為闡明GPR40與其激動(dòng)劑分子之間的相互作用方式,構(gòu)建可用于GPR40激動(dòng)劑分子先導(dǎo)化合物篩選的藥效團(tuán)模型。我們利用分子對(duì)接技術(shù)將GPR40與其激動(dòng)劑分子進(jìn)行對(duì)接,分析分子與受體之間相互作用的關(guān)鍵氨基酸和結(jié)合方式,采用藥團(tuán)模型法分別構(gòu)建了基于受體-配體復(fù)合物(CBP)和基于激動(dòng)劑分子共同特征(HipHop)的藥效團(tuán)模型,HipHop模型采用測(cè)試集法進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果顯示GPR40與小分子相互作用的關(guān)鍵氨基酸主要有ARG183、TYR91、TYR2240、ARG2258、PHE142等,相互作用方式則主要為氫鍵、鹽橋、Pi-Pi Stacking以及疏水作用,以藥團(tuán)模型法構(gòu)建了10個(gè)HipHop模型,其中8號(hào)藥效團(tuán)為最優(yōu)模型,可用于GPR40激動(dòng)劑分子的虛擬篩選研究,這為GPR40激動(dòng)劑藥物分子設(shè)計(jì)奠定了理論基礎(chǔ)。

【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 GPR40受體蛋白及小分子的準(zhǔn)備
    1.2 分子對(duì)接
    1.3 模型構(gòu)建
        1.3.1 CBP模型構(gòu)建
        1.3.2 HipHop模型構(gòu)建
2 結(jié)果與討論
    2.1 原配體作用方式
    2.2 GPR40受體激動(dòng)劑作用方式
    2.3 藥效團(tuán)模型的構(gòu)建
        2.3.1 基于受體-配體復(fù)合物藥效團(tuán)模型構(gòu)建
        2.3.2 基于分子共同特征的藥效團(tuán)模型構(gòu)建
3 結(jié)論



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