目的本研究旨在揭示紅景天苷預(yù)處理在缺血/再灌注模型中影響的差異表達(dá)基因,并確定用于腦卒中治療的特定且有意義的遺傳靶標(biāo)。方法本研究從高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫（gene expression omnibus,GEO）獲得了基因表達(dá)數(shù)據(jù)集GSE52001,通過R語言篩選出經(jīng)紅景天苷預(yù)處理和未處理的缺血腦組織中的差異表達(dá)基因（differentially expressed genes,DEGs）,并分析了其富集途徑。在STRING數(shù)據(jù)庫中構(gòu)建了蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（protein-protein interaction,PPI）網(wǎng)絡(luò),分子復(fù)合物檢測（Molecular Complex Detection,MCODE）分析篩選得分最高的模塊,最后構(gòu)建了TF-DEGs-microRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),并在Cytoscape軟件中將其可視化。結(jié)果研究總共篩選了250個DEGs,下調(diào)了82個基因,上調(diào)了168個基因。篩選出的DEGs主要富集在類固醇代謝、激素代謝和炎癥反應(yīng)的生物學(xué)過程。通過MCODE分析篩選PPI網(wǎng)絡(luò)得分最高的模塊。最后構(gòu)建了TF-DEGs-microRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),預(yù)測出紅景天苷參與腦保護(hù)... 

【文章來源】：中國藥理學(xué)通報. 2020,36(12)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 微陣列數(shù)據(jù)來源和差異基因的篩選
    1.2 差異基因的富集分析
    1.3 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和可視化以及核心基因的確定
    1.4 TF-DEGs-microRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
2 結(jié)果
    2.1 差異表達(dá)基因
    2.2 差異基因的功能富集分析
    2.3 PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和關(guān)鍵模塊分析
    2.4 TF-DEGs-microRNA相互作用網(wǎng)絡(luò)
3 討論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]紅景天苷抑制補(bǔ)體成分對腦缺血/再灌注大鼠的神經(jīng)保護(hù)作用[J]. 黃鑫,林昱,楊澤霖,張小琴,謝秀利,汪旭雯,唐宇恒,劉俊杰,賴文芳,洪桂祝.  中國藥理學(xué)通報. 2019(07)
[2]紅景天苷對局灶性腦缺血大鼠腦組織MAPK信號通路的影響[J]. 張小琴,賴文芳,褚克丹,洪桂祝.  福建中醫(yī)藥. 2015(03)



本文編號：3538125