基于基因組信息的深海放線菌Streptomyces koyangensis SCSIO 5802中次級(jí)代謝產(chǎn)物的挖掘
發(fā)布時(shí)間:2021-07-03 02:51
目的:Streptomyces koyangensis SCSIO 5802是分離自南海底泥沉積物的一株放線菌,研究發(fā)現(xiàn)在常規(guī)實(shí)驗(yàn)室條件下發(fā)酵分離得到的化合物不僅對(duì)耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)具有較強(qiáng)的抑制活性,還具有細(xì)胞毒性。本論文以S.koyangensis SCSIO 5802為研究對(duì)象,利用基因敲除、基因激活、培養(yǎng)條件優(yōu)化等方法進(jìn)一步挖掘該菌株生產(chǎn)次級(jí)代謝產(chǎn)物的潛力。方法:首先,采用Illumina Miseq結(jié)合第三代測(cè)序技術(shù)對(duì)S.koyangensis SCSIO5802菌株的基因組測(cè)序,得到該菌株的完成圖,利用生物信息學(xué)方法分析S.koyangensis SCSIO 5802全基因組序列,并使用antiSMASH在線軟件進(jìn)行基因注釋(http://antismash.secondarymetabolites.org/);第二,利用PCR-targeting的方法對(duì)負(fù)責(zé)abyssomicin類和candicidin類化合物的生物合成的聚酮合酶基因abmB1和canD進(jìn)行同框缺失,...
【文章來(lái)源】:遵義醫(yī)科大學(xué)貴州省
【文章頁(yè)數(shù)】:117 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
PCR-Targeting技術(shù)和接合轉(zhuǎn)移技術(shù)獲取雙交換突變株的示意圖
遵義醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文 涂佳佳(4)發(fā)酵上清加入等體積的丁酮萃取,收集有機(jī)相,利用旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀減壓濃縮,得上清浸膏。菌體沉淀加入 3 倍菌體體積的丙酮浸泡超聲,收集上層丙酮有機(jī)相,利用旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀減壓濃縮,得菌體浸膏。(5)將菌體浸膏和上清浸膏合并拌樣,用餾分甲醇/氯仿或者石油醚/乙酸乙酯為 2:98,4:96,6:94,8:92,15:85,1:9,2:8,3:7,4:6,5:5 分別過(guò)硅膠分析柱。(6)將所得不同餾分的化合物進(jìn)行 HPLC分析找到目標(biāo)化合物。(7)根據(jù)目標(biāo)化合物設(shè)定 HPLC分析程序來(lái)分離得到目標(biāo)化合物。(8)將分離所得目標(biāo)化合物 MS、NMR分析結(jié)構(gòu)。1.4 實(shí)驗(yàn)技術(shù)路線
圖 13 S. koyangensis SCSIO 5802AC突變株低分辨質(zhì)譜分析Figure 13 Low-resolution mass spectrometry analysis of S. koyangensis SCSIO 5802ACmutant將發(fā)酵產(chǎn)物用高速離心機(jī)離心,分開(kāi)收集菌液、菌體。菌液用丁酮萃取濃縮、菌體用丙酮萃取并濃縮,把菌體和菌液的提取物分別經(jīng) HPLC-DAD 檢測(cè)分析見(jiàn)圖 14。因?yàn)榫w和菌液經(jīng)過(guò) HPLC 檢測(cè)后發(fā)現(xiàn)并不相同,所以將兩者分開(kāi)分離。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]北極新奧爾松地區(qū)地衣內(nèi)生真菌的抑菌活性[J]. 付少彬,閆松,辛慶,楊忠鳳,孟慶峰. 遵義醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2016(05)
[2]三種異喹啉型生物堿的微生物轉(zhuǎn)化篩選[J]. 付少彬,龍書(shū)安,張蕓,李義,張茂生,孟慶峰. 遵義醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2015(06)
