【摘要】：為了提高分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算在當(dāng)前具有多級(jí)緩存(Cache)結(jié)構(gòu)的處理器上的計(jì)算性能,對(duì)分子動(dòng)力學(xué)模擬過程中緩存(Cache)的訪問特征進(jìn)行了分析與優(yōu)化.通過對(duì)影響Cache命中率和模擬計(jì)算效率的因素進(jìn)行測(cè)試與分析,提出一種Atomreorder算法.該方法通過重新調(diào)整粒子的順序,使同一個(gè)或者相鄰晶格的粒子在主存中的位置接近來增強(qiáng)程序的局部性,進(jìn)而減少Cache的丟失.測(cè)試結(jié)果表明該方法對(duì)大體系模擬的Cache丟失有明顯的優(yōu)化,計(jì)算效率也相應(yīng)提高了.
[Abstract]:In order to improve the computational performance of the molecular dynamics simulation on a processor with a multi-level cache structure, the access characteristics of the cache are analyzed and optimized in the process of molecular dynamics simulation. By testing and analyzing the factors that influence the hit rate and the simulation efficiency of the Cache, an Atoreorder algorithm is proposed. By re-adjusting the order of the particles, the position of the particles of the same or adjacent crystal lattice is close to the position of the main memory to enhance the locality of the program, thereby reducing the loss of the cache. The results show that the method is optimized for the loss of the cache of the large-system simulation, and the calculation efficiency is also improved.
【作者單位】： 重慶郵電大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;重慶郵電大學(xué)高性能計(jì)算與應(yīng)用研究所;尼科爾斯州立大學(xué)自然科學(xué)系;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(21073242)資助
【分類號(hào)】：TP332

【參考文獻(xiàn)】

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4 王s，

本文編號(hào)：2451451