本文關鍵詞：基于Cytoscape Web技術實現生物醫(yī)學網絡的XGMML格式數據網頁可視化

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【摘要】：生物醫(yī)學網絡的可視化可以幫助研究者更加直觀,充分的了解到生物醫(yī)學網絡中分子之間的互相作用關系。本文采用了一些系列前后相接的技術方案。首先,利用C#的StreamReader類和Xm1Reader類分別完成了原始的TXT和XML數據文檔導入MS SQL 2008R2的IntAct和UniProt數據庫工作。再用T-SQL語言查詢IntAct和UniProt數據庫完成了相關TXT生物學數據網絡的生成工作。又將相關TXT生物學數據網絡通過C#編程處理轉換成為Cytoscape Web支持呈現的XGMML數據文檔格式。最后用HTML, JavaScript, Cytoscape Web相關技術完成了XGMML數據文檔的網頁呈圖工作。最終,整個過程完成了從生物醫(yī)學網絡相關原始數據交換文檔原始格式XML和TXT到XGMML生物醫(yī)學數據文檔網絡網頁呈圖。本文提供了一套從生物醫(yī)學數據交換的原始格式XML和TXT數據文檔到XGMML生物醫(yī)學網絡數據文檔網頁呈圖的可視化參考方案,為研究者對于研究成果的直觀展示和及時信息分享提供了極大的便利。
【關鍵詞】：生物醫(yī)學網絡 可視化 Cytoscape Web C# XGMML
【學位授予單位】：蘭州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：TP393.092;TP311.13
【目錄】：

• 中文摘要3-4
• Abstract4-8
• 第一章 緒論8-14
• 1.1 課題研究背景意義8
• 1.2 國內外發(fā)展現狀8-10
• 1.2.1 有關于將XML數據文檔轉換到MS SQL 2008 R2技術8-9
• 1.2.2 有關于生物的可視化技術9-10
• 1.3 相關簡介10-11
• 1.3.1 IntAct數據庫簡介10-11
• 1.3.2 UniProt數據庫簡介11
• 1.4 實驗條件介紹11-12
• 1.5 本文主要研究內容12-14
• 第二章 數據預處理14-21
• 2.1 相關簡介14-15
• 2.1.1 分布式計算14-15
• 2.1.2 XML數據文檔15
• 2.2 下載相關數據15-16
• 2.3 處理IntAct原始數據16-17
• 2.4 處理UniProt原始數據17-21
• 第三章 數據庫關聯查詢21-26
• 3.1 實驗準備21
• 3.2 相關簡介21-23
• 3.2.1 T-SQL語言說明21-23
• 3.3 實驗步驟23-26
• 第四章 生成可視化XGMML數據文檔26-36
• 4.1 實驗準備26
• 4.2 相關簡介26-28
• 4.2.1 XGMML文件格式26-27
• 4.2.2 逆向工程27-28
• 4.3 問題出現28
• 4.4 實驗原理28-29
• 4.5 實驗步驟29-36
• 4.5.1 初始化TXT生物學數據網絡29-30
• 4.5.2 編碼轉換30-31
• 4.5.3 生成可視化數據文檔31-36
• 第五章 蛋白質XGMML數據文檔網絡圖的網頁可視化階段36-43
• 5.1 實驗準備36
• 5.2 相關簡介36-38
• 5.2.1 Cytoscape Web36-37
• 5.2.2 JQuery37
• 5.2.3 AJAX37-38
• 5.2.4 HTML語言38
• 5.2.5 JavaScript38
• 5.3 實驗原理38-39
• 5.4 實驗步驟39-43
• 5.4.1 構建基本網頁39
• 5.4.2 數據訪問39-40
• 5.4.3 呈圖40-43
• 第六章 結論43-48
• 6.1 數據預處理階段43-45
• 6.2 數據關聯查詢階段45-46
• 6.3 生成可視化的XGMML數據文檔階段46-47
• 6.4 蛋白質XGMML數據文檔網絡圖的網頁可視化階段47-48
• 參考文獻48-50
• 在學期間的研究成果50-51
• 致謝51-52
• 附錄52-53

【參考文獻】

中國期刊全文數據庫 前1條

1 王俊峰;;淺析SQL語言在數據庫中的應用[J];計算機光盤軟件與應用;2013年07期

，

本文編號：938805