本文選題：缺血性心肌病 + 基因表達(dá)譜��； 參考：《貴州醫(yī)科大學(xué)》2017年碩士論文

【摘要】：目的:1、利用生物信息學(xué)工具對(duì)缺血性心肌病的基因芯片進(jìn)行分析,為后續(xù)實(shí)驗(yàn)研究篩選出有意義的基因;2、探討在排除混雜因素和效應(yīng)修飾因子后,缺氧誘導(dǎo)因子-1α的表達(dá)對(duì)缺血性心肌病發(fā)病的獨(dú)立作用大小,從而為缺血性心肌病的病因?qū)W研究和法醫(yī)病理學(xué)鑒定提供新思路。方法:1.在美國(guó)國(guó)立生物信息中心(NCBI)公共基因芯片數(shù)據(jù)庫(kù)(GEO)中下載缺血性心肌病的相關(guān)基因芯片數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)版處理后,采用Limma(R語(yǔ)言軟件包)統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)計(jì)算缺血性心肌病組ICM與正常樣本組NF的顯著性P值,采用BenjaminiHochberg方法進(jìn)行多重檢驗(yàn)糾正計(jì)算FDR,根據(jù)FDR值小于等于0.05來(lái)篩選差異基因。對(duì)差異化基因最近鄰基因進(jìn)行GO功能富集分析及KEGG Pathway功能富集分析,最后利用STRING構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò);2.收集貴州醫(yī)科大學(xué)法醫(yī)司法鑒定中心于2013-2015年尸檢病例,納入標(biāo)準(zhǔn)為:病理學(xué)診斷證實(shí)有不同程度冠狀動(dòng)脈狹窄,或生前已確診為罹患冠心病者;排除標(biāo)準(zhǔn):合并其他類型心肌病;死亡至尸檢時(shí)間72小時(shí)。3.以是否發(fā)生缺血性心肌病作為分組,通過(guò)獨(dú)立樣本T檢驗(yàn)、曼惠特U檢驗(yàn)、卡方檢驗(yàn)等統(tǒng)計(jì)學(xué)方法,對(duì)相關(guān)臨床特征進(jìn)行描述分析。4.對(duì)符合納入標(biāo)準(zhǔn)的心肌組織進(jìn)行HE染色,光鏡觀察心肌病理變化;免疫組化染色觀察缺氧誘導(dǎo)因子-1α在心肌細(xì)胞核中的表達(dá)情況。5.建立多個(gè)回歸方程模型,對(duì)缺氧誘導(dǎo)因子-1α與缺血性心肌病的獨(dú)立效應(yīng)值大小進(jìn)行評(píng)估。結(jié)果:1.共找到差異基因1358個(gè),參與細(xì)胞周期,縫隙鏈接、P53等生物過(guò)程及信號(hào)通路;將差異表達(dá)明顯的基因構(gòu)建的蛋白互作網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)HIF1α基因位于網(wǎng)絡(luò)的中心;2.在控制混雜因素和效應(yīng)修飾因子的條件下,HIF-1a對(duì)缺血性心肌病的獨(dú)立作用為:以HIF-1a表達(dá)陰性組作為參照,弱陽(yáng)性樣本發(fā)生缺血性心肌病的概率病未提高(P均0.05)。而陽(yáng)性、強(qiáng)陽(yáng)性樣本與陰性樣本相比,ICM的發(fā)生率提高了3.7及7.5倍(模型1);而模型2則分別提高4.2及8.4倍。結(jié)論:1.應(yīng)用生物信息學(xué)軟件可在基因芯片的數(shù)據(jù)篩選出缺血性心肌病中的關(guān)鍵蛋白并進(jìn)行分析。2.HIF-1a在參與缺血性心肌病發(fā)生發(fā)展過(guò)程的蛋白中起著關(guān)鍵連接的作用,它與其他周?chē)虍a(chǎn)物之間關(guān)系都比較密切,進(jìn)一步說(shuō)明缺血性心肌病發(fā)生發(fā)展是多種蛋白相互作用的結(jié)果;3.HIF-1α與ICM的發(fā)生具有相關(guān)性。
[Abstract]:Objective to analyze the gene microarray of ischemic cardiomyopathy by bioinformatics, and to screen out a meaningful gene for further experimental study, and to explore the possibility of eliminating confounding factors and effect modifiers. The expression of hypoxia inducible factor-1 偽 (HIF-1 偽) plays an independent role in the pathogenesis of ischemic cardiomyopathy, which provides a new idea for etiological study and forensic pathological identification of ischemic cardiomyopathy. Method 1: 1. Download the gene-chip data related to ischemic cardiomyopathy in the National Bioinformatics Center (NCBI) Common GeneChip Database (GEO). The significant P value of NF in ICM group and normal sample group was calculated by Limma (R language package) statistical test, and FDR was calculated by Benjamin Hochberg method. The difference gene was screened according to FDR < 0.05. The differential gene nearest neighbor gene was analyzed by go function enrichment analysis and KEGG Pathway function enrichment analysis. Finally, protein-protein interaction network was constructed by STRING. The autopsy cases were collected from the Forensic Forensic Forensic Identification Center of Guizhou Medical University in 2013-2015. The included criteria were as follows: pathological diagnosis confirmed coronary artery stenosis in varying degrees or had been diagnosed as coronary heart disease before death; Exclusion criteria: other types of cardiomyopathy; death to autopsy time 72 hours. 3. With whether ischemic cardiomyopathy as a group, independent sample T test, Manette U test, chi-square test and other statistical methods to describe and analyze the clinical characteristics. 4. He staining was used to observe myocardial pathological changes under light microscope and the expression of hypoxia inducible factor-1 偽 in myocardial nuclei was observed by immunohistochemical staining. Several regression models were established to evaluate the independent effects of hypoxia inducible factor-1 偽 (HIF-1 偽) on ischemic cardiomyopathy. The result is 1: 1. A total of 1358 differentially expressed genes were found to be involved in biological processes and signaling pathways, such as cell cycle, gap link and p53, and the protein interaction network constructed by differentially expressed genes showed that HIF1 偽 gene was located at the center of the network. The independent effects of HIF-1a on ischemic cardiomyopathy under the control of confounding factors and effect modifiers were as follows: with HIF-1a negative expression group as control group, the probability of ischemic cardiomyopathy in weakly positive samples was not increased (P 0.05). The incidence of ICM in positive and strong positive samples was 3.7 and 7.5 times higher than that in negative samples (model 1), while that in model 2 was 4.2 and 8.4 times higher than that in negative samples. Conclusion 1. Using bioinformatics software, the key proteins in ischemic cardiomyopathy can be screened from the data of gene chip and analyzed. 2. HIF-1a plays a key role in the proteins involved in the pathogenesis and development of ischemic cardiomyopathy. The relationship between HIF-1 偽 and other peripheral gene products is very close, which further indicates that the occurrence and development of ischemic cardiomyopathy is the result of multiple protein interactions. 3. HIF-1 偽 is associated with ICM.
【學(xué)位授予單位】：貴州醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：D919

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本文編號(hào)：2091051