本文關(guān)鍵詞：細(xì)毛羊次級(jí)毛囊形態(tài)發(fā)生誘導(dǎo)期差異表達(dá)LncRNA靶基因的鑒定與功能分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：綿羊次級(jí)毛囊(Secondary hair follicle,SF)發(fā)生(誘導(dǎo)期)涉及一系列復(fù)雜的表皮和真皮細(xì)胞間持續(xù)而復(fù)雜的信號(hào)通路。信號(hào)通路中任一配體、受體的遺傳突變、表觀遺傳修飾以及蛋白翻譯后修飾的改變等都將影響綿羊次級(jí)毛囊的發(fā)生。因此,除目前在mRNA水平關(guān)注的蛋白編碼基因外,非編碼長(zhǎng)鏈RNA(long noncoding RNA,lncRNA)作為新型基因表達(dá)的調(diào)控因子,同樣值得關(guān)注。大量研究已經(jīng)證實(shí)LncRNA對(duì)器官形成、細(xì)胞分化和疾病發(fā)生等各種生理和病理過(guò)程都有重要的調(diào)控作用,但LncRNA在毛囊形態(tài)發(fā)生中的調(diào)控作用機(jī)制還知之甚少。因此本研究以前期對(duì)高山美利奴羊毛囊形態(tài)發(fā)生誘導(dǎo)期皮膚組織RNA-seq測(cè)序?yàn)榛A(chǔ),對(duì)細(xì)毛羊次級(jí)毛囊形態(tài)發(fā)生誘導(dǎo)期差異表達(dá)LncRNA進(jìn)行篩選,并通過(guò)生物信息學(xué)和熒光素酶報(bào)告基因系統(tǒng)對(duì)LncRNA靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)與驗(yàn)證,深入探討LncRNA在細(xì)毛羊毛囊形態(tài)發(fā)生中的作用機(jī)理。1.對(duì)細(xì)毛羊毛囊形態(tài)發(fā)生誘導(dǎo)期皮膚組織RNA-seq測(cè)序數(shù)據(jù)中的LncRNA序列應(yīng)用CNCI、Phylo CSF、Pfam進(jìn)行預(yù)測(cè),共獲得884個(gè)新的LncRNA。應(yīng)用EdgeR共篩選出15個(gè)在細(xì)毛羊毛囊形態(tài)發(fā)生誘導(dǎo)期差異表達(dá)LncRNA,13個(gè)LncRNA存在潛在cis或trans靶基因。通過(guò)GO、KEGG富集分析,將13個(gè)差異LncRNA的靶基因顯著富集到NOD樣受體信號(hào)通路、利什曼病信號(hào)通路和NF-kappa B信號(hào)通路中。說(shuō)明這些差異表達(dá)的LncRNA可能通過(guò)信號(hào)通路參與細(xì)毛羊毛囊形態(tài)發(fā)生過(guò)程。2.將LncRNA005698、LncRNA000629與miRNA Base數(shù)據(jù)庫(kù)中綿羊成熟miRNA進(jìn)行BLAST比對(duì)分析,發(fā)現(xiàn)LncRNA005698與oar-miR-3955-5p的種子區(qū)具有較高的一致性,且LncRNA005698與oar-miR-3955-5p結(jié)合具有較低的最小自由能(minimum free energy,mfe)(mfe=34.4 kcal/mol),表明LncRNA005698可能作為oar-miR-3955-5p的競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA�；跓晒馑孛笀�(bào)告基因系統(tǒng)的靶向關(guān)系表明,oar-miRNA-3955-5p與LncRNA005698之間具有靶向關(guān)系。此外,利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR對(duì)LncRNA005698和oar-miRNA-3955-5p在細(xì)毛羊組織中的表達(dá)量進(jìn)行分析,進(jìn)一步說(shuō)明LncRNA005698與oar-miRNA-3955-5p之間存在靶向關(guān)系。綜上所述,LncRNA005698可能在細(xì)毛羊毛囊形態(tài)發(fā)生過(guò)程中起著重要的作用,并且可能通過(guò)調(diào)節(jié)oar-miRNA-3955-5p來(lái)調(diào)節(jié)細(xì)毛羊毛囊形態(tài)發(fā)生。本研究對(duì)調(diào)控細(xì)毛羊毛囊形態(tài)發(fā)生的LncRNA的研究,將為研究非編碼RNA在綿羊毛囊形態(tài)發(fā)生的作用機(jī)制提供理論參考。
【關(guān)鍵詞】：細(xì)毛羊 次級(jí)毛囊 誘導(dǎo)期 LncRNA 靶基因驗(yàn)證 功能分析
【學(xué)位授予單位】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：S826
【目錄】：

