基于高密度遺傳圖譜構(gòu)建的葡萄抗寒性QTL定位及候選基因篩選研究
發(fā)布時(shí)間:2021-11-04 19:35
本研究以葡萄品種‘赤霞珠’ב左優(yōu)紅’及它們的200株雜交后代為試材,利用SSR分子標(biāo)記進(jìn)行真假雜種鑒定,得到真雜種單株181株,以該群體及其雜交后代一年生枝條為試材,利用差熱分析(Differential Thermal Analysis,DTA)系統(tǒng)對葡萄枝條抗寒性進(jìn)行表型鑒定,并進(jìn)行簡化基因組RAD測序,構(gòu)建了含有大量SNP標(biāo)記的高密度分子遺傳圖譜,結(jié)合3年抗寒性表型數(shù)據(jù)進(jìn)行葡萄抗寒性QTL定位研究,得到葡萄抗寒相關(guān)QTL計(jì)算其貢獻(xiàn)率,并根據(jù)定位出的QTL篩選出于抗寒性相關(guān)的候選基因,本試驗(yàn)獲得如下主要結(jié)果:1.采用SSR分子標(biāo)記法結(jié)合聚丙烯酰胺凝膠電泳鑒定‘赤霞珠’ב左優(yōu)紅’后代雜種真實(shí)性,從現(xiàn)有SSR引物中篩選出兩對具有清晰條帶且為ab×cd帶型的引物,利用親本對這兩對引物的最佳退火溫度進(jìn)行篩選,在最適溫度下利用這兩對引物鑒定了200株后代的雜種真實(shí)性,鑒定出真雜種181株,真雜種率為90.5%,將這181株真雜種單株用于后期簡化基因組RAD測序。2.利用低溫差熱分析系統(tǒng)對‘赤霞珠’ב左優(yōu)紅’親本及其雜交后代一年生枝條進(jìn)行抗寒性進(jìn)行低溫放熱分析(LTE),得到枝條溫度-傷...
【文章來源】:沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)遼寧省
【文章頁數(shù)】:61 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 葡萄抗寒機(jī)制研究進(jìn)展
1.1.1 葡萄抗寒生理機(jī)制研究進(jìn)展
1.1.2 葡萄抗寒遺傳機(jī)制研究進(jìn)展
1.1.3 葡萄抗寒分子機(jī)制研究進(jìn)展
1.2 簡化基因組測序技術(shù)在葡萄中的應(yīng)用
1.3 葡萄遺傳圖譜構(gòu)建及抗寒性QTL定位研究進(jìn)展
1.3.1 葡萄遺傳圖譜構(gòu)建研究進(jìn)展
1.3.2 抗寒性QTL定位
1.4 葡萄抗寒性鑒定與評(píng)價(jià)
1.4.1 DTA系統(tǒng)鑒定葡萄抗寒性
1.4.2 葡萄抗寒性的評(píng)價(jià)
1.5 本研究的目的與意義
第二章 基于RAD測序的葡萄遺傳圖譜構(gòu)建
2.1 試驗(yàn)材料
2.2 試驗(yàn)方法
2.2.1 DNA的提取
2.2.2 DNA濃度與質(zhì)量檢測
2.2.3 SSR反應(yīng)體系、PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物檢測
2.2.4 用于假雜種鑒定的SSR引物篩選
2.2.5 RAD-seq的主要技術(shù)流程
2.2.6 RAD-seq數(shù)據(jù)分析
2.2.7 遺傳圖譜構(gòu)建
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 DNA提取濃度與純度檢測
2.3.2 SSR引物篩選
2.3.3 雜交群體的真假雜種鑒定
2.3.4 RAD-seq數(shù)據(jù)分析及SNP標(biāo)記開發(fā)
2.3.5 葡萄高密度遺傳圖譜的構(gòu)建
2.3.6 遺傳圖譜的評(píng)價(jià)
2.4 討論
2.4.1 作圖親本的選擇
2.4.2 雜種鑒定
2.4.3 RAD-seq圖譜構(gòu)建與誤差來源
第三章 作圖群體抗寒性QTL定位及候選基因篩選
3.1 試驗(yàn)材料
3.2 試驗(yàn)方法
3.2.1 試驗(yàn)儀器
3.2.2 試驗(yàn)材料準(zhǔn)備
3.2.3 葡萄枝條LTE測定
3.2.4 數(shù)據(jù)分析
3.2.5 葡萄抗寒性QTL定位
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 葡萄抗寒性LT-I分析
3.3.2 雜交后代群體抗寒性分析
3.3.3 雜交群體后代抗寒性遺傳分析
3.3.4 抗寒性QTL位點(diǎn)檢測
3.3.5 抗寒性候選基因篩選
3.4 討論
3.4.1 葡萄抗寒性的鑒定與評(píng)價(jià)
3.4.2 抗寒性QTL位點(diǎn)分布
3.4.3 抗寒性相關(guān)候選基因
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]利用胚挽救技術(shù)創(chuàng)制無核抗寒葡萄新種質(zhì)[J]. 趙雅楠,駱強(qiáng)偉,王躍進(jìn). 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(21)
