本文關鍵詞：基于焦磷酸測序技術利用線粒體12S rRNA基因進行種屬鑒別的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的本課題的研究目的是篩選37種物種線粒體(mtDNA)序列中的種屬特異性位點,應用焦磷酸測序技術建立簡便易行的大鼠,鵝,豬,黃牛,山羊,雞,鴨,狗,小鼠,貓,鴿,人,馬,兔,驢,甲魚和鹿這17種常見動物的法醫(yī)學種屬鑒別體系并進行法醫(yī)學應用研究。方法根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫查到的上述37個物種線粒體序列,利用Dna SP v5.10.1軟件篩選DNA中核酸差異大的目標區(qū)域,分別命名為12S-1,12S-2,16S-1。針對3個目標區(qū)域,使用Primer Premier 5.0軟件設計PCR擴增引物分別進行目標區(qū)域擴增。通過優(yōu)化選擇目標區(qū)域12S-2,使用PyroMarker Assay Design 2.0軟件設計測序引物,利用PyroMarker Q96儀器進行大鼠,鵝,豬,黃牛,山羊,雞,鴨,狗,小鼠,貓,鴿,人,馬,兔,驢,甲魚和鹿這17種PCR產(chǎn)物(片段大小約100 bp)測序,建立基于焦磷酸測序技術的種屬鑒定反應體系,并抽取部分種屬樣本進行Sanger測序驗證及靈敏度等法醫(yī)學驗證研究。結果(1)建立了基于焦磷酸測序技術檢測12S rRNA基因進行種屬鑒定體系。焦磷酸測序分析結果顯示該方法僅需要12個堿基數(shù)就可以快速準確地區(qū)分。(2)本方法能夠準確分型的最低DNA模板量為250pg;對煮熟肉類、陳舊血痕和未知種屬來源的樣本均能有效鑒別。結論本研究建立的基于焦磷酸測序技術分析12S rRNA基因的鑒別體系,可以成功鑒別大鼠,鵝,豬,黃牛,山羊,雞,鴨,狗,小鼠,貓,鴿,人,馬,兔,驢,甲魚和鹿這17個物種。本方法具備良好的準確性和穩(wěn)定性,靈敏度達到250pg,對特殊樣本和未知來源的檢材都可成功鑒別。本方法操作簡單、快捷、成本低,能夠滿足法醫(yī)學種屬鑒定的要求。
【關鍵詞】：法醫(yī)遺傳學 線粒體DNA 12S rRNA 種屬鑒別 焦磷酸測序
【學位授予單位】：蘇州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：D919
【目錄】：

• 中文摘要4-6
• Abstract6-10
• 前言10-12
• 第一部分 目標基因的選擇12-33
• 1 材料與方法12-17
• 1.1 基因選擇12-14
• 1.2 引物設計14-16
• 1.3 引物有效性驗證16
• 1.4 構建系統(tǒng)發(fā)生樹16-17
• 2 結果17-29
• 2.1 種屬間mtDNA序列多態(tài)性分析17-21
• 2.2 引物有效性驗證21-26
• 2.3 三個目的片段構建進化樹26-29
• 3 討論29-31
• 3.1 mtDNA目的基因和目標區(qū)域的篩選29-30
• 3.2 引物設計30-31
• 3.3 進化樹構建31
• 4 結論31-33
• 第二部分 種屬鑒別方法的建立33-62
• 1 材料與方法33-42
• 1.1 樣本來源及處理33
• 1.2 實驗試劑與儀器33-35
• 1.3 方法與步驟35-42
• 2 結果42-56
• 2.1 PCR擴增優(yōu)化結果42-44
• 2.2 焦磷酸測序用于種屬鑒定44-56
• 3 討論56-61
• 3.1 PCR擴增條件的優(yōu)化56-58
• 3.2 焦磷酸測序的方法用于種屬鑒定58-61
• 4 結論61-62
• 第三部分 焦磷酸鑒別體系在法醫(yī)學種屬鑒別的應用研究62-73
• 1 材料與方法62-67
• 1.1 樣本來源及處理62
• 1.2 實驗試劑及儀器62-64
• 1.3 方法與步驟64-67
• 2 結果67-70
• 2.1 未知樣本的檢測67
• 2.2 煮熟肉類樣本的檢測67
• 2.3 陳舊血痕樣本的檢測67
• 2.4 混合樣本的實驗67-70
• 3 討論70-72
• 3.1 未知樣本的檢測70
• 3.2 煮熟肉類和混合樣本的檢測70-71
• 3.3 陳舊樣本的檢測71
• 3.4 焦磷酸測序的優(yōu)勢71-72
• 4 結論72-73
• 結語73-75
• 1 研究成果73
• 2 研究創(chuàng)新性73-74
• 3 研究展望74-75
• 參考文獻75-80
• 綜述80-87
• 參考文獻84-87
• 攻讀碩士學位期間發(fā)表論文87-88
• 致謝88-90

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本文編號：341090