目的:研究黃柏(phellodendri chinrnsis cortex,PCC)治療骨性關(guān)節(jié)炎(osteoarthritis,OA)的作用機(jī)制。方法:運(yùn)用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺(tái)(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)從化合物口服利用度以及類藥性兩方面對(duì)黃柏的活性成分進(jìn)行篩選和收集,通過(guò)人類基因數(shù)據(jù)庫(kù)(GeneCards)和在線人類孟德?tīng)栠z傳數(shù)據(jù)庫(kù)(OMIM)篩選OA的作用靶標(biāo)。結(jié)合STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建靶蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò),篩選連接度排名前5位的靶蛋白,并利用分子對(duì)接服務(wù)器預(yù)測(cè)其與PCC活性成分的結(jié)合活性。借助網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑治鲕浖﨏ytoscape 3.7.1構(gòu)建PCC活性成分-靶點(diǎn)-OA疾病網(wǎng)絡(luò)。使用Cytoscape 3.7.1軟件中的ClueGO插件對(duì)靶點(diǎn)基因本體(gene ontology,GO)生物過(guò)程和京都基因與基因組百科全書(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)中代謝通路進(jìn)行富集分析...

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圖1PCC-OA共靶Venn圖

把OA的相關(guān)基因靶點(diǎn)2470個(gè)與PCC的潛在作用基因靶點(diǎn)進(jìn)行交集,得到共同靶標(biāo)基因共45個(gè),PCC有可能通過(guò)以上45個(gè)共靶對(duì)OA起治療作用。見(jiàn)圖1。2.4蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)分析

圖2PCC治療OA的關(guān)鍵靶點(diǎn)(排名前30)

在上述研究基礎(chǔ)上構(gòu)建PCC活性成分-靶點(diǎn)-OA疾病網(wǎng)絡(luò)圖,詳見(jiàn)圖3。圖中共涉及節(jié)點(diǎn)64個(gè),邊141個(gè),橢圓形代表PCC,橢圓形周圍的矩形節(jié)點(diǎn)代表PCC的活性成分,八邊形代表OA疾病,八邊形周圍的矩形節(jié)點(diǎn)代表PCC作用于OA的共同靶標(biāo)基因。在該網(wǎng)絡(luò)圖中,所有活性成分都至少與2個(gè)以上....

圖3PCC成分-靶點(diǎn)-OA疾病網(wǎng)絡(luò)

使用Cytoscape3.7.1軟件中的ClueGO插件對(duì)45個(gè)與治療OA相關(guān)的靶點(diǎn)進(jìn)行GO富集分析,選取P<0.001的結(jié)果,進(jìn)行可視化�？v軸代表PCC治療OA的生物過(guò)程的重要性,排名越靠近上方重要性越高。橫軸代表該生物過(guò)程在治療過(guò)程中的占比。柱狀條的數(shù)字代表該生物過(guò)程富集的....

圖4PCC治療OA的GO分析條形圖

通過(guò)Cytoscape3.7.1軟件中的ClueGO插件對(duì)45個(gè)與治療OA相關(guān)的靶點(diǎn)進(jìn)行KEGG富集分析,選取P<0.001的結(jié)果進(jìn)行可視化。圖示意義參考2.6項(xiàng)下。由圖5可知,PCC治療OA的相關(guān)通路共有47個(gè)條目,重要性排名前5位的通路分別有:藥物代謝(drugmetab....

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