目的通過結(jié)合高通量測序技術(shù)和生物信息學分析,闡明廣州市2013-2018年環(huán)境污水中諾如病毒（Norovirus,NoV）GI、GII組中各基因型別的分布情況及其動態(tài)變化特征。此外,將其與廣東省NoV疫情流行病學數(shù)據(jù)及序列進化特征相結(jié)合,探索環(huán)境污水的NoV監(jiān)測在疫情預(yù)警和防控中的作用。方法選取廣州市獵德污水處理廠作為采樣點,采用定時采樣法,在2013年1月至2018年8月每月中旬采集4份污水樣本。對樣本進行病毒濃縮富集后,提取病毒核酸。首先應(yīng)用實時熒光PCR法檢測環(huán)境污水中GI、GII組NoV總體分布情況;然后將每月4份病毒核酸按1:1:1:1比例混合成1份,利用相應(yīng)引物對其應(yīng)用巢式PCR法進行擴增;經(jīng)鑒定、純化后,采用高通量測序平臺進行測序。利用DNASTAR軟件進行同源性分析,計算序列間核苷酸和氨基酸同源性。然后以GenBank下載的GII.4型、GII.17型和GII.2型主要流行變異株作為參考序列,與污水中序列共同構(gòu)建系統(tǒng)進化樹。結(jié)果1.諾如病毒GI、GII組總體檢出情況2013年1月-2018年8月共采集污水樣本272份,NoV GII組（90.07%）檢出率高于GI組（6... 

【文章來源】：廣東藥科大學廣東省

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

研究技術(shù)路線圖

013-2018年環(huán)境污水中NoVGI基因型年份分布情況

013-2018年環(huán)境污水中NoVGII基因型年份分布情況


本文編號：3437466