目的采用生物信息學(xué)方法分析肝細(xì)胞癌（HCC）基因表達(dá)特征,探索HCC發(fā)生、發(fā)展機(jī)制。方法由GEO數(shù)據(jù)庫獲取30個(gè)HCC組織樣本（HCC組）及22個(gè)非HCC肝組織樣本（對照組）的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)。應(yīng)用基因集富集分析（GSEA）處理基因表達(dá)譜數(shù)據(jù);使用GENECODIS軟件對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋;應(yīng)用Cytoscape軟件對差異基因進(jìn)行相互作用網(wǎng)絡(luò)分析,篩選核心基因。結(jié)果 334個(gè)基因集在HCC組表型中表達(dá)上調(diào),主要涉及細(xì)胞周期調(diào)控、RNA代謝、m RNA穩(wěn)定性調(diào)控等生物過程;152個(gè)基因集在對照組表型中富集,主要涉及外源性物質(zhì)代謝、細(xì)胞間信號傳導(dǎo)等生物過程。通過Cytoscape軟件進(jìn)行相互作用網(wǎng)絡(luò)分析篩選出HCC組核心基因6個(gè),對照組核心基因5個(gè)。結(jié)論細(xì)胞周期調(diào)控、遺傳物質(zhì)代謝等基因的異常表達(dá)參與了HCC的發(fā)生與發(fā)展;HCC細(xì)胞的物質(zhì)、能量代謝等生理功能減退。 

【文章來源】：臨床醫(yī)學(xué)研究與實(shí)踐. 2020,5(34)

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

HCC組上調(diào)基因形成的相互作用網(wǎng)絡(luò)

圖1 HCC組上調(diào)基因形成的相互作用網(wǎng)絡(luò)HCC組表達(dá)上調(diào)基因的GO BP功能注釋結(jié)果顯示，微管的相關(guān)運(yùn)動(dòng)、胞漿運(yùn)動(dòng)兩個(gè)生物過程可能參與了腫瘤的發(fā)生，為探索HCC的發(fā)生機(jī)制提供了一個(gè)研究方向。對照組表達(dá)上調(diào)的基因，均為參與正常肝細(xì)胞生理功能的基因。而在腫瘤細(xì)胞中上調(diào)表達(dá)的多為參與細(xì)胞增殖的基因，其正常生理功能有所下降或喪失。對這些基因調(diào)控機(jī)制的研究有助于闡明肝細(xì)胞惡變的分子機(jī)制。


本文編號：3542537