蛋白-蛋白相互作用（protein-protein interaction,簡稱PPI）是調(diào)控生物信號的主要實(shí)現(xiàn)方式,對其選擇性的干預(yù)能夠改變細(xì)胞的功能及命運(yùn)。在藥物研究中,PPI是區(qū)別于酶和受體的新靶點(diǎn),也是藥物研究的新熱點(diǎn)。通過計算模擬研究PPI的結(jié)構(gòu)和功能,并設(shè)計合成新型的小分子先導(dǎo)物具有重要意義。本文對兩種不同的蛋白-蛋白相互作用進(jìn)行了計算機(jī)模擬,研究了影響相互作用的關(guān)鍵氨基酸殘基;同時,通過生物電子等排體原理設(shè)計合成了一種新型的靶向p62-zz結(jié)構(gòu)域的自噬抑制劑。本文從重要的男性避孕靶點(diǎn)入手,通過同源建模、分子對接和分子動力學(xué)模擬等計算機(jī)模擬手段,研究了附睪蛋白酶抑制蛋白（EPPIN）與精子凝固蛋白Semenogelin1（SEMG1）之間的相互作用模式。動力學(xué)模擬結(jié)果表明,EPPIN蛋白中的二硫鍵對其結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定發(fā)揮著重要作用。根據(jù)計算得到的結(jié)合自由能對EPPIN/SEMG1復(fù)合物模型進(jìn)行評估,發(fā)現(xiàn)EPPIN能夠通過其C-端的Tyr107、Gly112、Asn116、Gln118和Asn122等關(guān)鍵氨基酸殘基與SEMG1的產(chǎn)生相互作用,而其N-端的殘基Arg32對它們的結(jié)合相... 

【文章來源】：中國人民解放軍陸軍軍醫(yī)大學(xué)重慶市

【文章頁數(shù)】：109 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

蛋白-蛋白相互作用界面中不同類型的區(qū)域

陸軍軍醫(yī)大學(xué)碩士學(xué)位論文白酶抑制蛋白(bovine pancreatic trypsin Inhibitor，BPTI)結(jié)構(gòu)域，這兩個結(jié)構(gòu)域通常比較保守，我們首先使用去除了信號肽(1~21號氨基酸)的全長EPPIN蛋白進(jìn)行在線BLAST，序列比對結(jié)果顯示，EPPIN蛋白的N-端和C-端分別比對到了不同的模板蛋白結(jié)構(gòu)，且沒有一條模板能夠完全覆蓋EPPIN序列。為了能夠結(jié)構(gòu)更為可靠的蛋白模型，我們分別對EPPIN蛋白的N端(22~71)和C端(73~133)分別進(jìn)行序列比對，結(jié)果顯示，EPPIN蛋白N-端與分泌性白細(xì)胞蛋白酶抑制蛋白(Secretory Leukocyte Protease inhibitor，SLP1)(PDB ID2Z7F，Chain I)的同源性最高(29.4%)；C-端與羧肽酶抑制蛋白SmCI(Carboxypeptidasinhibitor SmCI)(PDB ID: 4BD9，Chain B)的同源性最高(49.1%)，對比結(jié)果見圖2-2。

圖2-3. EPPIN模型，其中N-端以綠色顯示，C-端以淺藍(lán)色顯示，二硫鍵以棍狀模型顯示。2.2.1.2 EPPIN蛋白模型驗證。蛋白模型的質(zhì)量通過ProSA網(wǎng)站進(jìn)行在線分析，主要對蛋白質(zhì)的整體能量進(jìn)行分析，分析結(jié)果中的Z-score表示模型的整體質(zhì)量基酸的能量則以局部質(zhì)量圖進(jìn)行分析，一般正確構(gòu)建的氨基酸會呈現(xiàn)為負(fù)值[44從結(jié)構(gòu)層面上利用拉氏圖(ramachandranplots)分析模型中所有氨基酸角度的合理該蛋白構(gòu)象能否穩(wěn)定存在[43]。對構(gòu)建的EPPIN模型進(jìn)行上述兩種方法的分析，EPPIN蛋白模型總體質(zhì)量相當(dāng)于NMR解析水平(圖2-4)，且僅有3個角度不合理殘基(圖2-5)，對于這些不理想的殘基角度，我們將在后述的分子動力學(xué)模擬過結(jié)構(gòu)優(yōu)化。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]附睪蛋白酶抑制劑Eppin的研究進(jìn)展[J]. 王增軍,張煒.  中華男科學(xué)雜志. 2007(02)



本文編號：3493145