蛋白質(zhì)是機(jī)體生命活動的主要物質(zhì)承擔(dān)者,在生物體中具有營養(yǎng)存儲、收縮運動、防御、識別、催化、運輸和調(diào)節(jié)等功能。近年來對蛋白質(zhì)的研究日益成熟并獲得了一些很有意義的成果,但由于常規(guī)的實驗方法對蛋白質(zhì)樣品本身的性質(zhì)有嚴(yán)格的要求,尤其無法真實反映蛋白質(zhì)在活體內(nèi)的演變過程。隨著計算機(jī)技術(shù)和大規(guī)模超大規(guī)模并行運算的發(fā)展,越來越多的科學(xué)家開始利用計算機(jī)模擬的手段來研究蛋白質(zhì)體系。計算機(jī)模擬成為繼實驗和理論后科學(xué)研究的第三種方法并獲得了廣泛應(yīng)用。本文首先概述了本課題的背景以及研究現(xiàn)狀,然后對動力學(xué)模擬的理論基礎(chǔ)、模擬方法、模擬軟件、模擬步驟以及常見的模擬結(jié)果表征方法作一介紹。最后,采用分子動力學(xué)模擬的方法,對蛋白質(zhì)體系進(jìn)行研究。主要研究內(nèi)容包括:（1）通過施加不同強(qiáng)度和不同方向的靜電場,模擬研究蛋白質(zhì)在電場影響下的動力學(xué)行為。結(jié)果表明蛋白質(zhì)的均方根偏差和回轉(zhuǎn)半徑值都在電場強(qiáng)度足夠大時發(fā)生躍變,然后穩(wěn)定在某一數(shù)值,且結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)變需要的時間即特征時間隨電場強(qiáng)度的增加而減少;蛋白質(zhì)沿電場方向的電偶極矩隨電場強(qiáng)度的增加而增加,垂直電場強(qiáng)度方向的電偶極矩減小,表明內(nèi)部蛋白質(zhì)帶電氨基酸的分布存在明顯的取向;蛋白質(zhì)分子內(nèi)... 

【文章來源】：中國計量大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)層次

中國計量大學(xué)碩士學(xué)位論文據(jù)庫每年可增加億個堿基序列，數(shù)據(jù)庫更是以每 14 個月翻一番的是通過 XRD 技術(shù)和 NMR 技術(shù)得到的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫依然止 2018 年，蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫[8]Protein Data Bank （PDB）積累的蛋 13 萬，如圖 1.2 所示，這使得蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)的預(yù)測成為蛋白質(zhì)題。

中國計量大學(xué)碩士學(xué)位論文適用范圍。力場函數(shù)和參數(shù)的選取及優(yōu)化主要和量子力學(xué)計算結(jié)果進(jìn)行擬合。目前模擬工作類，第一類包括 AMBER，CHARMM，OPLS力場，這些精度能達(dá)到要求但是計算效率低F，COMPASS 等，這些力場使用高階項或交叉。在本課題的研究中我們選取了 CHARMM 力

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]二次通用旋轉(zhuǎn)設(shè)計優(yōu)化電場處理高粱種子萌發(fā)條件[J]. 張作偉,杜慧玲.  山西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(01)
[2]專題:軟物質(zhì)研究進(jìn)展[J]. 歐陽鐘燦,劉向陽.  物理學(xué)報. 2016(17)
[3]不同處理方式對鷹嘴豆分離蛋白乳化性質(zhì)的影響[J]. 顧楠,張子沛,吳錦波,趙國華.  食品工業(yè)科技. 2011(12)
[4]蛋白質(zhì)提純的研究進(jìn)展[J]. 蔣梅,楊仕標(biāo),王秀瓊,趙俊,張念祖.  黑龍江畜牧獸醫(yī). 2008(03)
[5]電場處理小麥種子對幼苗生長抗鹽性的影響[J]. 呂劍剛,楊體強(qiáng),蘇恩光,鄧一兵,那日.  內(nèi)蒙古大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2001(06)



本文編號：3358226