目的通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法探討葛根素（puerarin）治療動(dòng)脈粥樣硬化（AS）潛在的分子生物學(xué)機(jī)制。方法從PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)找出葛根素SDF、Mol2、Canonical SMILES號(hào),從中藥系統(tǒng)藥理學(xué)分析平臺(tái)（TCMSP）、 SwissTargetPrediction、SEA、STITCH數(shù)據(jù)庫(kù)查找所有葛根素潛在的作用靶點(diǎn),并構(gòu)建成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò);通過(guò)Therapeutic Target Database、DrugBank以及DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)查找與AS相關(guān)的靶點(diǎn),并將葛根素與AS靶點(diǎn)進(jìn)行映射;利用STRING平臺(tái)對(duì)映射的靶點(diǎn)進(jìn)行蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建,并篩選核心靶點(diǎn);對(duì)核心靶點(diǎn)進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)分析,同時(shí)利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)核心靶點(diǎn)蛋白進(jìn)行GO生物學(xué)功能（MF）、生物學(xué)過(guò)程（BP）、細(xì)胞學(xué)組分（CC）及KEGG通路富集分析,結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)可視化處理,并構(gòu)建葛根素-靶點(diǎn)-信號(hào)通路多維網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果以"puerarin"的不同表現(xiàn)格式（SDF、Mol2、Canonical SMILES號(hào)）為篩選條件,整合上述分子靶點(diǎn)數(shù)據(jù),共得到103個(gè)潛在靶點(diǎn);以"atherosclerosis"為檢... 

【文章來(lái)源】：中華中醫(yī)藥學(xué)刊. 2020,38(09)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【部分圖文】：

葛根素分子結(jié)構(gòu)圖

將“puerarin”與103個(gè)潛在靶點(diǎn)經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)編排上傳至Cytoscape 3.7.1軟件,得到葛根素-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖,其中綠色代表葛根素,灰藍(lán)色代表葛根素作用的靶點(diǎn)。見(jiàn)圖2。2.3 疾病靶點(diǎn)的篩選

將上述葛根素及AS靶點(diǎn)依次上傳至蛋白標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(kù)Uniprot進(jìn)行靶點(diǎn)基因標(biāo)準(zhǔn)化,再通過(guò)Venny2.1繪制韋恩圖,見(jiàn)圖3。其中黃色代表AS靶點(diǎn),灰藍(lán)色代表葛根素靶點(diǎn),將21個(gè)共有靶點(diǎn)基因上傳至STRING平臺(tái),得到PPI網(wǎng)絡(luò)圖,見(jiàn)插頁(yè)Ⅳ圖4。2.5 GO生物過(guò)程和KEGG通路富集分析


本文編號(hào)：3028494