GDP-甘露糖-3′,5′-異構(gòu)酶基因（GME）是抗壞血酸途徑中的關(guān)鍵限速酶,該基因可以調(diào)節(jié)AsA合成。為了解辣椒中GME基因家族功能及在非生物脅迫下的表達情況,通過生物信息學方法對辣椒GME基因家族進行鑒定,并對基因結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域、系統(tǒng)進化關(guān)系、基因表達模式和非生物脅迫表達情況進行分析。結(jié)果表明,在辣椒中有2個GME家族成員,CaGME1和CaGME2,分別分布在3號和8號染色體上,都有6個外顯子;CaGME1和CaGME2蛋白均具有NADB Rossmann家族中高度保守的NADPH結(jié)合位點、底物特異性結(jié)合位點,均不具有信號肽,為親水性蛋白,定位在細胞質(zhì)粒的可能性最高,均不具有跨膜結(jié)構(gòu),二級結(jié)構(gòu)主要以不規(guī)則卷曲和α-螺旋為主;系統(tǒng)進化樹分析表明,該基因編碼的氨基酸序列與番茄和馬鈴薯的親緣關(guān)系最近;qRT-PCR分析結(jié)果表明,在低溫、茉莉酸甲酯和鹽脅迫下CaGME1和CaGME2均被誘導上調(diào),在赤霉素下均被誘導下調(diào)。綜上可知,CaGME1和CaGME2基因在脅迫下不同的表達情況表明其在非生物脅迫中發(fā)揮作用,可為辣椒逆境脅迫機制研究提供參考。 

【文章來源】：華北農(nóng)學報. 2020,35(04)北大核心

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

辣椒GME蛋白親水性/疏水性分析

利用MEME軟件對CaGMEs保守結(jié)構(gòu)域進行預測,該蛋白屬于NADB Rossmann 超級家族,GME基因家族的2個基因所包含的氨基酸保守序列都一致,都有著8個結(jié)構(gòu)域;N端主要是motif5,該氨基酸保守域結(jié)構(gòu)含有NAD binding,在序列中高度保守。C端主要是motif7,含有擴展SDR具有典型的Rossmann折疊,是底物結(jié)合位點(圖2)。對每個結(jié)構(gòu)域進行分析(圖3)發(fā)現(xiàn),motif1、motif3、motif5均含有50個保守氨基酸,motif7和motif8含保守氨基酸較少,分別有29,19個。圖3 MEME預測的8個保守位點LOCO

MEME預測的8個保守位點LOCO

【參考文獻】：
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博士論文
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碩士論文
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本文編號：3016722