GDP-甘露糖-3′,5′-異構(gòu)酶基因（GME）是抗壞血酸途徑中的關(guān)鍵限速酶,該基因可以調(diào)節(jié)AsA合成。為了解辣椒中GME基因家族功能及在非生物脅迫下的表達(dá)情況,通過(guò)生物信息學(xué)方法對(duì)辣椒GME基因家族進(jìn)行鑒定,并對(duì)基因結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域、系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系、基因表達(dá)模式和非生物脅迫表達(dá)情況進(jìn)行分析。結(jié)果表明,在辣椒中有2個(gè)GME家族成員,CaGME1和CaGME2,分別分布在3號(hào)和8號(hào)染色體上,都有6個(gè)外顯子;CaGME1和CaGME2蛋白均具有NADB Rossmann家族中高度保守的NADPH結(jié)合位點(diǎn)、底物特異性結(jié)合位點(diǎn),均不具有信號(hào)肽,為親水性蛋白,定位在細(xì)胞質(zhì)粒的可能性最高,均不具有跨膜結(jié)構(gòu),二級(jí)結(jié)構(gòu)主要以不規(guī)則卷曲和α-螺旋為主;系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析表明,該基因編碼的氨基酸序列與番茄和馬鈴薯的親緣關(guān)系最近;qRT-PCR分析結(jié)果表明,在低溫、茉莉酸甲酯和鹽脅迫下CaGME1和CaGME2均被誘導(dǎo)上調(diào),在赤霉素下均被誘導(dǎo)下調(diào)。綜上可知,CaGME1和CaGME2基因在脅迫下不同的表達(dá)情況表明其在非生物脅迫中發(fā)揮作用,可為辣椒逆境脅迫機(jī)制研究提供參考。 

【文章來(lái)源】：華北農(nóng)學(xué)報(bào). 2020,35(04)北大核心

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辣椒GME蛋白親水性/疏水性分析

利用MEME軟件對(duì)CaGMEs保守結(jié)構(gòu)域進(jìn)行預(yù)測(cè),該蛋白屬于NADB Rossmann 超級(jí)家族,GME基因家族的2個(gè)基因所包含的氨基酸保守序列都一致,都有著8個(gè)結(jié)構(gòu)域;N端主要是motif5,該氨基酸保守域結(jié)構(gòu)含有NAD binding,在序列中高度保守。C端主要是motif7,含有擴(kuò)展SDR具有典型的Rossmann折疊,是底物結(jié)合位點(diǎn)(圖2)。對(duì)每個(gè)結(jié)構(gòu)域進(jìn)行分析(圖3)發(fā)現(xiàn),motif1、motif3、motif5均含有50個(gè)保守氨基酸,motif7和motif8含保守氨基酸較少,分別有29,19個(gè)。圖3 MEME預(yù)測(cè)的8個(gè)保守位點(diǎn)LOCO

MEME預(yù)測(cè)的8個(gè)保守位點(diǎn)LOCO

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
[1]番茄抗壞血酸生物合成酶GME和MIOX的功能分析[D]. 劉軍霞.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009



本文編號(hào)：3016722