[3]2010~2013之海洋微生物新天然產(chǎn)物[J]. 趙成英,朱統(tǒng)漢,朱偉明. 有機(jī)化學(xué). 2013(06)
[4]海洋微生物次級(jí)代謝產(chǎn)物生物合成的研究進(jìn)展[J]. 肖吉,張光濤,朱義廣,張長(zhǎng)生. 中國(guó)抗生素雜志. 2012(04)
[5]基于微生物基因組的新型天然產(chǎn)物發(fā)現(xiàn)策略[J]. 何慶,李青連,王麗非,洪斌. 國(guó)際藥學(xué)研究雜志. 2012(01)
[6]海洋放線菌研究進(jìn)展[J]. 田新朋,張偲,李文均. 微生物學(xué)報(bào). 2011(02)
本文編號(hào):3261714
【文章來(lái)源】:遵義醫(yī)科大學(xué)貴州省
【文章頁(yè)數(shù)】:117 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
PCR-Targeting技術(shù)和接合轉(zhuǎn)移技術(shù)獲取雙交換突變株的示意圖
遵義醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文 涂佳佳(4)發(fā)酵上清加入等體積的丁酮萃取,收集有機(jī)相,利用旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀減壓濃縮,得上清浸膏。菌體沉淀加入 3 倍菌體體積的丙酮浸泡超聲,收集上層丙酮有機(jī)相,利用旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀減壓濃縮,得菌體浸膏。(5)將菌體浸膏和上清浸膏合并拌樣,用餾分甲醇/氯仿或者石油醚/乙酸乙酯為 2:98,4:96,6:94,8:92,15:85,1:9,2:8,3:7,4:6,5:5 分別過(guò)硅膠分析柱。(6)將所得不同餾分的化合物進(jìn)行 HPLC分析找到目標(biāo)化合物。(7)根據(jù)目標(biāo)化合物設(shè)定 HPLC分析程序來(lái)分離得到目標(biāo)化合物。(8)將分離所得目標(biāo)化合物 MS、NMR分析結(jié)構(gòu)。1.4 實(shí)驗(yàn)技術(shù)路線
圖 13 S. koyangensis SCSIO 5802AC突變株低分辨質(zhì)譜分析Figure 13 Low-resolution mass spectrometry analysis of S. koyangensis SCSIO 5802ACmutant將發(fā)酵產(chǎn)物用高速離心機(jī)離心,分開(kāi)收集菌液、菌體。菌液用丁酮萃取濃縮、菌體用丙酮萃取并濃縮,把菌體和菌液的提取物分別經(jīng) HPLC-DAD 檢測(cè)分析見(jiàn)圖 14。因?yàn)榫w和菌液經(jīng)過(guò) HPLC 檢測(cè)后發(fā)現(xiàn)并不相同,所以將兩者分開(kāi)分離。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]北極新奧爾松地區(qū)地衣內(nèi)生真菌的抑菌活性[J]. 付少彬,閆松,辛慶,楊忠鳳,孟慶峰. 遵義醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2016(05)
[2]三種異喹啉型生物堿的微生物轉(zhuǎn)化篩選[J]. 付少彬,龍書(shū)安,張蕓,李義,張茂生,孟慶峰. 遵義醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2015(06)
[3]2010~2013之海洋微生物新天然產(chǎn)物[J]. 趙成英,朱統(tǒng)漢,朱偉明. 有機(jī)化學(xué). 2013(06)
[4]海洋微生物次級(jí)代謝產(chǎn)物生物合成的研究進(jìn)展[J]. 肖吉,張光濤,朱義廣,張長(zhǎng)生. 中國(guó)抗生素雜志. 2012(04)
[5]基于微生物基因組的新型天然產(chǎn)物發(fā)現(xiàn)策略[J]. 何慶,李青連,王麗非,洪斌. 國(guó)際藥學(xué)研究雜志. 2012(01)
[6]海洋放線菌研究進(jìn)展[J]. 田新朋,張偲,李文均. 微生物學(xué)報(bào). 2011(02)
本文編號(hào):3261714
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