基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)對(duì)金銀花抗癌機(jī)制的研究
發(fā)布時(shí)間:2021-10-07 08:49
目的:研究金銀花治療癌癥的有效成分及作用機(jī)制。方法:通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索金銀花的有效成分、作用靶蛋白等信息,構(gòu)建"藥物-化學(xué)成分-靶蛋白-疾病"網(wǎng)絡(luò),進(jìn)行京都基因與基因組百科全書(shū)(KEGG)信號(hào)通路、基因本體(GO)富集分析,研究金銀花活性成分的抗癌機(jī)制。結(jié)果:構(gòu)建一種藥物,23種有效活性成分,248個(gè)相應(yīng)靶蛋白的"藥物-化學(xué)成分-靶蛋白-疾病"網(wǎng)絡(luò)。有效成分包括槲皮素、木犀草素、金圣草素和山柰酚等;作用靶蛋白包括腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的基質(zhì)金屬蛋白酶(MMP2、MMP1)、腫瘤壞死因子(TNF)等;KEGG通路富集分析包括磷脂酰肌醇激酶3(PI3K)等97條通路。結(jié)論:金銀花抗癌是多成分、多靶標(biāo)、多途徑的作用機(jī)制。
【文章來(lái)源】:長(zhǎng)治醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2020,34(03)
【文章頁(yè)數(shù)】:4 頁(yè)
【部分圖文】:
金銀花藥物靶蛋白KEGG富集分析
通過(guò)對(duì)金銀花相應(yīng)靶基因進(jìn)行分子功能注釋分析:(1)GO-MF得到82條基因的分子功能注釋信息,主要涉及G蛋白偶聯(lián)受體活性、蛋白質(zhì)二聚體活性酶結(jié)合活性、分子傳感性活性、 雄性激素受體活性等;(2)GO-BP得到787條基因的細(xì)胞組分注釋分析,涉及膜功能區(qū)域、跨膜區(qū)、質(zhì)膜區(qū)、突觸等;(3)GO-CC得到77條生物學(xué)過(guò)程注釋信息,涉及藥物反應(yīng)、細(xì)胞對(duì)化學(xué)刺激反應(yīng)、生物量調(diào)節(jié)、細(xì)胞對(duì)內(nèi)源性刺激反應(yīng)等(見(jiàn)圖2)。2.4 KEGG信號(hào)通路分析
在網(wǎng)絡(luò)中,從節(jié)點(diǎn)(化合物)指向靶蛋白(作用基因),一個(gè)節(jié)點(diǎn)度值表示網(wǎng)絡(luò)中和節(jié)點(diǎn)相連路線(xiàn)的條數(shù)。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)特性計(jì)算維度(Degree)、中心度值(Betweenness Centrality)等參數(shù),這些連接化合物或靶蛋白較多的節(jié)點(diǎn)被認(rèn)為是樞紐節(jié)點(diǎn),可能是關(guān)鍵的化合物或者靶蛋白。通過(guò)分析化合物-靶蛋白之間的中心度值、親中心度值等發(fā)現(xiàn)248個(gè)相應(yīng)靶蛋白的“藥物-化學(xué)成分-靶蛋白-疾病”網(wǎng)絡(luò),排名靠前的作用靶蛋白有PTGS2、PTGS1、NCOA2、PRKACA、GSTP1、HSP90AB1、JUN等。排名前7位的化合物分別是 MOL000449-Stigmasterol(豆甾醇)、MOL000098-Quercetin(槲皮素)、MOL000358-Stigmasterol beta(β-豆甾醇)、 MOL000006-Luteolin(木犀草素)、MOL000422-Kaempferol(山柰酚)、MOL003044-Chryseriol(金圣草素)、MOL001494-Mandenol(十八碳-9,12-二烯酸乙酯)(見(jiàn)圖1)。2.3 GO富集分析
本文編號(hào):3421728
【文章來(lái)源】:長(zhǎng)治醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2020,34(03)
【文章頁(yè)數(shù)】:4 頁(yè)
【部分圖文】:
金銀花藥物靶蛋白KEGG富集分析
通過(guò)對(duì)金銀花相應(yīng)靶基因進(jìn)行分子功能注釋分析:(1)GO-MF得到82條基因的分子功能注釋信息,主要涉及G蛋白偶聯(lián)受體活性、蛋白質(zhì)二聚體活性酶結(jié)合活性、分子傳感性活性、 雄性激素受體活性等;(2)GO-BP得到787條基因的細(xì)胞組分注釋分析,涉及膜功能區(qū)域、跨膜區(qū)、質(zhì)膜區(qū)、突觸等;(3)GO-CC得到77條生物學(xué)過(guò)程注釋信息,涉及藥物反應(yīng)、細(xì)胞對(duì)化學(xué)刺激反應(yīng)、生物量調(diào)節(jié)、細(xì)胞對(duì)內(nèi)源性刺激反應(yīng)等(見(jiàn)圖2)。2.4 KEGG信號(hào)通路分析
在網(wǎng)絡(luò)中,從節(jié)點(diǎn)(化合物)指向靶蛋白(作用基因),一個(gè)節(jié)點(diǎn)度值表示網(wǎng)絡(luò)中和節(jié)點(diǎn)相連路線(xiàn)的條數(shù)。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)特性計(jì)算維度(Degree)、中心度值(Betweenness Centrality)等參數(shù),這些連接化合物或靶蛋白較多的節(jié)點(diǎn)被認(rèn)為是樞紐節(jié)點(diǎn),可能是關(guān)鍵的化合物或者靶蛋白。通過(guò)分析化合物-靶蛋白之間的中心度值、親中心度值等發(fā)現(xiàn)248個(gè)相應(yīng)靶蛋白的“藥物-化學(xué)成分-靶蛋白-疾病”網(wǎng)絡(luò),排名靠前的作用靶蛋白有PTGS2、PTGS1、NCOA2、PRKACA、GSTP1、HSP90AB1、JUN等。排名前7位的化合物分別是 MOL000449-Stigmasterol(豆甾醇)、MOL000098-Quercetin(槲皮素)、MOL000358-Stigmasterol beta(β-豆甾醇)、 MOL000006-Luteolin(木犀草素)、MOL000422-Kaempferol(山柰酚)、MOL003044-Chryseriol(金圣草素)、MOL001494-Mandenol(十八碳-9,12-二烯酸乙酯)(見(jiàn)圖1)。2.3 GO富集分析
本文編號(hào):3421728
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