[2]2017年世界葡萄及葡萄酒生產(chǎn)及流通概況[J]. 亓桂梅,李旋,趙艷俠,張久慧. 中外葡萄與葡萄酒. 2018(01)
[3]利用低溫放熱法分析板栗枝條的抗寒性[J]. 郭燕,李穎,張樹航,張馨方,王廣鵬. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2017(S1)
[4]葡萄果粒形狀簡化基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 張恒,劉眾杰,樊秀彩,張川,崔力文,劉崇懷,房經(jīng)貴. 園藝學(xué)報(bào). 2017(10)
[5]QTL定位在葡萄數(shù)量性狀研究中的應(yīng)用[J]. 付亞群,潘秋紅. 分子植物育種. 2018(08)
[6]8個(gè)葡萄品種抗寒性及生理指標(biāo)相關(guān)性分析[J]. 王雅琳,孫萍,李唯. 甘肅農(nóng)業(yè)科技. 2017(08)
[7]葡萄砧木及雜種的抗寒性鑒定[J]. 李妍琪,沈莉,簡軍全,張劍俠. 中外葡萄與葡萄酒. 2017(03)
[8]賀蘭山東麓8個(gè)釀酒葡萄品種抗寒性比較[J]. 施明,謝軍,徐美隆,王佳. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(05)
[9]兩個(gè)葡萄雜交后代根系抗葡萄根瘤蚜及抗寒性鑒定[J]. 杜遠(yuǎn)鵬,高振,付晴晴,郭淑華,翟衡. 昆蟲學(xué)報(bào). 2017(02)
[10]8種葡萄砧木品種的低溫半致死溫度與抗寒性綜合評(píng)價(jià)[J]. 李鵬程,蘇學(xué)德,王晶晶,郭紹杰,李銘,符小發(fā). 甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(01)
博士論文
[1]葡萄種質(zhì)資源抗寒性評(píng)價(jià)及抗寒候選基因挖掘[D]. 柴風(fēng)梅.中國科學(xué)院大學(xué)(中國科學(xué)院武漢植物園) 2018
[2]山葡萄U-box蛋白基因VaPUB的克隆和功能研究[D]. 繳莉.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]柑橘高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建及落葉性狀的QTL定位[D]. 劉升銳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[4]楊梅全基因組測序和雌雄性別控制遺傳分析[D]. 賈慧敏.浙江大學(xué) 2016
[5]獼猴桃種間高密度遺傳圖譜的構(gòu)建及果實(shí)性狀QTLs定位[D]. 劉春燕.中國科學(xué)院研究生院(武漢植物園) 2016
[6]乙烯響應(yīng)因子ERF057和ERF080調(diào)控葡萄抗寒性的機(jī)理研究[D]. 孫小明.中國科學(xué)院研究生院(武漢植物園) 2016
[7]陸地棉遺傳圖譜的構(gòu)建及其重要農(nóng)藝性狀的QTL定位[D]. 王寒濤.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[8]山葡萄高密度分子遺傳圖譜構(gòu)建及抗寒性QTL定位研究[D]. 劉鎮(zhèn)東.沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
碩士論文
[1]無核抗寒葡萄胚挽救育種與分子標(biāo)記輔助選擇應(yīng)用[D]. 趙雅楠.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2018
[2]葡萄白腐病抗性QTL定位及候選基因研究[D]. 薛瑞媛.沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]基于RAD-seq技術(shù)的中國葡萄屬葛藟葡萄支系的系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 桂柳柳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]基于葉綠體基因組測序?qū)χ袊吧咸堰M(jìn)化及系統(tǒng)發(fā)育的研究[D]. 謝海坤.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2017
[5]棗樹高密度遺傳圖譜優(yōu)化及重要性狀的QTL定位[D]. 張振東.北京林業(yè)大學(xué) 2016
