中藥治乙肝的歷史十分悠久。以乙肝核衣殼蛋白,聚合酶以及HBx蛋白為靶點(diǎn),用分子對接軟件iGEMDOCK和Ledock對艾葉組分進(jìn)行了研究。結(jié)果表明,艾葉組分對HBx蛋白的抑制作用較強(qiáng),對核衣殼蛋白和聚合酶抑制作用較弱。在艾葉中,多種組分對靶點(diǎn)蛋白有抑制作用,其中quercetin對三個(gè)靶點(diǎn)均有較強(qiáng)的抑制作用。
【部分圖文】：

乙肝病毒核衣殼蛋白的晶體結(jié)構(gòu)來源于蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(http://www.rcsb.org),PDB ID為5E0I,其結(jié)構(gòu)如圖1所示。乙肝病毒聚合酶的晶體結(jié)構(gòu)還沒有解析出來,本研究利用同源模建的方法構(gòu)建其三維結(jié)構(gòu)。首先在美國國立生物技術(shù)信息中心(NBCI)數(shù)據(jù)庫中找到乙肝病毒聚合酶的一級序列BAQ95565.1,然后利用BLAST程序在PDB庫中找到其同源性最高的蛋白質(zhì)晶體6IK9作為建模模板,二者序列同源性為29.64%。在SWISS-MODEL網(wǎng)站進(jìn)行同源模建,得到的蛋白質(zhì)模型經(jīng)拉氏圖評估后,其有1.4%的氨基酸不在合理區(qū)間內(nèi),模型較為合理。該模型結(jié)構(gòu),如圖2所示。圖2 聚合酶模型結(jié)構(gòu)

圖1 核衣殼蛋白結(jié)構(gòu)蛋白HBx目前也沒有解析出其晶體結(jié)構(gòu),而且在NBCI數(shù)據(jù)庫中也沒有找到與其同源性較強(qiáng)的蛋白質(zhì),但其含有154個(gè)氨基酸,氨基酸數(shù)目較少,故對其三維結(jié)構(gòu)采用從頭預(yù)測的方法建模。在NBCI數(shù)據(jù)庫中找到該蛋白質(zhì)的一級序列BAQ95563.1,上傳該序列至從頭預(yù)測網(wǎng)站QUARK,建立該蛋白質(zhì)模型。該模型經(jīng)拉氏圖評估后,有5.5%的氨基酸在不合理區(qū)間內(nèi),模型較為合理。得到的模型結(jié)構(gòu)如圖3所示。

蛋白HBx目前也沒有解析出其晶體結(jié)構(gòu),而且在NBCI數(shù)據(jù)庫中也沒有找到與其同源性較強(qiáng)的蛋白質(zhì),但其含有154個(gè)氨基酸,氨基酸數(shù)目較少,故對其三維結(jié)構(gòu)采用從頭預(yù)測的方法建模。在NBCI數(shù)據(jù)庫中找到該蛋白質(zhì)的一級序列BAQ95563.1,上傳該序列至從頭預(yù)測網(wǎng)站QUARK,建立該蛋白質(zhì)模型。該模型經(jīng)拉氏圖評估后,有5.5%的氨基酸在不合理區(qū)間內(nèi),模型較為合理。得到的模型結(jié)構(gòu)如圖3所示。3 結(jié)果與討論
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