發(fā)布時(shí)間：2021-11-29 01:24

　　目的:篩選與中國北方漢族男性個(gè)體年齡顯著相關(guān)的DNA甲基化位點(diǎn)并構(gòu)建年齡推斷模型。方法:結(jié)合現(xiàn)有文獻(xiàn)和基于前期研究篩選位點(diǎn),從中篩選出21個(gè)與年齡高度相關(guān)的甲基化候選位點(diǎn)。并通過UCSC genome browser下載21個(gè)DNA甲基化位點(diǎn)所在的21個(gè)DNA片段,對(duì)這21個(gè)DNA片段序列運(yùn)用Agena Bioscience EpiDesigner software進(jìn)行引物設(shè)計(jì),共獲得153個(gè)DNA甲基化位點(diǎn)數(shù)據(jù)。最后運(yùn)用EpiTYPER技術(shù)平臺(tái),在476個(gè)北方漢族男性血液DNA中檢測(cè)21個(gè)擴(kuò)增片段在內(nèi)的153個(gè)DNA甲基化位點(diǎn),并將所有數(shù)據(jù)結(jié)果進(jìn)行年齡Pearson相關(guān)性分析,運(yùn)用相關(guān)系數(shù)r值（|r|>0.5）,依據(jù)AIC值,和顯著水平P（P<0.005）值,擬合線性回歸方程構(gòu)建年齡推斷模型。結(jié)果:通過關(guān)聯(lián)性分析,從153個(gè)DNA甲基化位點(diǎn)中,最終篩選出8個(gè)與年齡高度相關(guān)的DNA甲基化位點(diǎn),CpG1、CpG2、CpG4、CpG7、CpG8這5個(gè)位點(diǎn)分別位于TRIM59、RASSF5、Clorf132、CSNK1D、ELOVL2基因上,CpG5、CpG6均位于PDE4C上,... 

【文章來源】：山西醫(yī)科大學(xué)山西省

【文章頁數(shù)】：53 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)擴(kuò)增后的純化產(chǎn)物顯示結(jié)果

2.1 年齡相關(guān)性位點(diǎn)篩選結(jié)果為了篩選出適合推斷中國北方漢族男性年齡的 DNA 甲基化位點(diǎn)，本研究以EpiTYPER 技術(shù)平臺(tái)為基礎(chǔ)，結(jié)合文獻(xiàn)[1,18,20-29]中已報(bào)道的及前期工作積累的血液DNA 中與年齡相關(guān)的 21 個(gè) DNA 甲基化位點(diǎn)，經(jīng)過引物設(shè)計(jì)，及 PCR 擴(kuò)增，純化，T 切等步驟，共檢測(cè)了 476 份男性血液樣本中 21 個(gè)擴(kuò)增片段內(nèi)的 153 個(gè) CpG 位點(diǎn)。用其中 352 份沒有缺失值的樣本作為訓(xùn)練集構(gòu)建年齡推斷模型，通過分析 352 份樣本的年齡與 153 個(gè) CpG 位點(diǎn)之間的相關(guān)性，從 153 個(gè)候選位點(diǎn)中篩選出 80 個(gè)與中國北方漢族男性年齡相關(guān)的 DNA 甲基化位點(diǎn)[圖 3 153 個(gè)甲基化位點(diǎn)以 cg 表示]，然后運(yùn)用 AIC 結(jié)合多元線性回歸方法進(jìn)一步篩選 CpG 位點(diǎn)，結(jié)果篩選出 22 個(gè)與年齡相關(guān)的 CpG 位點(diǎn)。但由于 CpG 位點(diǎn)過多不適用于法醫(yī)學(xué)運(yùn)用，需要繼續(xù)篩選位點(diǎn)，結(jié)合AIC理論，刪除AIC增量最小的CpG位點(diǎn)，同時(shí)保證剩下的CpG的P<0.005，最終篩選出 8 個(gè)與年齡高度相關(guān)的 CpG 位點(diǎn)，位于 7 個(gè)基因片段上（表 6）。

PDE4C 19 18233127/31/33 CpG island x6 CSNK1D 17 82273978 S_Shore x7 ELOVL2 6 11044628/31/34 CpG island x8找到相關(guān)基因名稱；2）無法確定國北方漢族男性年齡推斷模型TYPER 技術(shù)平臺(tái)檢測(cè)的 476 份男性樣本，用其中 352 份作為訓(xùn)練集（T篩選出與年齡高度相關(guān)的 8 個(gè) CpG 位點(diǎn)，并基于這 8 個(gè) CpG 位點(diǎn)，齡（y）與實(shí)際年齡之間的年齡推斷模型：7.93+31.14x1-19.73x2+22.35x3–18.80x4+22.85x5+36.57x6-33.02x7+46.33x8，0.93，MAD=2.69 歲，RMSE=3.96，其 MAD 的 95%置信區(qū)間為[2.39,斷模型可以用于解釋 93%的年齡變化（圖 4）。圖 5 為基于 352 份樣本

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[3]DNA甲基化與衰老研究進(jìn)展[J]. 李春宏,張志勇.  中華疾病控制雜志. 2008(04)
[4]DNA甲基化研究及其檢測(cè)方法的新進(jìn)展[J]. 李波,喬振華.  山西醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2006(03)



本文編號(hào)：3525555