[6]中國野生山葡萄VaERD15基因的功能驗(yàn)證[D]. 于冬冬.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2016
[7]葡萄VvCOR27基因的克隆與抗寒功能研究[D]. 范高韜.西南交通大學(xué) 2015
[8]基于溫度—傷害度關(guān)系分析葡萄抗寒性及其影響因素[D]. 高振.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[9]柑橘遺傳圖譜的延伸加密以及抗寒性遺傳分析和QTL定位[D]. 馬喜軍.西南大學(xué) 2012
[10]葡萄抗寒砧木的組織培養(yǎng)、試管苗微嫁接及抗寒生理生化特性研究[D]. 劉文瑜.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
本文編號(hào):3476323
【文章來源】:沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)遼寧省
【文章頁數(shù)】:61 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
1.1 葡萄抗寒機(jī)制研究進(jìn)展
1.1.1 葡萄抗寒生理機(jī)制研究進(jìn)展
1.1.2 葡萄抗寒遺傳機(jī)制研究進(jìn)展
1.1.3 葡萄抗寒分子機(jī)制研究進(jìn)展
1.2 簡化基因組測序技術(shù)在葡萄中的應(yīng)用
1.3 葡萄遺傳圖譜構(gòu)建及抗寒性QTL定位研究進(jìn)展
1.3.1 葡萄遺傳圖譜構(gòu)建研究進(jìn)展
1.3.2 抗寒性QTL定位
1.4 葡萄抗寒性鑒定與評(píng)價(jià)
1.4.1 DTA系統(tǒng)鑒定葡萄抗寒性
1.4.2 葡萄抗寒性的評(píng)價(jià)
1.5 本研究的目的與意義
第二章 基于RAD測序的葡萄遺傳圖譜構(gòu)建
2.1 試驗(yàn)材料
2.2 試驗(yàn)方法
2.2.1 DNA的提取
2.2.2 DNA濃度與質(zhì)量檢測
2.2.3 SSR反應(yīng)體系、PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物檢測
2.2.4 用于假雜種鑒定的SSR引物篩選
2.2.5 RAD-seq的主要技術(shù)流程
2.2.6 RAD-seq數(shù)據(jù)分析
2.2.7 遺傳圖譜構(gòu)建
2.3 結(jié)果與分析
2.3.1 DNA提取濃度與純度檢測
2.3.2 SSR引物篩選
2.3.3 雜交群體的真假雜種鑒定
2.3.4 RAD-seq數(shù)據(jù)分析及SNP標(biāo)記開發(fā)
2.3.5 葡萄高密度遺傳圖譜的構(gòu)建
2.3.6 遺傳圖譜的評(píng)價(jià)
2.4 討論
2.4.1 作圖親本的選擇
2.4.2 雜種鑒定
2.4.3 RAD-seq圖譜構(gòu)建與誤差來源
第三章 作圖群體抗寒性QTL定位及候選基因篩選
3.1 試驗(yàn)材料
3.2 試驗(yàn)方法
3.2.1 試驗(yàn)儀器
3.2.2 試驗(yàn)材料準(zhǔn)備
3.2.3 葡萄枝條LTE測定
3.2.4 數(shù)據(jù)分析
3.2.5 葡萄抗寒性QTL定位
3.3 結(jié)果與分析
3.3.1 葡萄抗寒性LT-I分析
3.3.2 雜交后代群體抗寒性分析
3.3.3 雜交群體后代抗寒性遺傳分析
3.3.4 抗寒性QTL位點(diǎn)檢測
3.3.5 抗寒性候選基因篩選
3.4 討論
3.4.1 葡萄抗寒性的鑒定與評(píng)價(jià)
3.4.2 抗寒性QTL位點(diǎn)分布
3.4.3 抗寒性相關(guān)候選基因
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]利用胚挽救技術(shù)創(chuàng)制無核抗寒葡萄新種質(zhì)[J]. 趙雅楠,駱強(qiáng)偉,王躍進(jìn). 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(21)
[2]2017年世界葡萄及葡萄酒生產(chǎn)及流通概況[J]. 亓桂梅,李旋,趙艷俠,張久慧. 中外葡萄與葡萄酒. 2018(01)
[3]利用低溫放熱法分析板栗枝條的抗寒性[J]. 郭燕,李穎,張樹航,張馨方,王廣鵬. 華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2017(S1)
[4]葡萄果粒形狀簡化基因組關(guān)聯(lián)分析[J]. 張恒,劉眾杰,樊秀彩,張川,崔力文,劉崇懷,房經(jīng)貴. 園藝學(xué)報(bào). 2017(10)
[5]QTL定位在葡萄數(shù)量性狀研究中的應(yīng)用[J]. 付亞群,潘秋紅. 分子植物育種. 2018(08)
