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meta分析文獻檢索_meta讀法_一篇META分析文章的悲催投稿經(jīng)歷

發(fā)布時間:2016-06-21 18:00

  本文關(guān)鍵詞:Meta分析,由筆耕文化傳播整理發(fā)布。


自己做的Meta分析剛剛被PLOS ONE接收,上來跟大家分享一下我的投稿經(jīng)歷(Molecular Psychiatry→Schizophrenia bulletin→biological psychiaty→schizophrenia bulletin→journal of medical genetics→PLOS ONE)。

我們實驗室截止到目前一直在做某個基因在精神分裂癥發(fā)病中的作用,包括遺傳學(xué)分析和目前正在進行的動物模型研究,這個基因的一個SNP(用rs1234表示)在2008年歐洲的精神分裂癥GWAS研究中首次被報道。

隨后,我們對這個基因研究的遺傳學(xué)分析的文章也已經(jīng)發(fā)表在American Journal of Psychiatry(2011)和American Journal of Medical Genetics(2012),其中發(fā)表的數(shù)據(jù)大部分都是我們自己產(chǎn)生的中國人群的original data。

與此同時,中國也有其它幾個研究小組在研究這個基因,截止到2012年的7月份,在中國人群已有超過10份樣本產(chǎn)生了rs1234的data(超過20000份樣本),但是結(jié)果卻非常不一致,在互相的研究中也都提到對方的樣本采集問題。

我們的前期研究結(jié)果支持rs1234在中國人群中并不與精神分裂癥相關(guān),而有一些研究小組則報道了顯著結(jié)果,為了系統(tǒng)的證實rs1234在中國人群是否與精神分裂癥相關(guān),我們利用中國所有可行的data做了meta-analysis,結(jié)果也支持rs1234并不與精神分裂癥相關(guān),但是p=0.10。

我和我的導(dǎo)師都認為該文章的意義并不是特別大,但是為了科學(xué)的嚴謹性,以及為以后實驗室的研究提出指引方向,我們還是決定將這篇meta-analysis文章投出去。我們第一次以letter to the editor的格式投molecular psychiatry,精神病學(xué)的旗艦雜志,審稿50天(9月22日-11月12日),拒稿。

兩個審稿人的意見并不positive,因此主編拒稿,也在我們的情理之中,后來我們又將該文章擴寫成article,改投到schizophrenia bulletin,審稿26天(11月19日-12月15日),拒稿,但是審稿人并未提出尖銳性的問題。

根據(jù)第一個審稿人的意見,我們在文章中細致的描述了納入的樣本的特征(包括年齡、性別比例等),并加入了一些meta-analysis的必要分析,隨后又將文章改投到biological psychiatry,審稿40天(12月19日-1月29日),拒稿,三個審稿人兩個沒有positive,但是第三個審稿人非常的negative。

Reviewer #3: This is a fine meta-analysis. But, the additional data produced results very similar to what the authors have already published in AJMG 2012, which concluded "Here, we studied rs1234 and schizophrenia susceptibility in multiple Asian case-control samples (10 Chinese and 2 Japanese samples; N=21,062), and the meta-analyses indicated non-significant association of rs1234 with schizophrenia (P=0.26), suggesting the same SNP identified in European samples is not predisposing risk in Asians." I did not see much new information from this study.

面對第三個審稿人的意見,我們也很無奈,這是一個updated的meta-analysis(之前的Meta分析也是我們做的),但是審稿人揪住這一點提問,拒稿也很正常,只能改投。我們隨后將文章重投回schizophrenia bulletin,但是這次主編沒有選擇送審,并提出:

One senior editor notes: "Recommend rejection because (i) Chinese meta analysis sample is smaller than the Caucasian samples, (ii) it still finds a suggestive trend for association, (iii) this association has been superseded by recent GWAS studies, reducing interest in this gene. "

其實關(guān)于這個SNP的分析在我們之前的文章中已經(jīng)包含過一次,并且包含了該基因的其它SNP(fine-mapping analysis),樣本量超過10000份,但是因為整體是一個negative結(jié)果,所以在投稿時屢屢被拒,最后只投到3分多的雜志上,審稿人不斷提出我們的樣本量沒有歐洲的分析樣本量大,雖然我們做了power分析(>80%)。

要知道,歐洲和美國的研究小組組成了一個consortium,幾十個國家的樣本,超過了50000份,所以審稿人屢屢說我們的樣本沒達到50000份,雖然我們在文章中做了很詳細的解釋并且提出了可能的原因,但是仍然無效,真是無奈啊。

隨后,我的導(dǎo)師要將該文章投到Journal of Medical Genetics,我對此并不樂觀,因為我感覺JMG的主編對psychiatry遺傳學(xué)研究尤其是中國人群的研究存在偏見,果不其然,不超過3天就編輯部拒稿了。

但是JMG雜志的投稿狀態(tài)很有意思,投稿狀態(tài)的變化是with editor---awaiting reviewer selection---awaiting EIC decision---rejected without review,狀態(tài)顯示是在等待選擇審稿人,但是其實這只是雜志社一個狀態(tài)的自動變化,只有出現(xiàn)awaiting reviewer assignment---under review才表明已經(jīng)送外審了。

最后,,我們將文章投到PLOS ONE,一審不到30天(3月12日-4月10日),兩個審稿人,其中一個審稿人建議加一個分析,另一個提出語言需要潤色。我們花了一個星期的時間進行修改,并于4月18日重新投稿,二審歷時11天,文章接收。

值得注意的是,這是一篇陰性結(jié)果的文章,審稿人建議加一個non-superioritytest以證實我們的結(jié)果,這個test我沒有接觸過,還要感謝一位園友的大力幫助,在文章修回時也將她加成了共同作者。

總的來說,這篇文章在PLOS ONE投稿還算順利,審稿也很快。負責(zé)這篇文章的主編是武漢同濟醫(yī)科大學(xué)的一位教授,從PLOS ONE發(fā)表的文章來看,他經(jīng)常handle一些Meta分析的文章,人很Nice。根據(jù)實驗室之前發(fā)表PLOS ONE的經(jīng)驗,文章接收后,我的導(dǎo)師會申訴減免版面費,一般是減到100美元,之前兩次都成功了,不知道這次會怎樣。

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編輯: zhongguoxing


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