• 摘要5-7
• Summary7-11
• 第一章 文獻(xiàn)綜述11-24
• 1.1 綿羊毛囊形態(tài)發(fā)育的研究現(xiàn)狀11-12
• 1.2 毛囊發(fā)育相關(guān)基因功能的研究進(jìn)展12-13
• 1.2.1 Wnt家族基因?qū)γ野l(fā)育的作用12
• 1.2.2 成纖維生長(zhǎng)因子家族（FGFs）12-13
• 1.3 非編碼RNA研究進(jìn)展13-23
• 1.3.1 Lnc RNA研究進(jìn)展13-18
• 1.3.2 MicroRNA研究進(jìn)展18-22
• 1.3.3 MicroRNA和LncRNA之間的相互作用22-23
• 1.4 研究目的與意義23-24
• 第二章 細(xì)毛羊次級(jí)毛囊形態(tài)發(fā)生誘導(dǎo)期Lnc RNA的鑒定及生物信息學(xué)分析24-37
• 2.1 實(shí)驗(yàn)材料與方法25-27
• 2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料25
• 2.1.2 生物信息學(xué)分析軟件25
• 2.1.3 實(shí)驗(yàn)方法25-27
• 2.2 結(jié)果與分析27-34
• 2.2.1 lncRNA的鑒定27-29
• 2.2.2 lncRNA基因差異表達(dá)分析29-31
• 2.2.3 lncRNA靶基因的預(yù)測(cè)31-33
• 2.2.4 Lnc RNA靶基因GO和KEGG Pathway的富集33-34
• 2.3 討論34-36
• 2.4 小結(jié)36-37
• 第三章 Lnc RNA005698靶基因的驗(yàn)證37-54
• 3.1 實(shí)驗(yàn)材料與方法37-45
• 3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料37-38
• 3.1.2 實(shí)驗(yàn)方法38-45
• 3.2 結(jié)果與分析45-50
• 3.2.1 熒光素酶載體的構(gòu)建45-46
• 3.2.2 雙熒光素酶報(bào)告基因系統(tǒng)46-47
• 3.2.3 oar-miRNA39555p靶基因的GO和KEGG富集分析47-49
• 3.2.4. LncRNA005698與oar-miRNA39555p在細(xì)毛羊組織中的表達(dá)量分析49-50
• 3.3 討論50-53
• 3.3.1 Lnc RNA005698和oar-miRNA39555p靶基因驗(yàn)證50-52
• 3.3.2 oar-miRNA39555p靶基因的預(yù)測(cè)52-53
• 3.4 小結(jié)53-54
• 第四章 結(jié)論54-55
• 參考文獻(xiàn)55-62
• 致謝62-63
• 作者簡(jiǎn)介63-64
• 導(dǎo)師簡(jiǎn)介64-65
• 附錄一 試驗(yàn)所用儀器設(shè)備65-66
• 附錄二 菌液PCR測(cè)序序列66-68

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前8條

1 趙帥;岳耀敬;郭婷婷;吳瑜瑜;劉建斌;韓吉龍;郭健;牛春娥;孫曉萍;馮瑞林;王天翔;李桂英;李范文;史兆國(guó);楊博輝;;Wnt10b、β-catenin、FGF18基因在‘甘肅高山細(xì)毛羊’胎兒皮膚毛囊中的表達(dá)規(guī)律研究[J];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào);2015年05期

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3 吳瑜瑜;岳耀敬;郭婷婷;王天翔;郭健;李桂英;韓吉龍;楊敏;劉建斌;孫曉萍;李范文;何玉琴;楊博輝;;中國(guó)超細(xì)毛羊(甘肅型)胎兒皮膚毛囊發(fā)育及其形態(tài)結(jié)構(gòu)[J];中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué);2013年09期

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1 趙帥;細(xì)毛羊次級(jí)毛囊形態(tài)發(fā)生誘導(dǎo)期轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

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本文編號(hào)：282962