蛋白質(zhì)是機體生命活動的主要物質(zhì)承擔者,在生物體中具有營養(yǎng)存儲、收縮運動、防御、識別、催化、運輸和調(diào)節(jié)等功能。近年來對蛋白質(zhì)的研究日益成熟并獲得了一些很有意義的成果,但由于常規(guī)的實驗方法對蛋白質(zhì)樣品本身的性質(zhì)有嚴格的要求,尤其無法真實反映蛋白質(zhì)在活體內(nèi)的演變過程。隨著計算機技術(shù)和大規(guī)模超大規(guī)模并行運算的發(fā)展,越來越多的科學(xué)家開始利用計算機模擬的手段來研究蛋白質(zhì)體系。計算機模擬成為繼實驗和理論后科學(xué)研究的第三種方法并獲得了廣泛應(yīng)用。本文首先概述了本課題的背景以及研究現(xiàn)狀,然后對動力學(xué)模擬的理論基礎(chǔ)、模擬方法、模擬軟件、模擬步驟以及常見的模擬結(jié)果表征方法作一介紹。最后,采用分子動力學(xué)模擬的方法,對蛋白質(zhì)體系進行研究。主要研究內(nèi)容包括:（1）通過施加不同強度和不同方向的靜電場,模擬研究蛋白質(zhì)在電場影響下的動力學(xué)行為。結(jié)果表明蛋白質(zhì)的均方根偏差和回轉(zhuǎn)半徑值都在電場強度足夠大時發(fā)生躍變,然后穩(wěn)定在某一數(shù)值,且結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)變需要的時間即特征時間隨電場強度的增加而減少;蛋白質(zhì)沿電場方向的電偶極矩隨電場強度的增加而增加,垂直電場強度方向的電偶極矩減小,表明內(nèi)部蛋白質(zhì)帶電氨基酸的分布存在明顯的取向;蛋白質(zhì)分子內(nèi)... 

【文章來源】：中國計量大學(xué)浙江省

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)層次

中國計量大學(xué)碩士學(xué)位論文據(jù)庫每年可增加億個堿基序列，數(shù)據(jù)庫更是以每 14 個月翻一番的是通過 XRD 技術(shù)和 NMR 技術(shù)得到的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫依然止 2018 年，蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫[8]Protein Data Bank （PDB）積累的蛋 13 萬，如圖 1.2 所示，這使得蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)的預(yù)測成為蛋白質(zhì)題。

中國計量大學(xué)碩士學(xué)位論文適用范圍。力場函數(shù)和參數(shù)的選取及優(yōu)化主要和量子力學(xué)計算結(jié)果進行擬合。目前模擬工作類，第一類包括 AMBER，CHARMM，OPLS力場，這些精度能達到要求但是計算效率低F，COMPASS 等，這些力場使用高階項或交叉。在本課題的研究中我們選取了 CHARMM 力

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3358226