目的:研究黃柏(phellodendri chinrnsis cortex,PCC)治療骨性關節(jié)炎(osteoarthritis,OA)的作用機制。方法:運用中藥系統(tǒng)藥理學分析平臺(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)從化合物口服利用度以及類藥性兩方面對黃柏的活性成分進行篩選和收集,通過人類基因數(shù)據(jù)庫(GeneCards)和在線人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫(OMIM)篩選OA的作用靶標。結合STRING數(shù)據(jù)庫構建靶蛋白相互作用網(wǎng)絡,篩選連接度排名前5位的靶蛋白,并利用分子對接服務器預測其與PCC活性成分的結合活性。借助網(wǎng)絡拓撲屬性分析軟件Cytoscape 3.7.1構建PCC活性成分-靶點-OA疾病網(wǎng)絡。使用Cytoscape 3.7.1軟件中的ClueGO插件對靶點基因本體(gene ontology,GO)生物過程和京都基因與基因組百科全書(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)中代謝通路進行富集分析...

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【部分圖文】：

圖1PCC-OA共靶Venn圖

把OA的相關基因靶點2470個與PCC的潛在作用基因靶點進行交集,得到共同靶標基因共45個,PCC有可能通過以上45個共靶對OA起治療作用。見圖1。2.4蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡分析

圖2PCC治療OA的關鍵靶點(排名前30)

在上述研究基礎上構建PCC活性成分-靶點-OA疾病網(wǎng)絡圖,詳見圖3。圖中共涉及節(jié)點64個,邊141個,橢圓形代表PCC,橢圓形周圍的矩形節(jié)點代表PCC的活性成分,八邊形代表OA疾病,八邊形周圍的矩形節(jié)點代表PCC作用于OA的共同靶標基因。在該網(wǎng)絡圖中,所有活性成分都至少與2個以上....

圖3PCC成分-靶點-OA疾病網(wǎng)絡

使用Cytoscape3.7.1軟件中的ClueGO插件對45個與治療OA相關的靶點進行GO富集分析,選取P<0.001的結果,進行可視化。縱軸代表PCC治療OA的生物過程的重要性,排名越靠近上方重要性越高。橫軸代表該生物過程在治療過程中的占比。柱狀條的數(shù)字代表該生物過程富集的....

圖4PCC治療OA的GO分析條形圖

通過Cytoscape3.7.1軟件中的ClueGO插件對45個與治療OA相關的靶點進行KEGG富集分析,選取P<0.001的結果進行可視化。圖示意義參考2.6項下。由圖5可知,PCC治療OA的相關通路共有47個條目,重要性排名前5位的通路分別有:藥物代謝(drugmetab....

本文編號：3962565