基于表觀遺傳改變和Notch通路的養(yǎng)肺活血方抗肺成纖維細(xì)胞表型轉(zhuǎn)化研究
【學(xué)位單位】:南京中醫(yī)藥大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位年份】:2018
【中圖分類】:R285.5
【部分圖文】:
Methylation?Gold?Kit,?Zymo?Research),經(jīng)過(guò)處理,未發(fā)生甲基化的C變成U(PCR擴(kuò)增后??變?yōu)椋裕,而甲基化的C保持不變,最后進(jìn)行PCR擴(kuò)增,得到最終的DNA文庫(kù)。文庫(kù)構(gòu)建??流程圖如下(圖1.1):??me?ne??I?I????GCGGCATGITT?AAACGG?W??3…"GGGGGTACAAATTTGCG^??….5??Fraynentatlon??I?J?i??UCGGCA了?GTTTAMCGCT??…?玄??3-?..?GGCCG?tAC?aaattt?gc?GA?5??Fill?in?&?add?A??me?\j?m&??^??????CC?GGCATG?T?T?TA/VCGC?T??A^GGCCG丁?ACAMTTTCXGA—s??Adaptor?ligation??me?ij?rne??5?....CC6GCATGTTTAAACGCT..,-^3?—??3A.?.,.Ga:CGTACAAATTTO:G4s??Bisulfite?treatment??V??me?rr<e??f? ̄?I?1?fsT??wmmmmmmm?:T.UUGGCATGTTTAAACGUT..-.^J????■??PCR?amplification??<)^——....?—??sT?....TTGGCATGTTTAAACGTT..._.s?i?舊―獨(dú)??,A_...AACCGTACAAATTTGCAA......S??圖1.?1文庫(kù)構(gòu)建流程圖??C.
向互補(bǔ))的轉(zhuǎn)化,將轉(zhuǎn)化后的測(cè)序結(jié)果和基因組分別進(jìn)行兩兩比對(duì),將所有的比對(duì)結(jié)果輸??出。??Bismark比對(duì)的基本思路如下圖1.3所示:??⑴將基因組序列和測(cè)序read分別作C-to-T和G-to-A轉(zhuǎn)換;??(2)
析過(guò)程中設(shè)定了一組閾值(EhsanHabibietal.,2013,CaseyA.Giffordetal.,2013?),以便找??到準(zhǔn)確的甲基化位點(diǎn):(1)測(cè)序深度大于等于5;?(2)?q-value小于等于0.05。??Bismark甲基化檢測(cè)的基本思路如下
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