發(fā)生和發(fā)展過程中，參與到這個過程中的基因的表達量出現(xiàn)普遍下調(diào)的趨勢。我們對2,083個差異表達的基因、2710個發(fā)生SNP的基因和10,256個CNV差異顯著的基因取交集，得到了45個基因。對這些候選關(guān)鍵基因進行GO分析，發(fā)現(xiàn)它們在9個GO條目上富集（p<0.01，圖3-B mRNA的GO富集分析）。同時，我們對它們進行蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析，正如圖3-C mRNA的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析所示，這45個基因之間表現(xiàn)出豐富的相互作用關(guān)系，而它們之間的關(guān)系主要是基于共同表達和共享蛋白區(qū)域等。2.5 生存分析


本文編號：3543687