發(fā)布時間：2022-01-08 23:43

　　目的:運(yùn)用分子對接、靶點反向預(yù)測及反向分子對接技術(shù)探索宣肺化濁方治療新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）的物質(zhì)基礎(chǔ)及可能的分子機(jī)制。方法:在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺（TCMSP）檢索宣肺化濁方中10味中藥化合物,以血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2（ACE2）,白細(xì)胞介素-6受體（IL-6R）為靶蛋白,運(yùn)用分子對接篩選方中與ACE2,IL-6R對接打分較好且符合類藥性的化合物,并進(jìn)行化學(xué)信息學(xué)層次聚類分析;利用Swiss Target Prediction預(yù)測化合物潛在靶點;運(yùn)用Cytoscape構(gòu)建化合物-靶點網(wǎng)絡(luò);利用STRING分析靶點蛋白互相作用。結(jié)果:宣肺化濁方中針對ACE2潛在有活性的化合物共312個,活性較強(qiáng)的化合物15個;針對IL-6R符合條件的活性化合物共100個,活性較強(qiáng)的化合物3個,對活性較強(qiáng)的化合物進(jìn)行化學(xué)信息學(xué)層次聚類分析發(fā)現(xiàn)大多屬于黃酮類。藥味-有效成分-靶點網(wǎng)絡(luò)包含藥材10味、化合物126個、靶點130個;STRING分析顯示磷脂酰肌醇3激酶調(diào)節(jié)亞基1（PIK3R1）,肉瘤基因（SRC）,絲蘇氨酸蛋白激酶1（AKT1）,雄激素受體（AR）和表皮生長因子受體（EGFR）等蛋白... 

【文章來源】：中國實驗方劑學(xué)雜志. 2020,26(16)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

花旗松素(A)，香葉木素(B)，槲皮素(C)與ACE2的相互作用

蘆薈大黃素(A),physciondiglucoside(B),5,8,2"-trihydroxy-7-methoxyflavone(C)與IL-6R的相互作用

本研究基于STRING數(shù)據(jù)庫分析宣肺化濁方潛在作用靶點之間的交互作用，以交互作用高可信度（>0.7）靶點構(gòu)建交互作用網(wǎng)絡(luò)（圖4），該網(wǎng)絡(luò)包括102個節(jié)點和270條邊。在蛋白質(zhì)交互作用網(wǎng)絡(luò)中，節(jié)點蛋白在網(wǎng)絡(luò)中的地位不相同，較重要的節(jié)點為關(guān)鍵節(jié)點（key nodes）。網(wǎng)絡(luò)節(jié)點度參數(shù)是網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵節(jié)點評價的常用方法[29]。在清肺通絡(luò)方作用蛋白質(zhì)交互作用網(wǎng)絡(luò)中，PIK3R1(24),SRC(21),AKT1(20),AR(17）和EGFR(16）是度值最大的前5個節(jié)點，這5個節(jié)點是宣肺化濁方潛在的關(guān)鍵靶點，可能在其治療過程中發(fā)揮重要作用。采用Glide軟件對在基于靶點預(yù)測以及PPI分析結(jié)果，對上述5個靶點中有晶體結(jié)構(gòu)的4個靶點進(jìn)行分子分子對接驗證。在PDB數(shù)據(jù)庫中查找并下載PIK3R1(PDB ID:4I6J),SRC(PDB ID:4U5J),AKT1(PDB ID:4EKL）和ECFR(PDB ID:3W2S）結(jié)構(gòu)，并與預(yù)測化合物進(jìn)行分子對接。通過對分子對接結(jié)果統(tǒng)計，預(yù)測到相應(yīng)靶點的化合物與各自靶點有相互作用（打分值<-5分，去重）的比例分別為PIK3R1(19/20),SRC(31/44),AKT1(10/16）和EGFR(41/47）總比例為79.53%。分子對接結(jié)果表明，化合物靶點反向預(yù)測準(zhǔn)確度較高，驗證了上述KEGG和GO富集分析以及PPI結(jié)果的合理性。圖4 宣肺化濁方靶蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3577504