本文關(guān)鍵詞：生物信息技術(shù)加速開發(fā)舊藥新用途，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《華東師范大學(xué)》 2013年

基于Galaxy的高通量生物數(shù)據(jù)分析平臺(tái)

盧冰心  

【摘要】：隨著大量高通量生物數(shù)據(jù)的出現(xiàn),數(shù)據(jù)分析逐漸成為生物研究的瓶頸。越來越多的軟件包被開發(fā)出來用于各種不同的分析。雖然這些軟件促進(jìn)了數(shù)據(jù)分析,但是對(duì)于沒有經(jīng)驗(yàn)的生物學(xué)研究人員來說,往往不知道該選用何種工具進(jìn)行特定的分析工作,或者即使選擇了某個(gè)合適的工具,其復(fù)雜的操作和大量的參數(shù)也不方便使用,特別是使用多種軟件進(jìn)行多個(gè)分析步驟的復(fù)雜分析時(shí)更為困難。 一般的高通量生物數(shù)據(jù)分析平臺(tái)雖然集成了很多軟件,提供了軟件的圖形化操作界面和工作流機(jī)制,允許用戶對(duì)這些工具進(jìn)行一定程度上的自由組合來創(chuàng)建工作流,但是仍不能包含用于高通量生物數(shù)據(jù)處理的大量分析工具,如RNA-Seq數(shù)據(jù)和MS/MS數(shù)據(jù)。有些常用的數(shù)據(jù)分析pipeline可以完成特定的分析任務(wù),但是安裝、配置和使用不方便,如真核生物基因組注釋pipeline。針對(duì)這些問題,本研究基于Galaxy框架提供的擴(kuò)展機(jī)制開發(fā)了一個(gè)軟件平臺(tái)Sequoia,集成了處理RNA-Seq數(shù)據(jù)和MS/MS數(shù)據(jù)的常用分析軟件,以及真核生物基因組注釋流程中每個(gè)步驟的常用軟件。這些軟件包括Galaxy中已有的工具和新添加的工具。為了有效地對(duì)這些軟件加以整合,把多個(gè)分析步驟聯(lián)系起來以提供流水線式的操作模式,還添加了新的腳本。對(duì)于MS/MS數(shù)據(jù)的分析,還創(chuàng)建了另外的數(shù)據(jù)庫和可視化網(wǎng)站。 本研究使得生物學(xué)研究人員可以在同一個(gè)平臺(tái)上自由選用各種工具或者靈活組合多種工具創(chuàng)建特定的pipeline來進(jìn)行海量RNA-Seq數(shù)據(jù)和MS/MS數(shù)據(jù)的各種分析工作,并可以利用新的RNA-Seq數(shù)據(jù)和MS/MS數(shù)據(jù)完善真核生物的基因組注釋。該平臺(tái)使得生物學(xué)研究人員不被軟件復(fù)雜的操作所束縛,可以將更多的精力投入到對(duì)生物學(xué)意義的探究上以從大量的數(shù)據(jù)中挖掘和提取有價(jià)值的信息。

【關(guān)鍵詞】：
【學(xué)位授予單位】：華東師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：TP311.52
【目錄】：

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