[6]8個(gè)葡萄品種抗寒性及生理指標(biāo)相關(guān)性分析[J]. 王雅琳,孫萍,李唯. 甘肅農(nóng)業(yè)科技. 2017(08)
[7]葡萄砧木及雜種的抗寒性鑒定[J]. 李妍琪,沈莉,簡軍全,張劍俠. 中外葡萄與葡萄酒. 2017(03)
[8]賀蘭山東麓8個(gè)釀酒葡萄品種抗寒性比較[J]. 施明,謝軍,徐美隆,王佳. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(05)
[9]兩個(gè)葡萄雜交后代根系抗葡萄根瘤蚜及抗寒性鑒定[J]. 杜遠(yuǎn)鵬,高振,付晴晴,郭淑華,翟衡. 昆蟲學(xué)報(bào). 2017(02)
[10]8種葡萄砧木品種的低溫半致死溫度與抗寒性綜合評(píng)價(jià)[J]. 李鵬程,蘇學(xué)德,王晶晶,郭紹杰,李銘,符小發(fā). 甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(01)
博士論文
[1]葡萄種質(zhì)資源抗寒性評(píng)價(jià)及抗寒候選基因挖掘[D]. 柴風(fēng)梅.中國科學(xué)院大學(xué)(中國科學(xué)院武漢植物園) 2018
[2]山葡萄U-box蛋白基因VaPUB的克隆和功能研究[D]. 繳莉.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]柑橘高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建及落葉性狀的QTL定位[D]. 劉升銳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[4]楊梅全基因組測序和雌雄性別控制遺傳分析[D]. 賈慧敏.浙江大學(xué) 2016
[5]獼猴桃種間高密度遺傳圖譜的構(gòu)建及果實(shí)性狀QTLs定位[D]. 劉春燕.中國科學(xué)院研究生院(武漢植物園) 2016
[6]乙烯響應(yīng)因子ERF057和ERF080調(diào)控葡萄抗寒性的機(jī)理研究[D]. 孫小明.中國科學(xué)院研究生院(武漢植物園) 2016
[7]陸地棉遺傳圖譜的構(gòu)建及其重要農(nóng)藝性狀的QTL定位[D]. 王寒濤.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[8]山葡萄高密度分子遺傳圖譜構(gòu)建及抗寒性QTL定位研究[D]. 劉鎮(zhèn)東.沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
碩士論文
[1]無核抗寒葡萄胚挽救育種與分子標(biāo)記輔助選擇應(yīng)用[D]. 趙雅楠.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2018
[2]葡萄白腐病抗性QTL定位及候選基因研究[D]. 薛瑞媛.沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]基于RAD-seq技術(shù)的中國葡萄屬葛藟葡萄支系的系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 桂柳柳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]基于葉綠體基因組測序?qū)χ袊吧咸堰M(jìn)化及系統(tǒng)發(fā)育的研究[D]. 謝海坤.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2017
[5]棗樹高密度遺傳圖譜優(yōu)化及重要性狀的QTL定位[D]. 張振東.北京林業(yè)大學(xué) 2016
[6]中國野生山葡萄VaERD15基因的功能驗(yàn)證[D]. 于冬冬.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2016
[7]葡萄VvCOR27基因的克隆與抗寒功能研究[D]. 范高韜.西南交通大學(xué) 2015
[8]基于溫度—傷害度關(guān)系分析葡萄抗寒性及其影響因素[D]. 高振.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[9]柑橘遺傳圖譜的延伸加密以及抗寒性遺傳分析和QTL定位[D]. 馬喜軍.西南大學(xué) 2012
[10]葡萄抗寒砧木的組織培養(yǎng)、試管苗微嫁接及抗寒生理生化特性研究[D]. 劉文瑜.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
本文編號(hào):3476323
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