本文關(guān)鍵詞：基于Cytoscape Web技術(shù)實(shí)現(xiàn)生物醫(yī)學(xué)網(wǎng)絡(luò)的XGMML格式數(shù)據(jù)網(wǎng)頁可視化

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【摘要】：生物醫(yī)學(xué)網(wǎng)絡(luò)的可視化可以幫助研究者更加直觀,充分的了解到生物醫(yī)學(xué)網(wǎng)絡(luò)中分子之間的互相作用關(guān)系。本文采用了一些系列前后相接的技術(shù)方案。首先,利用C#的StreamReader類和Xm1Reader類分別完成了原始的TXT和XML數(shù)據(jù)文檔導(dǎo)入MS SQL 2008R2的IntAct和UniProt數(shù)據(jù)庫工作。再用T-SQL語言查詢IntAct和UniProt數(shù)據(jù)庫完成了相關(guān)TXT生物學(xué)數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)的生成工作。又將相關(guān)TXT生物學(xué)數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)通過C#編程處理轉(zhuǎn)換成為Cytoscape Web支持呈現(xiàn)的XGMML數(shù)據(jù)文檔格式。最后用HTML, JavaScript, Cytoscape Web相關(guān)技術(shù)完成了XGMML數(shù)據(jù)文檔的網(wǎng)頁呈圖工作。最終,整個(gè)過程完成了從生物醫(yī)學(xué)網(wǎng)絡(luò)相關(guān)原始數(shù)據(jù)交換文檔原始格式XML和TXT到XGMML生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)文檔網(wǎng)絡(luò)網(wǎng)頁呈圖。本文提供了一套從生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)交換的原始格式XML和TXT數(shù)據(jù)文檔到XGMML生物醫(yī)學(xué)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)文檔網(wǎng)頁呈圖的可視化參考方案,為研究者對(duì)于研究成果的直觀展示和及時(shí)信息分享提供了極大的便利。
【關(guān)鍵詞】：生物醫(yī)學(xué)網(wǎng)絡(luò) 可視化 Cytoscape Web C# XGMML
【學(xué)位授予單位】：蘭州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：TP393.092;TP311.13
【目錄】：

• 中文摘要3-4
• Abstract4-8
• 第一章 緒論8-14
• 1.1 課題研究背景意義8
• 1.2 國(guó)內(nèi)外發(fā)展現(xiàn)狀8-10
• 1.2.1 有關(guān)于將XML數(shù)據(jù)文檔轉(zhuǎn)換到MS SQL 2008 R2技術(shù)8-9
• 1.2.2 有關(guān)于生物的可視化技術(shù)9-10
• 1.3 相關(guān)簡(jiǎn)介10-11
• 1.3.1 IntAct數(shù)據(jù)庫簡(jiǎn)介10-11
• 1.3.2 UniProt數(shù)據(jù)庫簡(jiǎn)介11
• 1.4 實(shí)驗(yàn)條件介紹11-12
• 1.5 本文主要研究?jī)?nèi)容12-14
• 第二章 數(shù)據(jù)預(yù)處理14-21
• 2.1 相關(guān)簡(jiǎn)介14-15
• 2.1.1 分布式計(jì)算14-15
• 2.1.2 XML數(shù)據(jù)文檔15
• 2.2 下載相關(guān)數(shù)據(jù)15-16
• 2.3 處理IntAct原始數(shù)據(jù)16-17
• 2.4 處理UniProt原始數(shù)據(jù)17-21
• 第三章 數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)查詢21-26
• 3.1 實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備21
• 3.2 相關(guān)簡(jiǎn)介21-23
• 3.2.1 T-SQL語言說明21-23
• 3.3 實(shí)驗(yàn)步驟23-26
• 第四章 生成可視化XGMML數(shù)據(jù)文檔26-36
• 4.1 實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備26
• 4.2 相關(guān)簡(jiǎn)介26-28
• 4.2.1 XGMML文件格式26-27
• 4.2.2 逆向工程27-28
• 4.3 問題出現(xiàn)28
• 4.4 實(shí)驗(yàn)原理28-29
• 4.5 實(shí)驗(yàn)步驟29-36
• 4.5.1 初始化TXT生物學(xué)數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)29-30
• 4.5.2 編碼轉(zhuǎn)換30-31
• 4.5.3 生成可視化數(shù)據(jù)文檔31-36
• 第五章 蛋白質(zhì)XGMML數(shù)據(jù)文檔網(wǎng)絡(luò)圖的網(wǎng)頁可視化階段36-43
• 5.1 實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備36
• 5.2 相關(guān)簡(jiǎn)介36-38
• 5.2.1 Cytoscape Web36-37
• 5.2.2 JQuery37
• 5.2.3 AJAX37-38
• 5.2.4 HTML語言38
• 5.2.5 JavaScript38
• 5.3 實(shí)驗(yàn)原理38-39
• 5.4 實(shí)驗(yàn)步驟39-43
• 5.4.1 構(gòu)建基本網(wǎng)頁39
• 5.4.2 數(shù)據(jù)訪問39-40
• 5.4.3 呈圖40-43
• 第六章 結(jié)論43-48
• 6.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理階段43-45
• 6.2 數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)查詢階段45-46
• 6.3 生成可視化的XGMML數(shù)據(jù)文檔階段46-47
• 6.4 蛋白質(zhì)XGMML數(shù)據(jù)文檔網(wǎng)絡(luò)圖的網(wǎng)頁可視化階段47-48
• 參考文獻(xiàn)48-50
• 在學(xué)期間的研究成果50-51
• 致謝51-52
• 附錄52-53

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 王俊峰;;淺析SQL語言在數(shù)據(jù)庫中的應(yīng)用[J];計(jì)算機(jī)光盤軟件與應(yīng)用;2013年07期

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本文編號(hào)：938805