基于分子對接的山梔苷對帕金森細胞模型的保護作用及其機制研究
發(fā)布時間:2021-11-23 14:56
背景和目的:山梔苷是我國傳統(tǒng)中藥梔子的有效成分之一,常作為相關中藥飲片、中成藥質(zhì)量研究的標志物。但在常見的抗炎、抗氧化測試中,效果卻不如梔子苷等其他環(huán)烯醚萜類化合物。本研究采用分子對接技術,測試山梔苷對未折疊蛋白反應三條通路中節(jié)點蛋白的對接情況,進而利用6-OHDA誘導損傷的SH-SY5Y細胞構(gòu)建帕金森病的體外模型,檢測山梔苷的保護作用及相關通路蛋白的表達情況,旨在為山梔苷的活性研究提供依據(jù)和思路。方法:(1)利用Autodock軟件將山梔苷與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應激相關的PERK、Bi P、IRE1蛋白進行虛擬分子對接,并分析對接結(jié)果。(2)利用6-OHDA處理SH-SY5Y細胞構(gòu)建帕金森病的體外模型,采用CCK-8、LDH法檢測山梔苷的保護作用,另以衣霉素預處理激活內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應激,觀察山梔苷保護作用的變化情況;采用Hoechst33258熒光染色及Annexin V-FITC/PI觀察細胞凋亡情況;DIO-C6(3)染色觀察內(nèi)質(zhì)網(wǎng)情況;MDC染色觀察細胞自噬;Western blot檢測PERK-e IF2α-ATF4-CHOP以及自噬相關蛋白LC3、凋亡相關蛋白Bcl-2和Bax的表達情況。結(jié)果:...
【文章來源】:吉林大學吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:54 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
山梔苷分子結(jié)構(gòu)
圖 2.2 對接結(jié)果的結(jié)合能分析2.3.2 最優(yōu)對接結(jié)果的構(gòu)象信息表 2.2 最優(yōu)構(gòu)象的信息比較對接蛋白 PDB 編碼 小分子配體 結(jié)合能(kcal/mol) 抑制常數(shù)(μM)PERK 4g31 山梔苷 -5.06 196.74PERK 4g31 GSK2606414 -10.71 0.01408GRP78 3ldo 山梔苷 -3.43 3070IRE1 3lj1 山梔苷 -2.79 9080最優(yōu)對接構(gòu)象信息如表 2.2 所示,山梔苷與 PERK 蛋白結(jié)合能為-5.06kcal/mol,抑制常數(shù)為 196.74 μM;GSK2606414 與 PERK 蛋白結(jié)合能為-10.71kcal/mol,抑制常數(shù)為 0.01408 μM。由此可見,雖然山梔苷與 PERK 的結(jié)合自由能及抑制常數(shù)均大于 PERK 蛋白特異性小分子抑制劑 GSK2606414,但較內(nèi)
質(zhì)網(wǎng)應激另外兩條通路蛋白 GRP78、IRE1 都要小很多。2.3.3 最優(yōu)對接的構(gòu)象圖如圖 2.3 所示,從對接結(jié)果 PyMOL 處理的最優(yōu)對接構(gòu)象圖來看,山梔苷與PERK 蛋白和 GSK2606414 與 PERK 蛋白的對接位點在同一“對接口袋”中,而山梔苷與 BiP 蛋白、山梔苷與 IRE1 蛋白的對接位點則更靠近蛋白分子表面。第 2 章 山梔苷與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應激靶標蛋白的分子對接
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Salidroside Protects Against 6-Hydroxydopamine-Induced Cytotoxicity by Attenuating ER Stress[J]. Kai Tao,Bao Wang,Dayun Feng,Wei Zhang,Fangfang Lu,Juan Lai,Lu Huang,Tiejian Nie,Qian Yang. Neuroscience Bulletin. 2016(01)
[2]基于分子對接技術的高頻降脂藥對作用機制研究[J]. 蔣蘆荻,賀昱甦,陳茜,陶歐,李貢宇,張燕玲. 中國中藥雜志. 2015(12)
本文編號:3514113
【文章來源】:吉林大學吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:54 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
山梔苷分子結(jié)構(gòu)
圖 2.2 對接結(jié)果的結(jié)合能分析2.3.2 最優(yōu)對接結(jié)果的構(gòu)象信息表 2.2 最優(yōu)構(gòu)象的信息比較對接蛋白 PDB 編碼 小分子配體 結(jié)合能(kcal/mol) 抑制常數(shù)(μM)PERK 4g31 山梔苷 -5.06 196.74PERK 4g31 GSK2606414 -10.71 0.01408GRP78 3ldo 山梔苷 -3.43 3070IRE1 3lj1 山梔苷 -2.79 9080最優(yōu)對接構(gòu)象信息如表 2.2 所示,山梔苷與 PERK 蛋白結(jié)合能為-5.06kcal/mol,抑制常數(shù)為 196.74 μM;GSK2606414 與 PERK 蛋白結(jié)合能為-10.71kcal/mol,抑制常數(shù)為 0.01408 μM。由此可見,雖然山梔苷與 PERK 的結(jié)合自由能及抑制常數(shù)均大于 PERK 蛋白特異性小分子抑制劑 GSK2606414,但較內(nèi)
質(zhì)網(wǎng)應激另外兩條通路蛋白 GRP78、IRE1 都要小很多。2.3.3 最優(yōu)對接的構(gòu)象圖如圖 2.3 所示,從對接結(jié)果 PyMOL 處理的最優(yōu)對接構(gòu)象圖來看,山梔苷與PERK 蛋白和 GSK2606414 與 PERK 蛋白的對接位點在同一“對接口袋”中,而山梔苷與 BiP 蛋白、山梔苷與 IRE1 蛋白的對接位點則更靠近蛋白分子表面。第 2 章 山梔苷與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應激靶標蛋白的分子對接
【參考文獻】:
期刊論文
[1]Salidroside Protects Against 6-Hydroxydopamine-Induced Cytotoxicity by Attenuating ER Stress[J]. Kai Tao,Bao Wang,Dayun Feng,Wei Zhang,Fangfang Lu,Juan Lai,Lu Huang,Tiejian Nie,Qian Yang. Neuroscience Bulletin. 2016(01)
[2]基于分子對接技術的高頻降脂藥對作用機制研究[J]. 蔣蘆荻,賀昱甦,陳茜,陶歐,李貢宇,張燕玲. 中國中藥雜志. 2015(12)
本文編號:3514113
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