目的通過生物信息學(xué)方法探究系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者的全血細(xì)胞差異表達(dá)基因及其相關(guān)信號(hào)通路,尋找潛在的系統(tǒng)性紅斑狼瘡特異性分子標(biāo)志物。方法利用R語(yǔ)言軟件校正、分析基因芯片GSE61635并篩選差異表達(dá)基因（DEGs）,利用一系列生物信息學(xué)大數(shù)據(jù)庫(kù)分析DEGs并獲得其GO富集分析和KEGG信號(hào)通路分析的結(jié)果。利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò),再將結(jié)果導(dǎo)入Cytoscape軟件中篩選關(guān)鍵基因并繪制蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)圖,并利用GSE72754芯片對(duì)關(guān)鍵基因進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果篩選獲得了626個(gè)DEGs,其中表達(dá)上調(diào)的基因429個(gè),表達(dá)下調(diào)的基因197個(gè)。GO富集分析顯示,DEGs主要參與了細(xì)胞對(duì)Ⅰ型干擾素的反應(yīng)、病毒基因組復(fù)制的負(fù)調(diào)控和Ⅰ型干擾素信號(hào)通路調(diào)節(jié)等生物學(xué)過程,KEGG信號(hào)通路分析主要包括了RIG-Ⅰ樣受體信號(hào)通路、胞質(zhì)DNA傳感通路和單純皰疹病毒感染通路。Degree算法分析獲得了10個(gè)關(guān)鍵基因分別為OASL、OAS1、OAS2、OAS3、IFIT1、IFIT3、MX1、DDX58、RSAD2和IRF7,經(jīng)驗(yàn)證證實(shí)上述關(guān)鍵基因在GSE72754芯片中表達(dá)仍明顯上調(diào)。結(jié)論通過生物信息學(xué)分析獲... 

【文章來源】：重慶醫(yī)學(xué). 2020,49(23)

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【部分圖文】：

背景校正和歸一化處理前后芯片數(shù)據(jù)值分布的箱體圖

利用主成分分析使用正交變換法來對(duì)一系列可能相關(guān)的變量的觀測(cè)值進(jìn)行線性變換降維處理并繪制二維圖顯示兩組整體數(shù)據(jù)之間存在顯著性差異，見圖2。初步篩選發(fā)現(xiàn)，GSE61635芯片共有626個(gè)表達(dá)改變明顯的DEGs，含429個(gè)上調(diào)基因，197個(gè)下調(diào)基因，GSE61635芯片DEGs的火山圖與聚類分析熱圖分別見圖3、4。

初步篩選發(fā)現(xiàn)，GSE61635芯片共有626個(gè)表達(dá)改變明顯的DEGs，含429個(gè)上調(diào)基因，197個(gè)下調(diào)基因，GSE61635芯片DEGs的火山圖與聚類分析熱圖分別見圖3、4。圖4 DEGs的聚類分析熱圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于高通量芯片和生物信息學(xué)篩選系統(tǒng)性紅斑狼瘡核心基因及通路[J]. 朱晴,蔡昕添,洪靜,李南方.  新疆醫(yī)學(xué). 2019(07)



本文編號(hào)：3526624