背景:五味消毒飲在臨床中已被用于治療關(guān)節(jié)假體周圍感染,但因五味消毒飲所含有效成分復(fù)雜,其分子作用機(jī)制尚不明確。目的:探究五味消毒飲治療關(guān)節(jié)假體周圍感染的作用機(jī)制。方法:通過中藥系統(tǒng)藥理學(xué)成分分析數(shù)據(jù)庫(BATMAN-TCM)預(yù)測獲得五味消毒飲的有效化合物及靶點基因,利用Gene Cards和OMIM數(shù)據(jù)庫獲得關(guān)節(jié)假體周圍感染疾病的相關(guān)靶點基因,取兩者交集后得到五味消毒飲-關(guān)節(jié)假體周圍感染疾病交集基因。隨后采用STRING在線數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI),根據(jù)度值篩選核心基因。將交集基因輸入Cytoscape3.7.2軟件以構(gòu)建WWXDY-靶點-關(guān)節(jié)假體周圍感染可視化網(wǎng)絡(luò)圖,并借助DAVID在線工具進(jìn)行交集靶點的基因本體論(GO)功能和京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析,探討其抗關(guān)節(jié)假體周圍感染的作用機(jī)制。結(jié)果與結(jié)論:①從BATMAN-TCM平臺共預(yù)測出五味消毒飲的有效化合物37個,作用靶點共914個;從Gene Cards和OMIM數(shù)據(jù)庫篩選出關(guān)節(jié)假體周圍感染疾病的相關(guān)靶點基因286個;取交集獲得藥物與疾病交集靶點39個,經(jīng)篩選得到核心基因16個;②GO分析結(jié)果顯...

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圖1五味消毒飲和關(guān)節(jié)假體周圍感染疾病的交集靶點基因圖

通過BATMAN-TCM平臺檢索總共預(yù)測到五味消毒飲的有效化合物37個，其中金銀花24個，蒲公英6個，野菊花7個，紫花地丁1個，紫背天葵子1個。隨后獲得其作用靶點共914個，通過GeneCards和OMIM數(shù)據(jù)庫共篩選獲得PJI的疾病靶點共286個。取兩者靶點的交集，最終獲得WW....

圖2交集基因的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖(PPI網(wǎng)絡(luò))

利用STRING在線數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了交集靶點基因蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果見圖2。蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)包含39個蛋白質(zhì)節(jié)點，277條相互作用關(guān)系，即節(jié)點間的連接線，其中2個蛋白質(zhì)節(jié)點無相互作用關(guān)系(已剔除)，平均度值(degree)為14.2，平均局部聚類系數(shù)(avg.localclust....

圖3核心靶點基因

采用Cytoscape3.7.2軟件構(gòu)建的WWXDY-靶點-PJI疾病可視化調(diào)控網(wǎng)絡(luò)見圖4，圖中清晰可見五味消毒飲中5味中藥與有效化合物、有效化合物與交集靶點基因、靶點基因與PJI疾病之間分別的對應(yīng)關(guān)系。靶點所連接的化合物越多，說明度值越大，該靶點就越重要。網(wǎng)絡(luò)中，左邊四邊形3....

圖4WWXDY-靶點-關(guān)節(jié)假體周圍感染疾病可視化調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

圖3核心靶點基因2.4交集基因的GO富集分析結(jié)果

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