本文關(guān)鍵詞：花椰菜花葉病毒(CaMV)35S啟動(dòng)子在轉(zhuǎn)基因棉花中的表達(dá)，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《福建農(nóng)林大學(xué)》 2016年

甘蔗桿狀病毒群體的分子遺傳變異及進(jìn)化機(jī)制

孫生仁  

【摘要】：甘蔗桿狀病毒(Sugarcane bacilliform virus, SCBV)是花椰菜花葉病毒科Caulimoviridae桿狀DNA病毒屬Badnaviru s的成員之一,也是危害甘蔗的主要病原,嚴(yán)重影響甘蔗的產(chǎn)量和品質(zhì)。為了弄清我國蔗區(qū)SCBV分離物的遺傳多樣性、分子進(jìn)化機(jī)制和群體遺傳結(jié)構(gòu),本研究根據(jù)SCBV病毒RT/RNase H基因序列設(shè)計(jì)了1對(duì)新的檢測(cè)引物SCBV-F和SCBV-R,對(duì)310份供試的甘蔗樣品進(jìn)行SCBV檢測(cè),其中280份來自中國的6個(gè)省(自治區(qū)),25份來自美國的3個(gè)州和5份來自澳大利亞的昆士蘭州,PCR檢測(cè)結(jié)果共有94份甘蔗樣品呈陽性,檢出率為30.3%。我國6個(gè)蔗區(qū)甘蔗樣品均有檢測(cè)到SCBV。PCR產(chǎn)物經(jīng)克隆和測(cè)序后,共獲得122條SCBV片段序列,這表明同一樣品存在不同的SCBV分離物序列。連同已報(bào)道的45條相應(yīng)序列,利用鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹,結(jié)果表明可將全球SCBV序列分成18個(gè)亞組,即SCBV-A至SCBV-R,其中, SCBV-N、SCBV-O、SCBV-P、SCBV-Q和SCBV-R為本研究新發(fā)現(xiàn)的株系(基因型)。我國蔗區(qū)存在8種基因型(SCBV-G、SCBV-H、SCBV-L、 SCBV-N、SCBV-O、SCBV-P、SCBV-Q 和 SCBV-R),以 SCBV-Q和SCBV-R基因型為主,不同SCBV基因型之間存在混合侵染現(xiàn)象。對(duì)SCBV序列進(jìn)行遺傳分化(Snn和Z*)和基因流(Fst)分析,結(jié)果表明國際間或國內(nèi)不同省(自治區(qū))SCBV分離物群體問不存在頻繁的基因流,遺傳分化明顯,呈高度的遺傳多樣性。通過PCR和反向PCR技術(shù)克隆獲得兩條SCBV中國分離物全基因組序列,分別命名為SCBV-CHN1和 SCBV-CHN2,基因組大小分別為7764 bp和7629 bp。這兩個(gè)中國分離物基因組結(jié)構(gòu)與桿狀DNA病毒類似,均含有三個(gè)開放閱讀框(ORFs),但在P2和P3蛋白的翻譯上存在不同程度的移碼翻譯。基于全基因組、不同ORFs和RT/RNase H序列的系統(tǒng)進(jìn)化分析,將SCBV-CHN1、SCBV-CHN2和10條已公布的SCBV分離物分成9個(gè)組群。其中,SCBV-CHN1與SCBV-BB的親緣關(guān)系最近,劃分在SCBV-H組,SCBV-CHN2劃分在SCBV-G組。SCBV-CHN1　和 SCBV-CHN2之間全基因組和RT/ RNase H序列的核苷酸一致性分別為70.2%和80.8%,遺傳距離分別為0.32和0.22。重組分析發(fā)現(xiàn)SCBV存在種間和種內(nèi)的遺傳重組現(xiàn)象,SCBV-CHN1 和SCBV-CHN2是兩個(gè)重組分離物,其重組區(qū)域分別發(fā)生在ORF3的N-端和C-端以及IGR和ORF1,表明遺傳重組是SCBV進(jìn)化的主要?jiǎng)恿χ痪C上所述,本研究率先從RT/RNase H基因及基因組水平揭示我國SCBV分離物的遺傳變異、分子進(jìn)化動(dòng)力和群體遺傳結(jié)構(gòu),這些研究結(jié)果進(jìn)一步豐富了全球SCBV遺傳多樣性的分子生物學(xué)信息,也為我國甘蔗桿狀病毒病的生態(tài)防控和抗病分子育種提供依據(jù)。

【關(guān)鍵詞】：
【學(xué)位授予單位】：福建農(nóng)林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S435.661
【目錄】：

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【參考文獻(xiàn)】

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