【摘要】：目的研究旋轉(zhuǎn)細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)(RCCS)模擬微重力環(huán)境對(duì)小鼠成纖維細(xì)胞株L929 lncRNA表達(dá)的影響。方法體外培養(yǎng)L929細(xì)胞,隨機(jī)分為模擬微重力組(SMG組)和正常重力組(NG組),每組3個(gè)樣本。SMG組回轉(zhuǎn)器軸心與地面平行旋轉(zhuǎn),NG組回轉(zhuǎn)器軸心與地面垂直旋轉(zhuǎn),兩組轉(zhuǎn)速一致。RCCS培養(yǎng)7d,收集樣本,提取樣本總RNA,進(jìn)行熒光標(biāo)記和芯片雜交。利用Agilent Mouse lncRNA芯片分別檢測(cè)SMG組和NG組L929細(xì)胞的lncRNA和mRNA表達(dá),篩選差異表達(dá)顯著的lncRNA,RT-q PCR驗(yàn)證芯片結(jié)果;利用GO和Pathway分析差異表達(dá)lncRNA的功能分布,結(jié)合mRNA差異表達(dá)譜,進(jìn)行l(wèi)ncRNA-mRNA聯(lián)合分析。結(jié)果 lncRNA芯片檢測(cè)分析發(fā)現(xiàn),RCCS模擬微重力環(huán)境下小鼠成纖維細(xì)胞L929共有238條差異表達(dá)的lncRNA,其中134條表達(dá)上調(diào),104條表達(dá)下調(diào);差異表達(dá)的mRNA共有237條,其中53條表達(dá)上調(diào),184條表達(dá)下調(diào)。獲取差異表達(dá)lncRNA的聚類分析圖,對(duì)差異表達(dá)顯著的4條lncRNA芯片結(jié)果進(jìn)行RT-q PCR驗(yàn)證,結(jié)果相吻合。GO分析結(jié)果顯示差異表達(dá)的lncRNA與巨噬細(xì)胞分化、傷口愈合的負(fù)性調(diào)節(jié)等生物學(xué)過程相關(guān),Pathway分析結(jié)果顯示差異表達(dá)的lncRNA與系統(tǒng)性紅斑狼瘡、TGF-β等信號(hào)通路相關(guān)。同時(shí)成功構(gòu)建了lncRNA-mRNA-TF可視化網(wǎng)絡(luò)圖。結(jié)論 RCCS模擬微重力環(huán)境顯著影響L929細(xì)胞的lncRNA及mRNA表達(dá)譜,基于芯片技術(shù)的lncRNA靶基因預(yù)測(cè)和功能富集分析可為失重應(yīng)激損傷機(jī)制探討和修復(fù)措施建立提供理論依據(jù)。
[Abstract]:Objective to study the effect of rotating cell culture system (RCCS) on the expression of L929 lncRNA in mouse fibroblasts. Methods L929 cells were cultured in vitro and randomly divided into simulated microgravity group (SMG group) and normal gravity group (NG group). The two groups were cultured at the same speed for 7 days. The samples were collected, the total RNAs were extracted, and the fluorescence labeling and chip hybridization were performed. Agilent mouse lncRNA chip was used to detect the expression of L929 cells in SMG group and NG group, to screen the differentially expressed L929 cells to verify the microarray results, to analyze the functional distribution of differentially expressed L929 cells by go and Pathway, and to combine the differential expression profiles of L929 cells. Combined analysis of lncRNA-mRNA was performed. Results L929 mouse fibroblasts under simulated microgravity environment had 238 differentially expressed lncRNAs, 134 of which up-regulated and 104 down-regulated, and 237 differentially expressed mRNA. Among them, 53 were up-regulated and 184 were down-regulated. Cluster analysis of differentially expressed lncRNA was obtained, and the results of four differentially expressed lncRNA microarrays were verified by RT-q PCR. The results of .go analysis showed that the differentially expressed lncRNA differentiated from macrophages. The differential expression of lncRNA was associated with signal pathways such as TGF- 尾 in systemic lupus erythematosus. At the same time, the visual network diagram of lncRNA-mRNA-TF was constructed successfully. Conclusion RCCS simulated microgravity environment significantly affects L929 cell L929 mRNA expression profile. The prediction of L929 L929 cell line target gene and functional enrichment analysis based on microarray technology can provide a theoretical basis for the study of weightlessness stress injury mechanism and the establishment of repair measures.
【作者單位】： 安徽醫(yī)科大學(xué)解放軍306醫(yī)院臨床學(xué)院普通外科;解放軍306醫(yī)院普通外科;解放軍306醫(yī)院特種醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)研究中心;解放軍306醫(yī)院病理科;
【基金】：全軍醫(yī)學(xué)科研十二五重點(diǎn)項(xiàng)目(BWS11J051) 全軍試驗(yàn)技術(shù)研究計(jì)劃重點(diǎn)項(xiàng)目(SYFD1500128)~~
【分類號(hào)】：R852.22

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