青風(fēng)藤（Sinomenium acutum）又有楓風(fēng)藤、青藤、滇防己等之稱,它是一種傳統(tǒng)中藥,也被認(rèn)為是一味重要的名族藥,用青風(fēng)藤來(lái)治療類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎以及其他相似疾病已經(jīng)延續(xù)了一千多年。近年來(lái),藥企和公司大量收購(gòu)青風(fēng)藤,青風(fēng)藤野生資源的損壞程度極為嚴(yán)重,其種群數(shù)量急劇下降。本研究旨在一步步推測(cè)出青藤堿生物合成的完整通路,并對(duì)通路中可能起到關(guān)鍵調(diào)控作用的基因進(jìn)行挖掘與驗(yàn)證,為后期通過(guò)基因工程實(shí)現(xiàn)青風(fēng)藤青藤堿的合成生物學(xué)及產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用奠定堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:1、運(yùn)用分子生物學(xué)系統(tǒng)分類把全國(guó)各地收集的共63份野生青風(fēng)藤植株分為了15種cp-DNA單倍型（C1-C15）,2018年挑選三年生15個(gè)cpDNA單倍型青風(fēng)藤植株（根和莖均�。�,進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,建立了青風(fēng)藤轉(zhuǎn)錄組池庫(kù)。結(jié)果顯示:測(cè)序共獲得108.95Gb Clean Data,每個(gè)樣品的Clean Data都達(dá)到6 Gb以上,滿足分析要求,Q30堿基比≥92.98%;共拼接得到363104個(gè)轉(zhuǎn)錄本,其中包括281923個(gè)Unigene;根據(jù)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的異喹啉生物堿KEGG通路圖,發(fā)現(xiàn)青風(fēng)藤內(nèi)一共注釋到247個(gè)基因在這條通路... 

【文章來(lái)源】：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)湖南省

【文章頁(yè)數(shù)】：80 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

生物信息分析流程

圖 2-1 生物信息分析流程Fig. 2-1 Bioinformation analysis process2.3 結(jié)果與分析2.3.1 總 DNA 電泳檢測(cè)結(jié)果電泳檢測(cè) DNA 質(zhì)量，結(jié)果如圖 2-2，可見(jiàn)電泳條帶為單一、清晰的亮帶，說(shuō)明 DNA濃度較高能滿足后續(xù)實(shí)驗(yàn)要求，可以滿足后續(xù) PCR 擴(kuò)增反應(yīng)的要求。

湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文20圖2-3Nr統(tǒng)計(jì)圖Fig.2-3Nrstatistics注：為Nr庫(kù)比對(duì)上的物種分布圖。Note:ThespeciesdistributionmaponNrdatabasecomparison.2.3.7GO分類圖2-4GO分類圖Fig.2-4GOclassificationdiagram注：橫坐標(biāo)為GO三個(gè)大類的下一層級(jí)的GOterm，縱坐標(biāo)為注釋到該term下(包括該term的子term)的基因個(gè)數(shù)。Note:theabscissaistheGOtermofthenextlevelinthethreecategoriesofGO,andtheordinateisthenumberofgenesannotatedtothisterm(includingsub-termsofthisterm).GO數(shù)據(jù)庫(kù)包含三種基本分類，即：生物學(xué)過(guò)程（BiologicalProcess），細(xì)胞組分（CellularComponent）和分子功能（MolecularFunction）。對(duì)基因進(jìn)行GO注釋，對(duì)注釋成功的基因根據(jù)GO三個(gè)大類的下一層級(jí)類別進(jìn)行歸類統(tǒng)計(jì)。在青風(fēng)藤中，注釋

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3440562